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- PDB-9sv3: Local refinement of EloB/EloC/VHL/CV2a/14-3-3zeta/ERa from pose 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sv3
タイトルLocal refinement of EloB/EloC/VHL/CV2a/14-3-3zeta/ERa from pose 1
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Estrogen receptor
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / E3 ligase / von Hippel-Lindau / VHL / 14-3-3 / estrogen receptor alpha / PROTAC / proteolysis targeting chimera / degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cellular response to hypoxia / establishment of Golgi localization / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation ...synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cellular response to hypoxia / establishment of Golgi localization / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / transcription elongation factor activity / Rap1 signalling / target-directed miRNA degradation / elongin complex / negative regulation of protein localization to nucleus / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / intracellular membraneless organelle / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / GP1b-IX-V activation signalling / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / mammary gland alveolus development / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of signal transduction / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / protein targeting / : / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / : / Nuclear signaling by ERBB4 / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / cellular response to glucose starvation / RHO GTPases activate PKNs / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / estrogen receptor signaling pathway / Formation of RNA Pol II elongation complex / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of autophagy / protein sequestering activity / lung development / negative regulation of innate immune response / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / stem cell differentiation
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Estrogen receptor / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / 14-3-3 protein zeta/delta / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Crowe, C. / Nakasone, M.A. / Harzing, T. / Verhoef, C.J.A. / Cossar, P.J. / Ciulli, A.
資金援助European Union, 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLsEuropean Union
European Research Council (ERC)875510European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R015791/1 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Induced ubiquitination of the partially disordered Estrogen Receptor alpha protein via a 14-3-3-directed molecular glue-based PROTAC design
著者: Verhoef, C.J.A. / Crowe, C. / Nakasone, M.A. / DeLaCuadra-Baste, A. / Harzing, T. / Span, N.A.S. / Sathe, G. / Iso, K. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Ciulli, A. / Cossar, P.J.
履歴
登録2025年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Elongin-C
C: Elongin-B
G: Estrogen receptor
H: Estrogen receptor
I: 14-3-3 protein zeta/delta
D: 14-3-3 protein zeta/delta
E: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,3218
ポリマ－190,0867
非ポリマー1,2351
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 7分子 BCGHIDE

#1: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 45511.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#4: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 28819.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104
#5: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-A1JQT / ~{N}'-[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-~{N}-[(2~{S})-2-[(1~{E},3~{R},4~{S},8~{R},9~{R},10~{R},11~{S},14~{S})-14-(methoxymethyl)-3,10-dimethyl-8-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(2-methylbut-3-en-2-yloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,9-bis(oxidanyl)-6-tricyclo[9.3.0.0^{3,7}]tetradeca-1,6-dienyl]propyl]tridecanediamide


分子量: 1234.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C67H103N5O14S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Quaternary complex of the VCB (VHL-EloC-EloB) E3 ligase von Hippel-Lindau substrate receptor in complex with small molecule CV2a, 14-3-3zeta and the estrogen receptor alpha
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
30.5 mMTCEPTCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 33 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140642 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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