PDB-9ssh: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with Ceftriaxon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ssh

タイトル

PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with Ceftriaxone - Streptococcus pneumoniae R6

要素

Penicillin-binding protein 1B

キーワード

TRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / INFECTION / DRUG-BINDING PROTEIN / ANTIBIOTICS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.792 Å

データ登録者

Flanders, P.L. / Gillingham, J.R. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

資金援助

フランス,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-INBS-0005-02	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-17-EURE-0003	フランス
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01 GM128439A1	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R35 GM153306	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM132029-5	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2026
タイトル: Structural and Dynamics Analyses of beta-Lactam Inhibition of Streptococcus pneumoniae Penicillin-Binding Protein 1b (PBP1b) Guide Interrogation of Structure-Activity Relationships.
著者: Flanders, P.L. / Gillingham, J.R. / Contreras-Martel, C. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

履歴

登録	2025年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ssh.cif.gz	241.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ssh.ent.gz	158.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ssh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/9ssh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/9ssh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zuhC 9ssdC 9sseC 9ssfC 9ssgC 9ssiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1B

ヘテロ分子

55.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer expected, native gel electrophoresis, monomer expected

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.062, 148.577, 98.589
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-816- CL
2	1	A-1238- HOH

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1B 分子量: 54085.879 Da / 分子数: 1 / 変異: N656G, R686Q, R687Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC / 遺伝子: pbp1b / プラスミド: PGEX-Amp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O70038
#2: 化合物	ChemComp-CEF / CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form 分子量: 397.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₅O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射	モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.792→44.02 Å / Num. obs: 65637 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.67 % / B_iso Wilson estimate: 42.832 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 9.15
反射シェル	解像度: 1.792→1.9 Å / 冗長度: 4.77 % / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 10192 / CC_1/2: 0.21 / R_sym value: 2.34 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20200417	データ削減
XSCALE	20200417	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
ARP/wARP	8	モデル構築
Coot	0.8.9.2-7428	モデル構築
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.792→44.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 7.183 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	2299	3.51 %
R_work	0.1728	63208	-
all	0.174	-	-
obs	-	65507	98.716 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.752 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.829 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.398 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.228 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.792→44.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	50	428	3984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3339
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.288	1.809	4955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.452	1.75	7679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.368	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.001	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.106	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.871	10	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.787	10	169
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.378	2.731	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.369	2.732	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.16	4.892	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.17	4.894	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.947	3.152	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.946	3.153	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.036	5.575	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.035	5.576	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.202	29.496	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.134	27.67	4355

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.792-1.839	0.619	151	0.584	4264	0.586	4872	0.824	0.845	90.6199	0.62
1.839-1.889	0.476	189	0.487	4504	0.486	4711	0.681	0.717	99.6179	0.494
1.889-1.944	0.458	158	0.442	4418	0.443	4595	0.9	0.9	99.5865	0.462
1.944-2.003	0.321	145	0.347	4325	0.347	4484	0.938	0.933	99.6878	0.336
2.003-2.069	0.312	180	0.302	4129	0.302	4329	0.938	0.947	99.538	0.278
2.069-2.141	0.304	149	0.238	4033	0.24	4194	0.944	0.966	99.7139	0.208
2.141-2.222	0.259	127	0.214	3917	0.215	4066	0.964	0.972	99.4589	0.182
2.222-2.312	0.226	140	0.191	3713	0.193	3885	0.971	0.979	99.1763	0.157
2.312-2.415	0.2	133	0.165	3629	0.166	3768	0.977	0.984	99.8408	0.136
2.415-2.532	0.206	130	0.168	3474	0.169	3612	0.97	0.983	99.7785	0.14
2.532-2.669	0.202	123	0.163	3282	0.164	3420	0.976	0.985	99.5614	0.14
2.669-2.83	0.222	118	0.176	3105	0.178	3237	0.97	0.981	99.5675	0.157
2.83-3.025	0.236	105	0.189	2922	0.19	3035	0.967	0.98	99.7364	0.173
3.025-3.266	0.243	90	0.174	2757	0.176	2865	0.961	0.985	99.3717	0.169
3.266-3.575	0.175	87	0.15	2512	0.151	2626	0.985	0.989	98.9718	0.148
3.575-3.994	0.135	57	0.121	2287	0.122	2406	0.99	0.991	97.4231	0.129
3.994-4.606	0.139	64	0.109	2010	0.11	2129	0.988	0.993	97.4166	0.121
4.606-5.625	0.156	57	0.129	1748	0.129	1814	0.988	0.992	99.5039	0.144
5.625-7.891	0.148	61	0.148	1369	0.148	1435	0.988	0.99	99.6516	0.161
7.891-44.02	0.143	35	0.137	810	0.137	870	0.988	0.989	97.1264	0.166

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.18	0.4979	1.6152	0.843	0.8533	3.561	-0.0327	-0.1774	0.0377	0.0671	-0.0757	-0.0338	0.1082	-0.1239	0.1084	0.0406	-0.0573	0.0125	0.1535	-0.0457	0.2313	28.7959	36.3562	7.8664
2	0.7908	-0.0407	0.1758	0.7363	0.0164	0.665	-0.0024	-0.0893	-0.1124	0.0487	-0.0182	0.0126	0.0279	0.0167	0.0206	0.005	-0.0058	-0.0053	0.1543	0.0166	0.1866	17.1333	16.8503	-9.4431
3	1.1538	-0.441	0.0507	1.215	0.1048	1.2107	-0.0392	0.0167	0.012	-0.0302	-0.0029	-0.0566	0.0035	0.0505	0.0421	0.0055	-0.0174	-0.0048	0.1545	0.009	0.1752	13.0138	22.0576	-18.3347
4	2.6315	0.6582	-0.313	3.8912	-0.0634	2.6196	-0.0003	0.4437	-0.7317	-0.5702	0.0617	-0.0062	0.7038	0.0641	-0.0613	0.2978	0.06	-0.05	0.1318	-0.157	0.3138	19.9628	-7.8418	-29.0682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	337 - 397
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Ap	398 - 600
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	Ap	601 - 723
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	Ap	724 - 790

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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