PDB-9sgd: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) IN COMPLEX WITH A MONOBACT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9sgd

タイトル

PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) IN COMPLEX WITH A MONOBACTAM (26)

要素

Penicillin-binding protein 1B

キーワード

TRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / DRUG-BINDING PROTEIN / MONOBACTAM

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.571 Å

データ登録者

Contreras-Martel, C. / Kavas, V.

資金援助

スロベニア,

フランス, 5件

組織	認可番号	国
Slovenian Research Agency	P1-0208	スロベニア
Slovenian Research Agency	J1-50039	スロベニア
Slovenian Research Agency	J3-50123	スロベニア
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)	ANR-10-INBS-05-02	フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)	ANR-17-EURE-0003	フランス

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2026
タイトル: Structure-Activity Relationship and Crystallographic Study of New Monobactams.
著者: Kavas, V. / Contreras-Martel, C. / Pajk, S. / Knez, D. / Martins, A. / Gould, T.A. / Roper, D.I. / Zdovc, I. / Dessen, A. / Hrast Rambaher, M. / Gobec, S.

履歴

登録	2025年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9sgd.cif.gz	248.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9sgd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9sgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/9sgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/9sgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9sg5C 9sg6C 9sg7C 9sg8C 9sg9C 9sgaC 9sgbC 9sgcC 9sgeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1B

ヘテロ分子

55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.239, 148.297, 98.144
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-817- CL
2	1	A-1213- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1B 分子量: 54085.879 Da / 分子数: 1 / 変異: N656G, R686Q, R687Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC / 遺伝子: pbp1b / プラスミド: PGEX-Amp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O70038

-
非ポリマー , 5種, 406分子

#2: 化合物	ChemComp-A1JNT / [(2~{S},3~{S})-3-[[2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-2-(2-methoxy-2-oxidanylidene-ethoxy)imino-ethanoyl]amino]-4-oxidanylidene-butan-2-yl]sulfamic acid 分子量: 423.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₅O₈S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO3 / SULFITE ION 分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₃
#4: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID 分子量: 125.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO₃S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月25日
放射	モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→43.57 Å / Num. obs: 94733 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.78 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.29
反射シェル	解像度: 1.57→1.66 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 14612 / CC_1/2: 0.227 / R_sym value: 0.173 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	20230630	データ削減
XSCALE	20230630	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.571→43.567 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 3.974 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2052	2067	2.183 %
R_work	0.1767	92600	-
all	0.177	-	-
obs	-	94667	95.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.766 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.332 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.434 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.571→43.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3624	0	65	376	4065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.809	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.456	1.752	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.41	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.305	7.174	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.108	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.133	10	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.024	10	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.227	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.293	2.529	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.29	2.528	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.08	4.536	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.079	4.538	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.178	2.968	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.178	2.968	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.08	5.247	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.078	5.247	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.79	26.897	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.772	26.013	4304

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.571-1.612	0.624	150	0.643	6893	0.642	7264	0.696	0.683	96.9576	0.652
1.612-1.656	0.551	159	0.554	6698	0.554	6985	0.907	0.904	98.1675	0.552
1.656-1.704	0.443	128	0.489	6613	0.488	6886	0.929	0.925	97.8943	0.469
1.704-1.756	0.428	143	0.389	6348	0.39	6635	0.929	0.948	97.8297	0.347
1.756-1.814	0.318	147	0.299	6107	0.3	6483	0.957	0.961	96.4677	0.252
1.814-1.877	0.245	129	0.234	5995	0.234	6238	0.969	0.971	98.1725	0.188
1.877-1.948	0.226	128	0.199	5770	0.199	6037	0.971	0.976	97.6975	0.16
1.948-2.027	0.19	106	0.177	5566	0.177	5827	0.979	0.981	97.34	0.15
2.027-2.117	0.193	125	0.171	5269	0.171	5574	0.979	0.983	96.7707	0.153
2.117-2.22	0.189	108	0.163	4984	0.164	5345	0.98	0.986	95.2666	0.151
2.22-2.34	0.166	101	0.156	4841	0.156	5106	0.984	0.987	96.7881	0.15
2.34-2.481	0.178	115	0.151	4482	0.152	4805	0.984	0.987	95.6712	0.151
2.481-2.652	0.165	83	0.148	4257	0.149	4550	0.981	0.987	95.3846	0.154
2.652-2.864	0.194	92	0.171	3877	0.172	4244	0.981	0.983	93.5203	0.187
2.864-3.136	0.222	80	0.187	3572	0.188	3903	0.968	0.98	93.5691	0.21
3.136-3.504	0.212	80	0.166	3194	0.167	3545	0.975	0.984	92.3554	0.195
3.504-4.041	0.17	63	0.141	2842	0.142	3169	0.979	0.988	91.6693	0.179
4.041-4.939	0.18	65	0.136	2365	0.137	2689	0.985	0.99	90.3682	0.178
4.939-6.94	0.224	43	0.184	1866	0.185	2118	0.976	0.984	90.1322	0.239
6.94-43.567	0.203	22	0.176	1061	0.176	1255	0.968	0.978	86.2948	0.263

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6364	0.4192	-1.7866	0.7147	-0.1341	2.8092	-0.2807	-0.0676	-0.1927	-0.0919	0.0454	-0.062	0.2553	0.2114	0.2353	0.067	-0.0428	0.0419	0.1734	0.0679	0.1324	21.6497	34.5722	52.0175
2	3.8753	0.3076	-0.1768	5.8537	3.3435	8.3559	-0.0752	-0.0298	0.2068	0.0706	-0.1377	0.0869	-0.2179	0.0079	0.2129	0.124	-0.0464	0.0122	0.2369	0.0669	0.2119	17.0653	38.3325	62.4999
3	2.3427	0.254	-0.1183	1.5942	0.3277	1.1948	-0.1088	-0.1988	-0.0675	0.1933	0.0066	-0.0657	0.1559	0.086	0.1023	0.0618	0.0148	0.033	0.1959	0.0154	0.1164	37.4795	41.1709	42.1639
4	0.7567	-0.1506	-0.1604	0.79	0.119	0.7434	0.0422	-0.1091	0.1458	0.013	-0.0392	0.0486	-0.1685	-0.0137	-0.003	0.0406	-0.0004	0.0028	0.1548	-0.0506	0.1218	29.489	60.5418	35.4851
5	4.9584	0.298	3.0582	2.575	0.9012	6.1815	-0.1659	-0.141	0.3197	0.1814	0.0776	-0.2431	-0.3585	0.3436	0.0883	0.104	-0.0008	0.0178	0.1913	-0.0115	0.1703	40.8974	53.5236	40.2252
6	1.3179	-0.6217	-0.1888	1.5491	0.1477	1.5286	0.0972	0.1666	0.3089	-0.3251	-0.1479	0.0192	-0.3508	-0.1189	0.0508	0.1422	0.0282	-0.0267	0.1726	0.0026	0.1271	31.6347	61.3134	22.8373
7	4.3389	1.8991	-0.2055	4.2579	0.8456	2.7651	0.2277	0.3055	0.8349	-0.5462	-0.0413	0.147	-0.9585	-0.0436	-0.1864	0.4069	0.0678	0.0903	0.0546	0.0742	0.2486	29.3902	81.0952	21.8959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	105 - 362
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Ap	363 - 389
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	Ap	390 - 454
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	Ap	455 - 656
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	Ap	657 - 689
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	Ap	690 - 748
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	Ap	749 - 790

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

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非ポリマー , 5種, 406分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)