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- PDB-9tmp: Crystal Structure of Native Cytochrome b562 in complex with the s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9tmp
タイトルCrystal Structure of Native Cytochrome b562 in complex with the synthetic anti-BRIL antibody BAG2.
要素
  • Soluble cytochrome b562
  • anti-BRIL antibody - heavy chain
  • anti-BRIL antibody - light chain
キーワードPROTEIN BINDING / Cytochrome / Fab / BRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Cooper, B.F. / Isom, G.L.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/W016672/1 英国
European Research Council (ERC)101162143European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2026
タイトル: Optimized bacterial expression of a synthetic BRIL antibody.
著者: Cooper, B.F. / Isom, G.L.
履歴
登録2025年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
H: anti-BRIL antibody - heavy chain
L: anti-BRIL antibody - light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5034
ポリマ－61,8863
非ポリマー6161
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area23480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.730, 88.730, 162.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 14081.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: T7 Express / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 anti-BRIL antibody - heavy chain


分子量: 24321.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 anti-BRIL antibody - light chain


分子量: 23483.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 0.03M bromide, 0.03M fluoride, 0.03M imidazole, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→76.84 Å / Num. obs: 21369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.66 % / Biso Wilson estimate: 97.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.18
反射 シェル解像度: 2.64→2.68 Å / Num. unique obs: 1061 / CC1/2: 0.119

