[日本語] English
万見
- PDB-9srk: Structure of collectin-11 (CL-11) carbohydrate-recognition domain... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9srk
タイトルStructure of collectin-11 (CL-11) carbohydrate-recognition domain in complex with L-fucose
要素Collectin-11
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity / complement / lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent carbohydrate binding / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / fucose binding / complement activation, lectin pathway / oligosaccharide binding / developmental process / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / collagen trimer / antimicrobial humoral response ...calcium-dependent carbohydrate binding / Lectin pathway of complement activation / positive regulation of opsonization / fucose binding / complement activation, lectin pathway / oligosaccharide binding / developmental process / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / collagen trimer / antimicrobial humoral response / serine-type endopeptidase complex / complement activation / Scavenging by Class A Receptors / execution phase of apoptosis / Initial triggering of complement / D-mannose binding / external side of plasma membrane / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / DNA binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Collectin, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...Collectin, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Collectin-11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wallis, R. / Alrehaili, A.F.M. / Sacks, S.H. / klavinskis, L.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M012263/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Glycan recognition by collectin-11 drives SARS-CoV-2 infectivity and membrane injury of respiratory epithelial cells.
著者: Polycarpou, A. / Wagner-Gamble, T. / Greenlaw, R. / O'Neill, L. / Kanabar, V. / Alrehaili, A. / Jeon, Y. / Baker, J. / Bafadhel, M. / Khan, H. / Malim, M.H. / Romano, M. / Farrar, C.A. / ...著者: Polycarpou, A. / Wagner-Gamble, T. / Greenlaw, R. / O'Neill, L. / Kanabar, V. / Alrehaili, A. / Jeon, Y. / Baker, J. / Bafadhel, M. / Khan, H. / Malim, M.H. / Romano, M. / Farrar, C.A. / Smolarek, D. / Martinez-Nunez, R. / Doores, K.J. / Wallis, R. / Klavinskis, L.S. / Sacks, S.H.
履歴
登録2025年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Collectin-11
B: Collectin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,24617
ポリマ－28,5702
非ポリマー1,67615
水3,495194
1
A: Collectin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1849
ポリマ－14,2851
非ポリマー8998
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Collectin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0628
ポリマ－14,2851
非ポリマー7777
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.090, 105.760, 45.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Collectin-11 / Collectin kidney protein 1 / CL-K1


分子量: 14285.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COLEC11, UNQ596/PRO1182 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BWP8

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 201分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-acetate pH 8.5 containing 25% PEG High Smear. Crystals were transferred to reservoir solution containing 15% (vol/vol) L-fucose (0.9 M), and incubated for 10 minutes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→52.81 Å / Num. obs: 27248 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 19.64 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Num. unique obs: 1366 / CC1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45.21 Å / SU ML: 0.1744 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4319
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1982 1203 5.02 %
Rwork0.1584 22757 -
obs0.1604 23960 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1974 0 102 194 2270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95412873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4452800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.870.29721270.23932345X-RAY DIFFRACTION90.22
1.87-1.960.25581280.2072509X-RAY DIFFRACTION97.78
1.96-2.060.24481290.17942561X-RAY DIFFRACTION99.08
2.06-2.190.21371390.16332535X-RAY DIFFRACTION99.18
2.19-2.360.22981400.16742550X-RAY DIFFRACTION98.93
2.36-2.60.21551310.1642561X-RAY DIFFRACTION99.59
2.6-2.970.18341200.15712561X-RAY DIFFRACTION99.48
2.97-3.740.1851490.13952550X-RAY DIFFRACTION99.05
3.74-45.210.15921400.14142585X-RAY DIFFRACTION98.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20378268721-0.2648013604860.1259755741343.806868680311.188656878561.9922939142-0.00524071333949-0.05630305348480.142855096041-0.1870173712280.0197578952639-0.196570628885-0.01928724637050.1562121065630.00392296754690.1000258310630.01060120890340.03058788589760.15135881030.00973448007250.13411303204319.2568925765-7.2449038382541.481795075
21.85065140215-0.213876488817-0.111230690682.01001703628-1.249299465183.4497272819-0.102940238811-0.126305888473-0.1811179782450.2311596188830.02339002500380.1047839834090.181206406526-0.0005085144380910.05954321829250.157295087522-0.009607190797970.04810699973030.140868454480.01075439390430.15302848977511.827795818810.482621087818.3301157206
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 146 - 271 / Label seq-ID: 1 - 126

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 146 through 271)AA
22(chain 'B' and resid 146 through 271)BH

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る