PDB-9s52: AcuB from Geobacillus stearothermophilus with AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9s52

タイトル

AcuB from Geobacillus stearothermophilus with AMP

要素

AcuB from Geobacillus stearothermophilus

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Repressor / acetoin utilization operon

機能・相同性

ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Janetzky, M. / Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: AcsA and Acu operon regulation by AcuB
著者: Janetzky, M. / Palm, G.J. / Lammers, M.

履歴

登録	2025年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9s52.cif.gz	404.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9s52.ent.gz	273 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9s52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/9s52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/9s52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9s4wC 9s4xC 9s4yC 9s4zC 9s50C 9s51C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: AcuB from Geobacillus stearothermophilus

B: AcuB from Geobacillus stearothermophilus

ヘテロ分子

51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.686, 96.414, 101.867
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 2 - 208 / Label seq-ID: 1 - 207

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	AcuB from Geobacillus stearothermophilus 分子量: 24765.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal hexa-His-tag 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: thin plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% PEG 20000, 100 mM MES pH 6.5, soaked 30 min in 10 mM AMP cryo: 10% PEG 20000, 15% PEG 400, 100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日 / 詳細: double mirror
放射	モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 23740 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.4 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_sym value: 0.276 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.49 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5002 / CC_1/2: 0.537 / R_sym value: 1.549 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
XDS	VERSION Jun 30, 2024	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 30, 2024	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→48.254 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 18.963 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.226 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	1248	5.259 %
R_work	0.1997	22482	-
all	0.202	-	-
obs	-	23730	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.518 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.588 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.608 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.254 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3180	0	108	53	3341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.817	4599
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.553	1.743	7569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.089	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.737	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.015	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.552	10	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.292	10	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.261	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.495	3.308	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.494	3.31	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.479	5.931	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.478	5.932	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.794	3.843	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.793	3.843	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.086	6.83	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.085	6.83	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.72	38.643	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.68	38.671	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.101	0.05	5687

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10064	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10064	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.343	93	0.314	1598	0.316	1695	0.912	0.921	99.764	0.305
2.36-2.424	0.311	83	0.294	1609	0.295	1692	0.92	0.928	100	0.283
2.424-2.494	0.27	85	0.267	1562	0.267	1647	0.955	0.946	100	0.252
2.494-2.571	0.256	83	0.243	1489	0.243	1572	0.955	0.956	100	0.22
2.571-2.655	0.299	81	0.261	1451	0.263	1532	0.936	0.951	100	0.238
2.655-2.748	0.311	57	0.255	1465	0.257	1522	0.933	0.953	100	0.228
2.748-2.851	0.33	86	0.238	1331	0.243	1417	0.928	0.964	100	0.207
2.851-2.967	0.265	70	0.219	1331	0.221	1401	0.944	0.969	100	0.187
2.967-3.098	0.279	63	0.212	1289	0.215	1352	0.945	0.969	100	0.175
3.098-3.249	0.277	67	0.201	1211	0.206	1278	0.952	0.972	100	0.172
3.249-3.424	0.262	64	0.19	1147	0.193	1211	0.954	0.978	100	0.165
3.424-3.63	0.214	62	0.188	1095	0.189	1157	0.975	0.98	100	0.17
3.63-3.879	0.295	61	0.188	1038	0.194	1099	0.948	0.979	100	0.169
3.879-4.188	0.208	62	0.162	962	0.164	1024	0.969	0.983	100	0.145
4.188-4.584	0.186	60	0.137	908	0.141	968	0.981	0.989	100	0.127
4.584-5.12	0.226	38	0.151	812	0.154	850	0.968	0.988	100	0.144
5.12-5.901	0.21	49	0.169	736	0.172	785	0.977	0.985	100	0.157
5.901-7.2	0.242	43	0.17	618	0.175	661	0.962	0.982	100	0.156
7.2-10.071	0.18	24	0.131	515	0.133	539	0.984	0.99	100	0.138
10.071-48.254	0.247	17	0.273	315	0.272	332	0.972	0.946	100	0.292

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6532	0.8699	-0.9432	2.3981	-1.0776	1.6877	-0.0324	0.0127	0.0712	-0.0339	0.0259	0.1374	0.0667	-0.0216	0.0065	0.0925	-0.015	-0.0069	0.0026	0.0016	0.0451	-4.015	7.9586	-10.4608
2	0.5508	-0.1279	-0.0218	2.4489	0.5087	0.5211	-0.0219	0.0202	0.0925	0.0954	-0.0183	0.0328	0.1279	-0.0243	0.0402	0.0714	-0.002	0.009	0.0086	-0.0093	0.0391	-7.7271	9.695	-3.6178

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	2 - 303
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	2 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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