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- PDB-9sob: Structural Model of the Nuclear Pore Complex in Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sob
タイトルStructural Model of the Nuclear Pore Complex in Arabidopsis thaliana
要素
  • (Nuclear pore complex protein ...) x 17
  • Aladin
  • E3 ubiquitin-protein ligase HOS1
  • NUP58
  • Nucleoporin (DUF3414)
  • Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein
  • Protein SEH1
  • Protein transport protein SEC13 homolog B
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear Pore Complex / Nuclear Transport / Nuclear-cytoplasmic transport
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of auxin mediated signaling pathway / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / long-day photoperiodism, flowering / nuclear pore transmembrane ring / zygote asymmetric cell division / induced systemic resistance / vegetative to reproductive phase transition of meristem / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / innate immune response-activating signaling pathway ...negative regulation of auxin mediated signaling pathway / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / long-day photoperiodism, flowering / nuclear pore transmembrane ring / zygote asymmetric cell division / induced systemic resistance / vegetative to reproductive phase transition of meristem / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / innate immune response-activating signaling pathway / nuclear pore inner ring / developmental process / nuclear pore organization / response to auxin / embryo development ending in seed dormancy / response to abscisic acid / plasmodesma / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / vesicle-mediated transport / nuclear periphery / protein export from nucleus / response to cold / response to bacterium / circadian regulation of gene expression / defense response / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein import into nucleus / ubiquitin-protein transferase activity / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / protein-macromolecule adaptor activity / nucleic acid binding / protein ubiquitination / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein NUP160 / Nuclear pore complex protein NUP214 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 / NUP160, helical domain / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Aladin seven-bladed propeller / Nucleoporin, NUP53 / Aladin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly ...Nuclear pore complex protein NUP160 / Nuclear pore complex protein NUP214 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 / NUP160, helical domain / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Aladin seven-bladed propeller / Nucleoporin, NUP53 / Aladin / ELYS-like domain / Nuclear pore complex assembly / Nucleoporin Nup88 / Nuclear pore component / : / : / Nup160 C-terminal TPR / NUP160/120 middle TPR / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup188 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Sec13/Seh1 family / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / RNA-binding domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein NUP155 / Nuclear pore complex protein NUP214 / Nuclear pore complex protein NUP133 / Nucleoporin (DUF3414) / Nuclear pore complex protein NUP205 / Nuclear pore complex protein NUP35 / Nuclear pore complex protein NUP93A / Protein transport protein SEC13 homolog B / Nuclear pore complex protein NUP43 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 ...Nuclear pore complex protein NUP155 / Nuclear pore complex protein NUP214 / Nuclear pore complex protein NUP133 / Nucleoporin (DUF3414) / Nuclear pore complex protein NUP205 / Nuclear pore complex protein NUP35 / Nuclear pore complex protein NUP93A / Protein transport protein SEC13 homolog B / Nuclear pore complex protein NUP43 / E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 / Aladin / Nuclear pore complex protein NUP54 / Nuclear pore complex protein NUP107 / Nuclear pore complex protein NUP62 / Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein / Nuclear pore complex protein NUP96 / Nuclear pore complex protein NUP85 / Protein SEH1 / Nuclear pore complex protein NUP160 / Nuclear pore complex protein NUP88
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35 Å
データ登録者Obarska-Kosinska, A. / Sanchez Carrillo, I.B. / Hoffmann, P.C. / Fourcassie, V. / Beck, M. / Germain, H.
資金援助 ドイツ, European Union, カナダ, 4件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)NPCvalve 101054823European Union
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RG2020-04002 カナダ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 33-2021European Union
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2025
タイトル: In situ architecture of the nuclear pore complex of the higher plant Arabidopsis thaliana
著者: Sanchez Carrillo, I.B. / Hoffmann, P.C. / Obarska-Kosinska, A. / Fourcassie, V. / Beck, M. / Germain, H.
履歴
登録2025年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: Nuclear pore complex protein NUP160
M: Nuclear pore complex protein NUP96
N: Protein transport protein SEC13 homolog B
R8: Nuclear pore complex protein NUP160
