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- PDB-9t4h: Human Diphosphoinositol Polyphosphate Phosphohydrolase 1 (DIPP1) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9t4h
タイトルHuman Diphosphoinositol Polyphosphate Phosphohydrolase 1 (DIPP1) R41A mutant in complex with IP6
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / Inositol metabolism / phosphatase / NUDIX hydrolases / DIPP1 / IP6
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process ...inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / RNA decapping / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / manganese ion binding / cell-cell signaling / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Casas-Florez, D. / Marquez-Monino, M.A. / Gonzalez, B.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-117400GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2023-147659NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2026
タイトル: The DIPP1 family binds IP 8 in catalytically-productive twist-boat and chair conformations and associates in a ligand-dependent manner.
著者: Casas-Florez, D. / Whitfield, H. / Perez-Canadillas, J.M. / Monterroso, B. / Riley, A.M. / Marquez-Monino, M.A. / Shipton, M.L. / Sanz-Aparicio, J. / Brearley, C.A. / Potter, B.V.L. / Gonzalez, B.
履歴
登録2025年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9427
ポリマ－17,0291
非ポリマー9126
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area8500 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)34.592, 65.496, 77.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / DIPP-1 / Diadenosine hexaphosphate hydrolase / Ap6A hydrolase / Endopolyphosphatase / Nucleoside ...DIPP-1 / Diadenosine hexaphosphate hydrolase / Ap6A hydrolase / Endopolyphosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 3 / Nudix motif 3 / m7GpppN-mRNA hydrolase / m7GpppX diphosphatase


分子量: 17029.250 Da / 分子数: 1
変異: Deletion of the last 24 C-terminal residues (149-172) and R41A
由来タイプ: 組換発現
詳細: Deletion of the last 24 C-terminal residues (149-172), the first three amino acids (GHM) remain as residual residues after removal of the expression tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star
参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming), endopolyphosphatase, 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase, ...参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming), endopolyphosphatase, 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase, 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase

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非ポリマー , 6種, 234分子

#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein: 20mg/mL IP6: 10mM Precipitant conditions: 30% PEG 6K, 0.1M NaOAc pH 5, 0.2M LiCl, 1mM MgCl2 Ratio: 2:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→50.08 Å / Num. obs: 33878 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 12.78
反射 シェル解像度: 1.24→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique obs: 1694 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.1.7data processing
REFMAC5.8.0419精密化
Coot0.9.8.92モデル構築
autoPROC1.1.7データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
REFMAC5.8.0419位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.24→50.077 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.956 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 1768 5.219 %
Rwork0.169 32110 -
all0.171 --
obs-33878 66.498 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.142 Å2-0 Å20 Å2
2---0.036 Å20 Å2
3---0.178 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→50.077 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1196 0 48 228 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0121473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0161328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0331.8892023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6771.7983090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5155178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.029513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42910266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.0071068
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1910.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2230.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0291.616676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0281.616675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0422.906866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.042.906867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4412.072797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4392.079794
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4813.6271157
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4813.6351152
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.91525.421604
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.74320.9371519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.24-1.2710.7910.38388X-RAY DIFFRACTION2.4251
1.271-1.3060.409140.335285X-RAY DIFFRACTION8.2665
1.306-1.3440.422390.319653X-RAY DIFFRACTION19.6034
1.344-1.3850.317660.2911066X-RAY DIFFRACTION33.0897
1.385-1.4310.271950.2621738X-RAY DIFFRACTION54.8967
1.431-1.4810.312940.2561812X-RAY DIFFRACTION59.4325
1.481-1.5370.2331390.2262351X-RAY DIFFRACTION80.4264
1.537-1.5990.2311300.1932682X-RAY DIFFRACTION93.6709
1.599-1.670.1991460.1812710X-RAY DIFFRACTION98.8577
1.67-1.7520.2081270.1862409X-RAY DIFFRACTION91.8175
1.752-1.8470.2171510.1712476X-RAY DIFFRACTION100
1.847-1.9580.196870.1641813X-RAY DIFFRACTION76.2746
1.958-2.0930.1871190.1542061X-RAY DIFFRACTION93.1624
2.093-2.2610.1531140.1491982X-RAY DIFFRACTION94.4144
2.261-2.4760.184990.1481930X-RAY DIFFRACTION99.8524
2.476-2.7670.185780.1551644X-RAY DIFFRACTION94.047
2.767-3.1940.228990.161551X-RAY DIFFRACTION99.9394
3.194-3.9080.161670.1491180X-RAY DIFFRACTION87.7551
3.908-5.510.198710.141035X-RAY DIFFRACTION99.7295
5.51-50.0770.346320.245644X-RAY DIFFRACTION99.8523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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