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- PDB-9s90: Crystal structure of the BRL3 ectodomain from Arabidopsis thalian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9s90
タイトルCrystal structure of the BRL3 ectodomain from Arabidopsis thaliana in complex with castasterone.
要素Receptor-like protein kinase BRI1-like 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / receptor kinase / steroid receptor / brassinosteroids / leucine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...: / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETATE ION / Receptor-like protein kinase BRI1-like 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Caregnato, A. / Hothorn, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_205201 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A mechanistic framework for the recognition of chemically diverse brassinosteroids by BRI1-family receptor kinases.
著者: Caregnato, A. / Chen, H. / Kvasnica, M. / Hohmann, U. / Oklestkova, J. / Ferrer, K. / Broger, L. / Hothorn, L.A. / Strnad, M. / Hothorn, M.
履歴
登録2025年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-like protein kinase BRI1-like 3
B: Receptor-like protein kinase BRI1-like 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,06832
ポリマ－167,2392
非ポリマー12,82930
水19811
1
A: Receptor-like protein kinase BRI1-like 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,89714
ポリマ－83,6201
非ポリマー6,27813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Receptor-like protein kinase BRI1-like 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,17118
ポリマ－83,6201
非ポリマー6,55117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.257, 81.940, 122.476
Angle α, β, γ (deg.)107.022, 91.499, 112.530
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 31 through 204 or resid 206...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 31 through 56 or resid 64...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11VALVALLYSLYSAA31 - 20431 - 204
d_12LEULEULEULEUAA206 - 224206 - 224
d_13GLUGLUGLUGLUAA226 - 254226 - 254
d_14LEULEUGLYGLYAA256 - 334256 - 334
d_15ASNASNLEULEUAA336 - 398336 - 398
d_16SERSERSERSERAA400 - 490400 - 490
d_17PROPROSERSERAA492 - 757492 - 757
d_18NAGNAGNAGNAGCC1
d_19NAGNAGNAGNAGCC2
d_110NAGNAGNAGNAGDD1
d_111NAGNAGNAGNAGDD2
d_112NAGNAGNAGNAGAT802
d_113NAGNAGNAGNAGEE1
d_114MANMANMANMANEE4
d_115MANMANMANMANEE7
d_116MANMANMANMANEE5
d_117MANMANMANMANEE6
d_118MANMANMANMANEE10
d_119NAGNAGNAGNAGFF1
d_120NAGNAGNAGNAGFF2
d_121NAGNAGNAGNAGAU803
d_21VALVALTRPTRPBB31 - 5631 - 56
d_22PROPROLYSLYSBB64 - 20464 - 204
d_23LEULEULEULEUBB206 - 224206 - 224
d_24GLUGLUGLUGLUBB226 - 254226 - 254
d_25LEULEUGLYGLYBB256 - 334256 - 334
d_26ASNASNLEULEUBB336 - 398336 - 398
d_27SERSERSERSERBB400 - 490400 - 490
d_28PROPROSERSERBB492 - 757492 - 757
d_29NAGNAGNAGNAGKK1
d_210NAGNAGNAGNAGKK2
d_211NAGNAGNAGNAGLL1
d_212NAGNAGNAGNAGLL2
d_213NAGNAGNAGNAGBZ803
d_214NAGNAGNAGNAGMM1
d_215MANMANMANMANMM10
d_216MANMANMANMANMM7
d_217MANMANMANMANMM8
d_218MANMANMANMANMM5
d_219MANMANMANMANMM6
d_220NAGNAGNAGNAGPP2
d_221NAGNAGNAGNAGQQ1
d_222NAGNAGNAGNAGRR2

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.461969981298, -0.850969883192, -0.249867953686), (-0.841650613166, 0.331807687198, 0.426060915919), (-0.279656900035, 0.407128869789, -0.869504515024)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.461969981298, -0.850969883192, -0.249867953686), (-0.841650613166, 0.331807687198, 0.426060915919), (-0.279656900035, 0.407128869789, -0.869504515024)
ベクター: 34.8252210212, -7.1493548119, 96.4804163439)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase BRI1-like 3 / BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-like protein 3


分子量: 83619.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BRL3, At3g13380, MRP15.1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9LJF3, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
糖 , 6種, 21分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1_j2-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[DManpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-i1_g2-h1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 20分子

#7: 化合物 ChemComp-A1JME / Castasterone / (2~{R},3~{S},5~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{S},14~{S},17~{R})-17-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S})-5,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)heptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3-bis(oxidanyl)-1,2,3,4,5,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydrocyclopenta[a]phenanthren-6-one


