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Yorodumi- PDB-9u8s: Crystal structure of thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent alpha... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9u8s | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent alpha-imino acid decarboxylase (AzcB and AzcC) from Streptomyces mobaraensis in complex with TPP and 5-azacytosine. | ||||||||||||
Components | (Thiamine pyrophosphate enzyme ...) x 2 | ||||||||||||
Keywords | LYASE / thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent decarboxylase / AzcB / AzcC / 5-azacytidine biosynthesis / 5-azacytosine | ||||||||||||
| Function / homology | 6-amino-1,3,5-triazin-2(1H)-one / THIAMINE DIPHOSPHATE / : / : Function and homology information | ||||||||||||
| Biological species | Streptomyces mobaraensis (bacteria) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.46 Å | ||||||||||||
Authors | Nakashima, Y. / Tsunoda, T. / Ogasawara, Y. / Dairi, T. / Morita, H. | ||||||||||||
| Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent decarboxylase (AzcB and AzcC complexes) from Streptomyces mobaraensis in complex with TPP and 5-azacytosine. Authors: Nakashima, Y. / Morita, H. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9u8s.cif.gz | 992.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9u8s.ent.gz | 678.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9u8s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/9u8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/9u8s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Thiamine pyrophosphate enzyme ... , 2 types, 12 molecules ABCDEFGHIJKL
| #1: Protein | Mass: 18049.711 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces mobaraensis (bacteria) / Gene: H7K43_04135 / Production host: Streptomyces lividans (bacteria) / References: UniProt: A0A7X1IDQ3#2: Protein | Mass: 20528.576 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces mobaraensis (bacteria) / Gene: H7K43_04130 / Production host: Streptomyces lividans (bacteria) / References: UniProt: A0A7X1IDK5 |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 905 molecules 










| #3: Chemical | ChemComp-5AZ / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-TPP / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.87 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 3.7 mg/mL AzcB:AzcC, 2 mM TPP, 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris/HCl (pH 7.0), 1000 mM potassium sodium tartrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.005 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2025 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.005 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.46→48.46 Å / Num. obs: 192138 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.46→2.5 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4891 / CC1/2: 0.604 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.46→48.46 Å / SU ML: 0.285 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.4348 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 31.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.46→48.46 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Streptomyces mobaraensis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Japan, 3items
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