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- PDB-9uc6: Cryo-EM structure of the Lhcp trimer from Ostreococcus tauri at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uc6
タイトルCryo-EM structure of the Lhcp trimer from Ostreococcus tauri at 1.94 angstrom resolution
要素Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / LHCp / Prasinophytes / green light absorption / carotenoid / Light-harvesting complex / prasinoxanthin / micromonal / dihydrolutein / uriolide / acyl-antheraxanthin / DVP.
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / Chem-IWJ / Chem-NEX ...: / : / : / : / : / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / Chem-IWJ / Chem-NEX / Chem-SQD / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Seki, S. / Kubota, M. / Ishii, A. / Kim, E. / Tanaka, H. / Miyata, T. / Namba, K. / Kurisu, G. / Minagawa, J. / Fujii, R.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)K23KJ1834 日本
Japan Science and TechnologyJPMJFS2138 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20E1 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H04958 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05040 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H04960 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the LHCp trimer from Ostreococcus tauri at 1.94 angstrom resolution
著者: Soichiro, S. / Kubota, M. / Ishii, A. / Kim, E. / Tomoko, M. / Hideaki, T. / Keiichi, N. / Genji, K. / Minagawa, J. / Ritsuko, F.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02026年8月12日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / em_admin / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _em_admin.last_update
解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.12026年8月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
B: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
C: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,43272
ポリマ－64,2543
非ポリマー55,17869
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 21417.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ostreococcus tauri (植物) / 参照: UniProt: Q3B9V0

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非ポリマー , 12種, 255分子

#2: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1L0F / Mg-2,4-divinyl-phaeoporphyrin a5-monometyl ester


分子量: 610.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-IWJ / (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one / Prasinoxanthin


分子量: 600.870 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-A1LYY / (5~{Z})-3-[2-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]ethyl]-5-[(2~{E},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E})-2,7,11-trimethyl-13-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]trideca-2,4,6,8,10,12-hexaenylidene]furan-2-one / Uriolide


分子量: 614.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#8: 化合物 ChemComp-A1LYX / (2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E})-6,11,15-trimethyl-17-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]-2-[2-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]ethyl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenal / Micromonal


分子量: 584.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-A1L0E / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7',8'-dihydrolutein


分子量: 570.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H58O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-AV0 / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside / 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22
#11: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-A1LYW / [(1~{S},3~{S},6~{R})-1,5,5-trimethyl-6-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-3-yl] (~{Z})-oct-2-enoate / 3-octenoyl-8'-s-cis-antheraxanthin B


分子量: 709.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H68O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Lhcp trimer from Ostreococcus tauri / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.12 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 0.003% LMNG
緩衝液成分濃度: 25 mM / 名称: HEPES / 式: C8H18N2O4S
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6144
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2SerialEM4.1.0beta画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF Chimera1.17.1モデルフィッティング
9Coot0.9.4.1モデル精密化
10PHENIX1.19.2モデル精密化
11cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5408616
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1153594 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 8HG3

8hg3


PDB chain-ID: S / Accession code: 8HG3 / Chain residue range: 32-233 / Pdb chain residue range: 32-233 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 1.94 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.018694
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.69312486
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.4453819
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.303981
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082937

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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