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万見
- PDB-9tg6: Cryo-EM structure of the inward rectifying potassium channel 7.1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9tg6
タイトルCryo-EM structure of the inward rectifying potassium channel 7.1 (Kir7.1) in complex with PIP2
要素Inward rectifier potassium channel 13
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium ion channel / active conformation / human membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion transport / regulation of membrane potential / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Inward rectifier potassium channel 13 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-PIO / Inward rectifier potassium channel 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者O'Malley, N. / Faust, B. / Nasrallah, C. / Wallace, B.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of the human Kir7.1 channel reveals the molecular basis of snowflake vitreoretinal degeneration disease.
著者: Niamh O'Malley / Chady Nasrallah / Ashton Churchill / Jay Bertrand / Belinda R Faust / B A Wallace /
要旨: The inward rectifying human potassium channel 7.1 (Kir7.1) is a vital ion channel involved in maintaining cellular homoeostasis and electrical signalling across various tissues and organs, activated ...The inward rectifying human potassium channel 7.1 (Kir7.1) is a vital ion channel involved in maintaining cellular homoeostasis and electrical signalling across various tissues and organs, activated by phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP). A genetically inherited loss-of-function mutation in Kir7.1 (R162W) has been linked to the rare retinal disease Snowflake Vitreoretinal Degeneration (SVD), for which there are currently no curative treatment options. Here, the cryo-EM structures of wild type Kir7.1 and the R162W disease-related variant are presented, which unveil the molecular basis of SVD: the reorientation of the mutant tryptophan side chains into the pore impedes the flow of potassium ions, which would result in the loss of Kir7.1 transport function. Furthermore, this investigation shows that PIP binding widens the helix bundle crossing gate diameter, even in the absence of a docked cytoplasmic domain. This observation contrasts with other Kir-PIP₂ complexes and suggests that Kir7.1 may adopt an intermediate conformation during channel activation. These findings provide a structural basis for Kir7.1 loss of function in SVD and provide a framework for future therapeutic development.
履歴
登録2025年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年7月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年7月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward rectifier potassium channel 13
B: Inward rectifier potassium channel 13
D: Inward rectifier potassium channel 13
C: Inward rectifier potassium channel 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,65212
ポリマ－169,5094
非ポリマー3,1438
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Inward rectifier potassium channel 13 / Inward rectifier K(+) channel Kir7.1 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 13


分子量: 42377.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNJ13 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60928
#2: 化合物
ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate


分子量: 746.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric assembly of human inward rectifying potassium channel 7.1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: Plasma membrane
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293F
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 31.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22098

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細 (eV)
1cryoSPARC3.2粒子像選択Template Picker
4cryoSPARCv3.2CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9cryoSPARCv3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARCv3.2最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2分類
12cryoSPARC4.2３次元再構成
13PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 8821241
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 556510 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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