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→44.28 Å / SU ML: 0.5249 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.342
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1008 5.23 %
Rwork0.2074 18278 -
obs0.209 19286 91.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 109.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 43 1 4144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00854250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92235799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.99511506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.790.4303560.39691221X-RAY DIFFRACTION42.28
2.79-2.960.39291540.36282819X-RAY DIFFRACTION99.9
2.96-3.190.43641530.34522855X-RAY DIFFRACTION99.87
3.19-3.510.29431710.27862814X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-4.020.25691540.22992852X-RAY DIFFRACTION99.93
4.02-5.070.21491640.17142836X-RAY DIFFRACTION100
5.07-44.280.18521560.16672881X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.275137607824.71756961493-2.345015710673.11356755172-2.724490305085.36159590327-0.4848793194083.040823153340.316563671541-1.951819984161.563173321280.6118589131980.93815885448-0.265469443781-0.9054243598481.398465453560.404128908792-0.195774692142.051417376790.09759993977260.81238836860632.072856162439.1227473936-40.0183757696
23.006040873421.11652775723-0.01791238648026.34959287813-3.796300859765.345760216210.3201117319362.37273782515-1.00193252585-1.27081669353-0.1527023874660.03610113676751.0736154817-1.0046399925-0.09151912113540.9725082802630.161996942195-0.08569832448741.55563474833-0.296290495610.94915926069332.786996655328.897336195-33.4773868171
37.35942334196-0.356582492617-1.705040505177.255648591640.5897882755156.901173675960.8362205362741.49476823225-0.671808114642-0.985402432201-1.41009315408-0.0919120766967-0.210782938098-0.6332218973130.507753687080.9268764957450.467977096852-0.03151982650291.25726266939-0.08762896844870.72096503828639.947610093731.394328467-29.3901136666
49.545170891095.461399489880.8415823905283.288602000461.737694759378.858992970980.02811598945752.542816305210.0969077119182-1.530204737740.203798389111-0.2991752249640.385350272464-0.052891997624-0.2102638632981.109277242070.5013794028230.02679055362021.854747621860.05506487855710.86322335958143.049372947837.2955950061-37.3783117258
58.10210290505-2.26912889343-2.458017202144.649337589172.130254423444.562126490350.2398591372230.003107687629720.007996120773720.178668651008-0.2958140170020.1340519886160.1894404704430.04313123296430.07513625261020.670890172458-0.04738324725470.06522300112420.5003550664690.06453283345060.55890453023131.15698735341.0979518874-6.84931233997
64.36356277259-0.422866385135-0.1847308872447.891419885240.03280982646198.31725847987-0.0734149049113-0.378497820349-1.227354610860.5033021685840.0702037511434-0.3612664658441.143809357590.137048297915-0.1011589841410.770011404081-0.06207042771170.08510414240360.5064392693480.005964101653640.80807211111610.946106779436.524588604818.4111786829
77.50663065999-1.25133784930.6193609675375.45549062929-1.264204378745.978108292210.1127468702130.496986128369-0.314506376017-0.251080296060.01561915103591.420099767121.10129648762-1.6846023085-0.1516814248660.871900527209-0.290454491580.05550264939180.953319826041-0.219151332630.73144589690910.776923608430.3443110597-18.4476925188
87.75230193852.12649805529-2.093851792095.97048241504-0.1586359584687.95111268640.1019780408990.857630013369-0.7865306959880.0832311095811-0.3621421237090.5163331688141.16208583026-0.9524677134340.2386744351340.682091341267-0.1005132760550.01751436188680.744059016804-0.1830434379660.74945933025519.527283850127.8997524625-15.3281719459
91.206033584770.297887248465-2.886697825450.0665277889588-0.6934285475376.81590700793-0.8967380902920.66111502427-1.401590075120.950008415685-0.291061144168-0.215319121012.24613665251-3.322208726561.16089297651.48205964905-0.5988006416570.4890521408161.38148627715-0.2514920742821.52682278493-0.050345134629624.736837431-1.79342197776
105.548514057645.192727670684.618230858875.738154288994.483595825673.922303343380.284107724586-1.27170828451-1.266966287730.72965308703-0.620467747073-0.4039719809221.28785026934-1.428371510810.1057267844421.29599056032-0.504340226840.3797371443861.020335716080.08824174556051.069747837810.97315347801240.694501108723.3533511522
112.951578688414.656061122360.6204714916667.527443368380.4880351885044.54240095290.2544746639350.431033336947-0.0221316772037-0.329181436383-0.6388994522560.156175071970.466556265312-1.034434813310.387052010350.955816734625-0.364176086660.1353665810781.12677602231-0.09484849495591.06682628596-4.4537653911335.875027177810.0883345576
124.67280992924-6.20363718663-2.29571093719.431537862255.123395742855.1757607712-0.2830609307110.145063312716-1.463240074630.00081731416616-0.2732411744591.367219999660.650334583136-0.6227839127870.5736577194490.982847253298-0.3667269829550.06047191814251.20010716322-0.02930065942371.20424307088-1.1593933233135.68456420697.60460656371
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143.084745686851.00836456755-3.894408757946.21838738578-1.381158319264.87024859071-0.07600032853260.199050056155-0.006913429474150.446047064374-0.6695310324481.720706936720.847721768627-0.8115736521130.8690913513741.20164790532-0.4353129551360.4176839079411.20380466399-0.2480180819711.28284761437-11.30448709735.810819165916.3923635245
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 44 )AA25 - 441 - 20
22chain 'A' and (resid 45 through 77 )AA45 - 7721 - 53
33chain 'A' and (resid 78 through 103 )AA78 - 10354 - 79
44chain 'A' and (resid 104 through 127 )AA104 - 12780 - 103
55chain 'H' and (resid 3 through 125 )HC3 - 1251 - 123
66chain 'H' and (resid 126 through 228 )HC126 - 228124 - 226
77chain 'L' and (resid 1 through 26 )LD1 - 261 - 26
88chain 'L' and (resid 27 through 104 )LD27 - 10427 - 104
99chain 'L' and (resid 105 through 115 )LD105 - 115105 - 115
1010chain 'L' and (resid 116 through 130 )LD116 - 130116 - 130
1111chain 'L' and (resid 131 through 152 )LD131 - 152131 - 152
1212chain 'L' and (resid 153 through 176 )LD153 - 176153 - 176
1313chain 'L' and (resid 177 through 190 )LD177 - 190177 - 190
1414chain 'L' and (resid 191 through 213 )LD191 - 213191 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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