分子量: 464.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H48O5
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23% w/v PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→49.35 Å / Num. obs: 59210 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 73.81 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.61→2.76 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 9392 / CC1/2: 0.331 / Rrim(I) all: 2.669 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.61→49.35 Å / SU ML: 0.5042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.8103
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 2936 4.98 %
Rwork0.2233 55990 -
obs0.2251 58926 91.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10815 0 848 11 11674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003111851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.725316119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04272078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.08324837
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 4.75284765707 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.650.41991470.42722527X-RAY DIFFRACTION87.19
2.65-2.690.40061340.40712570X-RAY DIFFRACTION88.02
2.69-2.740.3931320.38852609X-RAY DIFFRACTION89.2
2.74-2.80.39921130.38212523X-RAY DIFFRACTION85.39
2.8-2.850.45131290.39272301X-RAY DIFFRACTION79.23
2.85-2.920.40291380.36322719X-RAY DIFFRACTION93
2.92-2.980.35941500.352754X-RAY DIFFRACTION95.43
2.98-3.060.38061400.33332779X-RAY DIFFRACTION95.3
3.06-3.140.36471520.31732804X-RAY DIFFRACTION95.05
3.14-3.230.33611580.29952722X-RAY DIFFRACTION94.83
3.23-3.340.31751270.30162760X-RAY DIFFRACTION94.28
3.34-3.460.31271540.30032761X-RAY DIFFRACTION93.73
3.46-3.60.26731360.24372719X-RAY DIFFRACTION93.79
3.6-3.760.23791390.21952698X-RAY DIFFRACTION92.2
3.76-3.960.22981450.19972585X-RAY DIFFRACTION89.3
3.96-4.20.22821210.18532378X-RAY DIFFRACTION81.37
4.2-4.530.20591580.16752813X-RAY DIFFRACTION96.49
4.53-4.980.18371370.15522790X-RAY DIFFRACTION96.35
4.98-5.70.23081470.18732819X-RAY DIFFRACTION95.52
5.71-7.180.23981350.19992703X-RAY DIFFRACTION92.87
7.18-49.350.21981440.17122656X-RAY DIFFRACTION91.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.115584897272.1349624777-1.216258570656.8997127366-0.151154402814.477369580470.255345069931-0.482262030887-0.5179608978670.887598169551-0.2440723437380.4654456452810.8737465379-0.262069357873-0.0347180449731.104486301230.005023534950610.06814439174640.8487539577860.1621532502760.965918684086-22.3759299813-12.008112222792.6194435256
21.83462810279-0.709190140558-0.8774583964751.629585214070.5569100616631.992023683030.1309104946780.272395108007-0.131292173711-0.334393824489-0.1933727830710.0062508966384-0.0562553177362-0.1566260740420.05755532420040.6378297092460.0408866707574-0.05857197630080.6299516744230.01551488763790.451985145322-18.519939910921.747185991173.3709544241
33.86736362775-1.06968540802-1.729843865622.71803749921.135620461646.00889413680.1246522502760.01793267703510.2010516081970.0691195144886-0.0214138694241-0.0156136775789-0.607938900552-0.214617597421-0.1702363291640.5837585015960.0486392434182-0.05798678390070.6261801906080.07065586970540.443131526138-25.046520941436.768400352194.0822997229
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63.22210013744-0.699310260799-1.965701233582.947864860480.6193689149022.69840809293-0.292252977934-0.195174526171-0.3105450429130.1843777190350.125621446348-0.246373443010.2550596750680.1359980282390.1612980227690.649222312816-0.0157047154623-0.03685159230980.5420447997810.01520080936480.58122642035312.496755390732.623793727541.1496468
71.57125275846-0.4473356003250.5739987033964.3734524964-0.9982476008911.46822649687-0.229765527858-0.3451123338980.1603316584381.15394215980.136746108557-0.22510033662-0.5085427399310.06866457280220.09134214903670.8685406856790.03162699233570.002898305348910.624953760163-0.07911531417270.505778689127-0.21847320052765.656795503353.3728669815
81.03674584563-0.2735217062471.050805809619.46730648137-2.695694262573.12613478868-0.160648118816-0.02695567613090.03309494511080.4165833082630.389824115620.482604560437-0.289467392085-0.462409329983-0.2419471961510.569937789130.03523771995680.06944458486460.564599968939-0.06118831091720.397536906271-8.4781681291966.194927916136.8546883746
93.109728463470.04439442918291.844363642481.47607034046-0.3085114414572.78354539104-0.0574731361770.2060560987450.0118454167144-0.2071738777740.09338188668330.114419078835-0.177373472925-0.191921278465-0.04009667399010.783285288455-0.02323759024140.1044838345840.649971183450.01554557910450.580443835191-17.904021919375.414426079621.4645614731
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 31 through 153 )AA31 - 1531 - 116
22chain 'A' and (resid 154 through 553 )AA154 - 553117 - 516
33chain 'A' and (resid 554 through 656 )AA554 - 656517 - 619
44chain 'A' and (resid 657 through 757 )AA657 - 757620 - 720
55chain 'B' and (resid 30 through 147 )BB30 - 1471 - 115
66chain 'B' and (resid 148 through 378 )BB148 - 378116 - 346
77chain 'B' and (resid 379 through 553 )BB379 - 553347 - 521
88chain 'B' and (resid 554 through 656 )BB554 - 656522 - 624
99chain 'B' and (resid 657 through 758 )BB657 - 758625 - 726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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