PDB-9twa: Legionella monocytogenes SodA mutant GL to VI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9twa

タイトル

Legionella monocytogenes SodA mutant GL to VI

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / superoxide dismutase / SOD / redox / metalloenzyme / protein evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Mackenzie, E.S. / Basle, A. / Wldron, K.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2026
タイトル: An enzyme's metal preference evolves through redox modulation driven by the cofactor's secondary coordination sphere.
著者: Mackenzie, E.S. / Sendra, K.M. / Basle, A. / Mazgaj, R. / Kehl-Fie, T.E. / Waldron, K.J.

履歴

登録	2026年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9twa.cif.gz	173.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9twa.ent.gz	133.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9twa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/9twa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/9twa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9tw9C 9twcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.990, 93.380, 94.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 202 / Label seq-ID: 2 - 202

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 22684.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: soda, A8L61_06300, AB917_03900, ABZ57_04375, AJL21_03320, ART25_07045, ARY78_04305, B1N52_07385, B1S26_09780, B5K54_05280, BB997_07680, BCZ19_05230, BCZ21_09530, CA369_07515, CAV64_04290, ...遺伝子: soda, A8L61_06300, AB917_03900, ABZ57_04375, AJL21_03320, ART25_07045, ARY78_04305, B1N52_07385, B1S26_09780, B5K54_05280, BB997_07680, BCZ19_05230, BCZ21_09530, CA369_07515, CAV64_04290, CW845_06920, D4920_01675, D4B11_00565, D5N24_03645, D7104_07525, DCK61_09765, DCT16_07745, DQ70_06745, DU018_04420, DYZ80_01535, E1W56_04905, E5F58_09520, EX365_06985, EXZ73_00150, F6436_12875, F6515_04670, FA835_07670, FLQ97_07020, FLR03_13450, FNX40_09325, FV747_03180, G3O21_000994, GHH22_03270, GI949_03855, GJW51_06620, GQG13_08125, GYR60_09845, GYS09_07650, GYX23_06160, GYY14_05675, HQN34_002220, HZJ64_06955, KV70_03880, UI29_08045, Y261_07385 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B8R4R3, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 30 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.89842 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.89842 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→51.99 Å / Num. obs: 91660 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 16.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
7.67-51.99	12.1	91660	1	1
1.4-1.42	9.4	4487	0.538	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0326	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→47.435 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.134 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	4561	4.981 %
R_work	0.1761	87013	-
all	0.177	-	-
obs	-	91574	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.042 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.014 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.086 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.928 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3196	0	2	459	3657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.778	1.636	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.685	1.565	6894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.238	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.847	24.286	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.106	10.296	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.993	10	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.251	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.643	1.943	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.63	1.942	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.213	2.909	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.216	2.911	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.77	2.146	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.769	2.149	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.048	3.12	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.047	3.123	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.999	32.881	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.006	32.892	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	6743

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07861	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07861	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.28	308	0.305	6378	0.304	6688	0.937	0.924	99.9701	0.297
1.436-1.476	0.269	344	0.264	6177	0.264	6521	0.943	0.948	100	0.25
1.476-1.518	0.256	312	0.225	6019	0.227	6331	0.955	0.963	100	0.204
1.518-1.565	0.236	271	0.209	5921	0.21	6192	0.962	0.97	100	0.185
1.565-1.616	0.218	320	0.192	5656	0.193	5976	0.97	0.975	100	0.167
1.616-1.673	0.227	346	0.188	5448	0.191	5795	0.965	0.977	99.9827	0.162
1.673-1.736	0.204	271	0.176	5323	0.177	5594	0.974	0.98	100	0.152
1.736-1.807	0.205	281	0.17	5120	0.172	5401	0.972	0.982	100	0.147
1.807-1.887	0.187	254	0.16	4906	0.162	5160	0.978	0.984	100	0.141
1.887-1.979	0.188	242	0.166	4739	0.167	4982	0.978	0.983	99.9799	0.15
1.979-2.086	0.2	233	0.17	4492	0.171	4725	0.976	0.982	100	0.155
2.086-2.212	0.167	181	0.16	4283	0.16	4464	0.983	0.985	100	0.149
2.212-2.365	0.166	219	0.152	4006	0.153	4225	0.984	0.986	100	0.143
2.365-2.553	0.185	178	0.155	3766	0.157	3944	0.979	0.985	100	0.148
2.553-2.796	0.164	193	0.158	3447	0.158	3640	0.983	0.985	100	0.155
2.796-3.125	0.204	152	0.177	3158	0.178	3310	0.978	0.982	100	0.175
3.125-3.606	0.202	142	0.185	2801	0.186	2943	0.978	0.981	100	0.19
3.606-4.41	0.153	154	0.156	2360	0.156	2514	0.986	0.985	100	0.171
4.41-6.21	0.209	101	0.188	1883	0.189	1984	0.981	0.986	100	0.213
6.21-47.435	0.198	59	0.203	1131	0.202	1191	0.975	0.983	99.916	0.231

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関連情報:EMDBヘッダ

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