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- PDB-9u9c: Crystal structure of NDM-1 in complex with hydrolyzed amoxicillin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9u9c
タイトルCrystal structure of NDM-1 in complex with hydrolyzed amoxicillin
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / NDM-1
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Shi, X. / Zhang, Q. / Liu, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)CSTB2022TIAD-STX0015 中国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2025
タイトル: Crystal structure reveals the hydrophilic R1 group impairs NDM-1-ligand binding via water penetration at L3
著者: Shi, X. / Yang, H. / Dai, Y. / Zhao, H. / Li, Y. / Li, Y. / Zhou, X. / Yan, H. / Zhang, Q. / Liu, W.
履歴
登録2025年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3589
ポリマ－51,2642
非ポリマー1,0947
水11,584643
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子

B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3589
ポリマ－51,2642
非ポリマー1,0947
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y+1/2,-z-1/21
Buried area1790 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.210, 79.330, 134.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1EOR / (2~{R},4~{S})-2-[(1~{R})-1-[[(2~{R})-2-azanyl-2-(4-hydroxyphenyl)ethanoyl]amino]-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-ethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / Amoxicilloic acid


分子量: 383.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Succinate pH 5.5, 30% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 1429698 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.23 % / Biso Wilson estimate: 13.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.44
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 8576 / CC1/2: 0.765

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→39.03 Å / SU ML: 0.1767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.684
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1696 5892 5.04 %
Rwork0.1508 110988 -
obs0.1518 116880 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→39.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3576 0 57 643 4276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00863769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07995154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0979578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2763559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.260.35891930.30843730X-RAY DIFFRACTION100
1.26-1.280.34111970.29053601X-RAY DIFFRACTION100
1.28-1.290.28311980.27733647X-RAY DIFFRACTION100
1.29-1.310.27191890.23183668X-RAY DIFFRACTION100
1.31-1.330.26411840.22633652X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.350.23351850.19453696X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.370.23312200.19253625X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.390.20241950.17553645X-RAY DIFFRACTION99.97
1.39-1.410.19041960.16313697X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.430.2041760.15853656X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.460.19872010.14653657X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.480.19741870.13943643X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.510.16571960.12963713X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.540.14662070.12563635X-RAY DIFFRACTION99.97
1.54-1.570.17842010.12073700X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.610.15571960.12353642X-RAY DIFFRACTION99.97
1.61-1.650.16751880.1243687X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.70.15711810.12313710X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.750.1541900.12433680X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.14172020.12423693X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.870.15221900.12973726X-RAY DIFFRACTION99.97
1.87-1.940.15651910.14193686X-RAY DIFFRACTION99.85
1.94-2.030.16372030.14113699X-RAY DIFFRACTION99.97
2.03-2.140.16012020.14583698X-RAY DIFFRACTION99.97
2.14-2.270.16411880.153751X-RAY DIFFRACTION99.97
2.27-2.450.15782200.14853715X-RAY DIFFRACTION99.97
2.45-2.690.17971900.1533746X-RAY DIFFRACTION99.95
2.69-3.080.16592050.15433776X-RAY DIFFRACTION99.92
3.08-3.880.14491960.14473836X-RAY DIFFRACTION100
3.88-39.030.16222250.15333978X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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