PDB-9toy: Investigating the binding mechanism of Interferon Regulatory Fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9toy

タイトル

Investigating the binding mechanism of Interferon Regulatory Factor 4 to DNA in the context of Multiple Myeloma

要素

DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')
DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
Interferon regulatory factor 4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Transcription Factor

機能・相同性

機能・相同性情報

T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-4 production / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / positive regulation of interleukin-10 production / immune system process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Alamaniotis, C. / Roe, M. / Mancini, E.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2021
タイトル: Phosphorus and sulfur SAD phasing of the nucleic acid-bound DNA-binding domain of interferon regulatory factor 4.
著者: Agnarelli, A. / El Omari, K. / Duman, R. / Wagner, A. / Mancini, E.J.

履歴

登録	2025年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9toy.cif.gz	267.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9toy.ent.gz	203.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9toy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/9toy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/9toy	HTTPS FTP

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関連構造データ

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麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Interferon regulatory factor 4

B: Interferon regulatory factor 4

C: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')

E: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')

D: Interferon regulatory factor 4

F: Interferon regulatory factor 4

G: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

81.7 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Interferon regulatory factor 4

B: Interferon regulatory factor 4

C: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')

E: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.9 kDa, 4 ポリマー
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2

D: Interferon regulatory factor 4

F: Interferon regulatory factor 4

G: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')

H: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.512, 65.116, 70.694
Angle α, β, γ (deg.)	89.859, 75.316, 66.791
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	19 - 130	3 - 114
2	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	19 - 130	3 - 114
3	2	2	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	19 - 129	3 - 113
4	2	2	GLY	GLY	PRO	PRO	D	E	19 - 129	3 - 113
5	3	3	ASN	ASN	GLU	GLU	A	A	21 - 130	5 - 114
6	3	3	ASN	ASN	GLU	GLU	F	F	21 - 130	5 - 114
7	4	4	GLY	GLY	PRO	PRO	B	B	19 - 129	3 - 113
8	4	4	GLY	GLY	PRO	PRO	D	E	19 - 129	3 - 113
9	5	5	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	21 - 130	5 - 114
10	5	5	ASN	ASN	GLU	GLU	F	F	21 - 130	5 - 114
11	6	6	DT	DT	DC	DC	C	C	1 - 20	1 - 20
12	6	6	DT	DT	DC	DC	G	G	1 - 20	1 - 20
13	7	7	DA	DA	DG	DG	E	D	1 - 20	1 - 20
14	7	7	DA	DA	DG	DG	H	H	1 - 20	1 - 20
15	8	8	ASN	ASN	PRO	PRO	D	E	21 - 129	5 - 113
16	8	8	ASN	ASN	PRO	PRO	F	F	21 - 129	5 - 113

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16

#1: タンパク質	Interferon regulatory factor 4 / IRF-4 / Lymphocyte-specific interferon regulatory factor / LSIRF / Multiple myeloma oncogene 1 / NF-EM5 分子量: 14243.163 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: His-tagged protein for purification. Tag removed via HRV 3C Protease. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF4, MUM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15306
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPCPAPAPCPTPGPAPAPAPCPTPGPAPGPAPAPAPGPC)-3') 分子量: 6160.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PAPGPCPTPTPTPCPTPCPAPGPTPTPTPCPAPGPTPTPG)-3') 分子量: 6105.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M Calcium Acetate, 0.1M MES pH 6, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→59.556 Å / Num. obs: 70231 / % possible obs: 95.52 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.9757 / Net I/σ(I): 11.14
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / Num. unique obs: 2415 / CC_1/2: 0.363

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→59.556 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.196 / SU B: 8.774 / SU ML: 0.204 / Average fsc free: 0.9316 / Average fsc work: 0.9519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	1471	2.934 %
R_work	0.2107	48664	-
all	0.212	-	-
obs	-	50135	98.192 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.724 Å²	0.12 Å²	-4.069 Å²
2-	-	-4.995 Å²	0.131 Å²
3-	-	-	-2.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.556 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3749	1640	5	107	5501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.877	1.826	8023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.845	1.766	10393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.469	5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.681	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.815	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.877	10	691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.052	10	203
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.217	0.2	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.098	0.2	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.084	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.34	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.011	5.45	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.99	5.448	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.853	9.761	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.851	9.763	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.634	5.58	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.634	5.58	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.962	9.964	5780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.961	9.964	5781
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.575	62.553	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.586	62.432	6988
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.123	0.05	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.064	0.05	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.114	0.05	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.119	0.05	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.095	0.05	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.05	0.05	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.049	0.05	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.111	0.05	3537

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12327	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12327	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06397	0.05009
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06397	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11406	0.05008
3	6	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11406	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11894	0.05008
4	8	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11894	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09471	0.05009
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09471	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04995	0.0501
6	12	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04995	0.0501
7	13	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0489	0.05008
7	14	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0489	0.05008
8	15	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11055	0.05008
8	16	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11055	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.346	103	0.335	3527	0.335	3734	0.896	0.898	97.2148	0.332
2.154-2.213	0.338	97	0.314	3468	0.315	3655	0.893	0.91	97.5376	0.306
2.213-2.277	0.385	111	0.308	3405	0.31	3604	0.877	0.916	97.5583	0.291
2.277-2.347	0.368	102	0.312	3294	0.313	3483	0.89	0.921	97.5022	0.299
2.347-2.424	0.33	91	0.311	3221	0.312	3382	0.909	0.929	97.9302	0.283
2.424-2.509	0.354	92	0.284	3094	0.286	3256	0.918	0.943	97.8501	0.255
2.509-2.604	0.348	79	0.267	3008	0.269	3152	0.923	0.952	97.9378	0.243
2.604-2.71	0.307	86	0.245	2858	0.247	2999	0.922	0.964	98.1661	0.22
2.71-2.83	0.296	93	0.234	2762	0.236	2904	0.944	0.968	98.3127	0.208
2.83-2.968	0.29	78	0.211	2652	0.213	2773	0.956	0.973	98.4493	0.186
2.968-3.128	0.304	75	0.213	2529	0.216	2640	0.947	0.973	98.6364	0.193
3.128-3.317	0.28	69	0.203	2386	0.205	2490	0.951	0.982	98.5944	0.197
3.317-3.545	0.256	76	0.211	2259	0.212	2364	0.963	0.979	98.7733	0.202
3.545-3.828	0.242	60	0.196	2079	0.198	2159	0.97	0.982	99.0736	0.191
3.828-4.192	0.171	61	0.158	1950	0.158	2026	0.984	0.989	99.2596	0.157
4.192-4.684	0.194	62	0.147	1728	0.149	1805	0.977	0.988	99.169	0.15
4.684-5.403	0.181	49	0.149	1549	0.15	1607	0.979	0.99	99.4399	0.155
5.403-6.604	0.226	43	0.174	1309	0.176	1358	0.983	0.987	99.5582	0.184
6.604-9.282	0.211	28	0.171	1020	0.172	1059	0.974	0.987	98.9613	0.191
9.282-59.556	0.302	16	0.237	566	0.239	582	0.977	0.954	100	0.271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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