M8: Nuclear pore complex protein NUP96
N8: Protein transport protein SEC13 homolog B
R16: Nuclear pore complex protein NUP160
M16: Nuclear pore complex protein NUP96
N16: Protein transport protein SEC13 homolog B
T: E3 ubiquitin-protein ligase HOS1
T8: E3 ubiquitin-protein ligase HOS1
T16: E3 ubiquitin-protein ligase HOS1
P: Nuclear pore complex protein NUP85
O: Protein SEH1
Q: Nuclear pore complex protein NUP43
P8: Nuclear pore complex protein NUP85
O8: Protein SEH1
Q8: Nuclear pore complex protein NUP43
P16: Nuclear pore complex protein NUP85
O16: Protein SEH1
Q16: Nuclear pore complex protein NUP43
L: Nuclear pore complex protein NUP107
L8: Nuclear pore complex protein NUP107
L16: Nuclear pore complex protein NUP107
K: Nuclear pore complex protein NUP133
K8: Nuclear pore complex protein NUP133
K16: Nuclear pore complex protein NUP133
C16: Nuclear pore complex protein NUP205
A24: Nuclear pore complex protein NUP93A
C24: Nuclear pore complex protein NUP205
A40: Nuclear pore complex protein NUP93A
A: Nuclear pore complex protein NUP93A
V: Nuclear pore complex protein NUP214
W: Nuclear pore complex protein NUP88
J: Nuclear pore complex protein NUP62
C: Nuclear pore complex protein NUP205
C8: Nuclear pore complex protein NUP205
A8: Nuclear pore complex protein NUP93A
A16: Nuclear pore complex protein NUP93A
F8: Nuclear pore complex protein NUP35
F: Nuclear pore complex protein NUP35
A32: Nuclear pore complex protein NUP93A
F24: Nuclear pore complex protein NUP35
F16: Nuclear pore complex protein NUP35
B: Nucleoporin (DUF3414)
B8: Nucleoporin (DUF3414)
4: Aladin
E: Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein
48: Aladin
E8: Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein
H: Nuclear pore complex protein NUP54
I: NUP58
J32: Nuclear pore complex protein NUP62
H8: Nuclear pore complex protein NUP54
I8: NUP58
J8: Nuclear pore complex protein NUP62
H24: Nuclear pore complex protein NUP54
I24: NUP58
J24: Nuclear pore complex protein NUP62
H16: Nuclear pore complex protein NUP54
I16: NUP58
J16: Nuclear pore complex protein NUP62
D: Nuclear pore complex protein NUP155
D8: Nuclear pore complex protein NUP155
D16: Nuclear pore complex protein NUP155
D24: Nuclear pore complex protein NUP155
D32: Nuclear pore complex protein NUP155
D40: Nuclear pore complex protein NUP155
C32: Nuclear pore complex protein NUP205
A48: Nuclear pore complex protein NUP93A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,802,82970
ポリマ－5,802,82970
非ポリマー00
水00
1
R: Nuclear pore complex protein NUP160
M: Nuclear pore complex protein NUP96
N: Protein transport protein SEC13 homolog B
R8: Nuclear pore complex protein NUP160
M8: Nuclear pore complex protein NUP96
N8: Protein transport protein SEC13 homolog B
R16: Nuclear pore complex protein NUP160
M16: Nuclear pore complex protein NUP96
N16: Protein transport protein SEC13 homolog B
T: E3 ubiquitin-protein ligase HOS1
T8: E3 ubiquitin-protein ligase HOS1
T16: E3 ubiquitin-protein ligase HOS1
P: Nuclear pore complex protein NUP85
O: Protein SEH1
Q: Nuclear pore complex protein NUP43
P8: Nuclear pore complex protein NUP85
O8: Protein SEH1
Q8: Nuclear pore complex protein NUP43
P16: Nuclear pore complex protein NUP85
O16: Protein SEH1
Q16: Nuclear pore complex protein NUP43
L: Nuclear pore complex protein NUP107
L8: Nuclear pore complex protein NUP107
L16: Nuclear pore complex protein NUP107
K: Nuclear pore complex protein NUP133
K8: Nuclear pore complex protein NUP133
K16: Nuclear pore complex protein NUP133
C16: Nuclear pore complex protein NUP205
A24: Nuclear pore complex protein NUP93A
C24: Nuclear pore complex protein NUP205
A40: Nuclear pore complex protein NUP93A
A: Nuclear pore complex protein NUP93A
V: Nuclear pore complex protein NUP214
W: Nuclear pore complex protein NUP88
J: Nuclear pore complex protein NUP62
C: Nuclear pore complex protein NUP205
C8: Nuclear pore complex protein NUP205
A8: Nuclear pore complex protein NUP93A
A16: Nuclear pore complex protein NUP93A
F8: Nuclear pore complex protein NUP35
F: Nuclear pore complex protein NUP35
A32: Nuclear pore complex protein NUP93A
F24: Nuclear pore complex protein NUP35
F16: Nuclear pore complex protein NUP35
B: Nucleoporin (DUF3414)
B8: Nucleoporin (DUF3414)
4: Aladin
E: Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein
48: Aladin
E8: Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein
H: Nuclear pore complex protein NUP54
I: NUP58
J32: Nuclear pore complex protein NUP62
H8: Nuclear pore complex protein NUP54
I8: NUP58
J8: Nuclear pore complex protein NUP62
H24: Nuclear pore complex protein NUP54
I24: NUP58
J24: Nuclear pore complex protein NUP62
H16: Nuclear pore complex protein NUP54
I16: NUP58
J16: Nuclear pore complex protein NUP62
D: Nuclear pore complex protein NUP155
D8: Nuclear pore complex protein NUP155
D16: Nuclear pore complex protein NUP155
D24: Nuclear pore complex protein NUP155
D32: Nuclear pore complex protein NUP155
D40: Nuclear pore complex protein NUP155
C32: Nuclear pore complex protein NUP205
A48: Nuclear pore complex protein NUP93A
x 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,042,4371050
ポリマ－87,042,4371050
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation14

