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- PDB-9s9c: Crystal structure of the apo BRL2 ectodomain from Arabidopsis tha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9s9c
タイトルCrystal structure of the apo BRL2 ectodomain from Arabidopsis thaliana.
要素Serine/threonine-protein kinase BRI1-like 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / receptor kinase / steroid receptor / brassinosteroids / leucine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


phloem transport / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / brassinosteroid mediated signaling pathway / auxin-activated signaling pathway / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase BRI1-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Caregnato, A. / Hothorn, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_205201 スイス
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: A mechanistic framework for the recognition of chemically diverse brassinosteroids by BRI1-family receptor kinases.
著者: Caregnato, A. / Chen, H. / Kvasnica, M. / Hohmann, U. / Oklestkova, J. / Ferrer, K. / Broger, L. / Hothorn, L.A. / Strnad, M. / Hothorn, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2025年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase BRI1-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0367
ポリマ－81,1561
非ポリマー1,8806
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.613, 118.613, 155.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase BRI1-like 2 / BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-like protein 2 / Protein VASCULAR HIGHWAY 1


分子量: 81155.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Col-0 / 遺伝子: BRL2, VH1, At2g01950, F14H20.2 / プラスミド: pBB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9ZPS9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 23 % PEG 3,350, 0.2 M MgCl2 6H2O, 0.1 M Tris pH 9.0, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999879 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→47.53 Å / Num. obs: 34843 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.2 % / Biso Wilson estimate: 91.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.59→2.76 Å / 冗長度: 21.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 5378 / CC1/2: 0.592 / Rrim(I) all: 2.373 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→47.53 Å / SU ML: 0.4898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.6051
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 1741 5 %
Rwork0.2674 33102 -
obs0.2687 34843 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 133.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 122 10 5100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65987058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.07492042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.670.53791290.60742465X-RAY DIFFRACTION90.67
2.67-2.750.38631440.4382752X-RAY DIFFRACTION99.59
2.75-2.850.3631440.37652715X-RAY DIFFRACTION99.37
2.85-2.960.36681450.36872741X-RAY DIFFRACTION99.55
2.96-3.10.38621440.34962725X-RAY DIFFRACTION99.38
3.1-3.260.30961430.3552735X-RAY DIFFRACTION99.41
3.26-3.470.3321460.30612782X-RAY DIFFRACTION99.86
3.47-3.730.30871450.25322749X-RAY DIFFRACTION99.42
3.73-4.110.29541460.24612787X-RAY DIFFRACTION99.76
4.11-4.70.2471460.20592798X-RAY DIFFRACTION99.83
4.71-5.920.25891510.25732855X-RAY DIFFRACTION99.83
5.93-47.530.28571580.25672998X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.066287092150.431527270932-2.328429989923.539937178780.109655028135.36745965851-1.56415310672-1.97753892291-0.220527824190.55870651988-0.64641395761-0.111967517576-1.709696467621.772980484191.417602616141.620918079230.33814657487-0.6828467149622.59151742871-0.09855587606251.44048978436-16.5452599352.3908014885511.6322636625
23.26960831960.2999958856110.8558162729621.62147718570.08015276226235.35927007768-0.0416487819841-0.567743978919-0.209420554290.3080529746140.104072818438-0.3378792776850.5397584456340.833021084817-0.1522435149791.067293004550.252522974654-0.0506432145631.002850418320.04254947129160.779755698161-39.0395888506-5.70011237709-4.84767639972
33.939985745251.58607794822-2.676870795243.65517749904-3.162999812567.03920042272-0.2039978762930.2100756085290.125419547507-0.2304290908490.3276695390270.2034654336820.255501802078-0.156219737089-0.198894057180.7645839611630.0177596777929-0.04256377101540.7045429630110.001315655050630.645119993076-46.446605447910.4455719476-38.4983345575
45.626607006410.694301892776-2.752153513795.45058300634-3.122355645617.08025244472-0.04304299689360.6084091367840.390657964326-0.56979303524-0.250132953320.1933635098190.6580126992460.5380329799940.1388545823651.01646995092-0.1599122347790.1561791045431.055885889820.06203716453970.850714872207-28.504125412217.0093182518-54.3283523963
50.1791218467571.091271181570.5236304164612.05068914630.2874268216012.08348993189-0.6764393856780.417257014078-0.386874930495-0.9300677742990.429196186422-0.581409602369-0.4130545839020.226939469398-0.1149081601451.30877209261-0.1016864055380.3026777809971.24654486111-0.01140099712881.17845737295-14.287177593516.5229063985-51.9665724351
63.79953043421.384312357280.1680955255482.270259260770.9947659558063.87943933802-0.2772004422960.693493556737-0.923645551915-0.603679748107-0.168048927099-0.2698925849510.795452932909-0.2984959955820.160629950691.18717463219-0.03123277607710.3641801319391.07878520721-0.0865261210751.1564288735-10.29578851768.45892648665-55.2557352145
72.648665684940.313790008444-1.415695908731.97055904916-0.3645078944944.27292283025-0.4425873355460.510732367132-1.23811092444-2.087955112080.422045888156-0.8936173385290.4941945133151.337481591760.7048535728121.78933662049-0.01999506749810.5583116544661.42887571709-0.2759468384111.66550503164-6.17037395271-2.77259311409-59.4561570795
82.464432740040.212660801236-2.656537926356.21572081364-0.6619217582362.75906636337-1.236567750230.78123881697-1.26657750385-2.176452439790.09817848982440.1138940723923.156803850460.8368118577830.6948716841922.027092845990.2419545101880.90021673671.33635876207-0.2479533971121.64096642346-8.23907496071-10.4714526669-64.0999722064
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 33 through 72 )33 - 721 - 40
22chain 'A' and (resid 73 through 283 )73 - 28341 - 251
33chain 'A' and (resid 284 through 453 )284 - 453252 - 421
44chain 'A' and (resid 454 through 501 )454 - 501422 - 469
55chain 'A' and (resid 502 through 572 )502 - 572470 - 532
66chain 'A' and (resid 573 through 652 )573 - 652533 - 587
77chain 'A' and (resid 653 through 686 )653 - 686588 - 621
88chain 'A' and (resid 687 through 715 )687 - 715622 - 650

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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