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- PDB-9thy: ReAIV structure containing an acrylamide adduct at Cys183 and an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9thy
タイトルReAIV structure containing an acrylamide adduct at Cys183 and an orthoborate ester at Ser47
要素L-asparaginase II protein
キーワードHYDROLASE / L-asparaginase / acrylamide / zinc metalloenzyme / adduct / microcalorimetry / ITC
機能・相同性L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / PROPIONAMIDE / L-asparaginase II protein
機能・相同性情報
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Worsztynowicz, P. / Pokrywka, K. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2020/37/B/NZ1/03250. ポーランド
引用ジャーナル: Amino Acids / 年: 2026
タイトル: Efficient acrylamide adduct formation suggests dual applications of ReAIV L-asparaginase.
著者: Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Worsztynowicz, P. / Pokrywka, K. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2025年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase II protein
B: L-asparaginase II protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,37325
ポリマ－72,3222
非ポリマー1,05023
水13,493749
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area23820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.415, 80.453, 142.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-asparaginase II protein


分子量: 36161.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: RHE_CH01144 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2KB35

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非ポリマー , 6種, 772分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ROP / PROPIONAMIDE


分子量: 73.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H7NO / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: RHE_CH01144 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM bicine buffer, 200 mM MgCl 2 , 25% PEG 8000, 0.5% DDM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→46.48 Å / Num. obs: 105422 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.39→1.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5272 / CC1/2: 0.509

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2-5419精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→34.07 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 1114 1.06 %
Rwork0.137 --
obs0.137 105412 74.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5020 0 46 749 5815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7927338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8951987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.460.4556130.23441282X-RAY DIFFRACTION7
1.46-1.540.2416700.20436438X-RAY DIFFRACTION37
1.54-1.630.24331280.179212086X-RAY DIFFRACTION70
1.63-1.760.22081520.158514674X-RAY DIFFRACTION85
1.76-1.940.18341820.144416990X-RAY DIFFRACTION98
1.94-2.220.17891870.124817390X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.790.16341890.139217480X-RAY DIFFRACTION100
2.79-34.070.18221930.129517958X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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