-
要素

-
Nuclear pore complex protein ... , 17種, 51分子 RR8R16MM8M16PP8P16QQ8Q16LL8L16KK8K16C16C24CC8C32A24A40A16A32AA48V...

#1: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP160 / AtNUP160 / Nucleoporin 160 / Protein SUPPRESSOR OF AUXIN RESISTANCE 1


分子量: 168456.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C811
#2: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP96 / AtNUP96 / Nucleoporin 96 / Nucleoporin PRECOCIOUS / Nucleoporin PRECOZ / Protein MODIFIER OF SNC1 3 ...AtNUP96 / Nucleoporin 96 / Nucleoporin PRECOCIOUS / Nucleoporin PRECOZ / Protein MODIFIER OF SNC1 3 / Protein SUPPRESSOR OF AUXIN RESISTANCE 3


分子量: 80453.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LLD0
#5: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP85 / Nuclear pore complex protein NUP75 / Nucleoporin 75 / Nucleoporin 85


分子量: 80946.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8RXH2
#7: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP43 / Nucleoporin 43


分子量: 39388.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q24JJ9
#8: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP107 / Nucleoporin 107


分子量: 111106.227 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8L748
#9: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP133 / Nucleoporin 133 / Nucleoporin Nup155-like


分子量: 81469.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4IGA5
#10: タンパク質
Nuclear pore complex protein NUP205 / Nucleoporin 205 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 3142


分子量: 206947.188 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4KBW6
#11: タンパク質
Nuclear pore complex protein NUP93A / Nucleoporin 93A


分子量: 96591.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22224
#12: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP93A / Nucleoporin 93A


分子量: 85783.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22224
#13: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP214 / Nucleoporin 214 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1011 / Protein LNO1 / Protein LONO1


分子量: 22728.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4I1T7
#14: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP88 / Nucleoporin 88 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2789 / Protein MODIFIER OF SNC1 / 7


分子量: 89832.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9FFK6
#15: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP62 / Nucleoporin 62 / NP62 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2766


分子量: 21492.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8L7F7
#16: タンパク質 Nuclear pore complex protein NUP93A / Nucleoporin 93A


分子量: 7520.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O22224
#17: タンパク質・ペプチド
Nuclear pore complex protein NUP35 / Nucleoporin 35


分子量: 3045.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O04326
#21: タンパク質
Nuclear pore complex protein NUP54 / Nucleoporin 54


分子量: 28956.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8GYF7
#23: タンパク質
Nuclear pore complex protein NUP62 / Nucleoporin 62 / NP62 / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2766


分子量: 22892.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8L7F7
#24: タンパク質
Nuclear pore complex protein NUP155 / Nucleoporin 155


分子量: 160181.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4HXV6

-
タンパク質 , 7種, 19分子 NN8N16TT8T16OO8O16BB8448EE8II8I24I16

#3: タンパク質 Protein transport protein SEC13 homolog B / SEC13-like protein B


分子量: 32674.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: O64740
#4: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HOS1 / Protein HIGH EXPRESSION OF OSMOTICALLY RESPONSIVE GENE 1 / RING finger protein HOS1 / RING-type E3 ...Protein HIGH EXPRESSION OF OSMOTICALLY RESPONSIVE GENE 1 / RING finger protein HOS1 / RING-type E3 ubiquitin transferase HOS1


分子量: 78435.930 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q84JU6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#6: タンパク質 Protein SEH1


分子量: 35729.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q93VR9
#18: タンパク質 Nucleoporin (DUF3414)


分子量: 219705.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: F4JUG3
#19: タンパク質 Aladin


分子量: 48532.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8GWR1
#20: タンパク質 Nucleoporin protein Ndc1-Nup protein


分子量: 57475.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q8LAF4
#22: タンパク質
NUP58


分子量: 27626.533 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

-
試料調製

構成要素名称: Nuclear Pore Complex / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 5.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm
撮影電子線照射量: 2.2 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 130 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1novaSTAvolume selection
13novaSTA３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 35 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 75 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 37 / Num. of volumes extracted: 79

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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