PDB-9s4z: AcuB from Geobacillus stearothermophilus with AMP and ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9s4z

タイトル

AcuB from Geobacillus stearothermophilus with AMP and ADP

要素

AcuB from Geobacillus stearothermophilus

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Repressor / acetoin utilization operon

機能・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Janetzky, M. / Palm, G.J. / Lammers, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: AcsA and Acu operon regulation by AcuB
著者: Janetzky, M. / Palm, G.J. / Lammers, M.

履歴

登録	2025年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9s4z.cif.gz	395.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9s4z.ent.gz	271.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9s4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/9s4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/9s4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9s4wC 9s4xC 9s4yC 9s50C 9s51C 9s52C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: AcuB from Geobacillus stearothermophilus

B: AcuB from Geobacillus stearothermophilus

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.298, 96.668, 101.381
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 2 - 208 / Label seq-ID: 1 - 207

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	AcuB from Geobacillus stearothermophilus 分子量: 24765.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal hexa-His-tag 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 26分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: thin plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% PEG 20000, 100 mM MES pH 6.5, soaked 30 min in 5 mM AMP + 5 mM ADP cryo: 10% PEG 20000, 15% PEG 400, 100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0596 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月16日 / 詳細: double mirror
放射	モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0596 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 15706 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 72.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.074 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.62→2.78 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 2151 / CC_1/2: 0.838 / R_rim(I) all: 0.745 / R_sym value: 0.702 / % possible all: 84.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.105)	精密化
XDS	VERSION Jan 19, 2025	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 19, 2025	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.62→48.381 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 27.007 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.636 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2353	808	5.16 %
R_work	0.1814	14852	-
all	0.184	-	-
obs	-	15660	97.655 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.689 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.934 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.564 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→48.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3099	0	120	18	3237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.822	4486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.544	1.745	7396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.451	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.622	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.097	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.13	10	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.315	10	134
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.575	6.206	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.575	6.207	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.644	11.139	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.644	11.141	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.712	6.949	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.71	6.95	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.61	12.496	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.608	12.495	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.352	61.572	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.325	61.578	3343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	5591

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10647	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10647	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.62-2.688	0.322	33	0.327	755	0.326	1149	0.915	0.918	68.5814	0.323
2.688-2.761	0.366	55	0.281	1074	0.285	1132	0.917	0.943	99.735	0.27
2.761-2.841	0.354	57	0.222	1032	0.229	1089	0.926	0.969	100	0.204
2.841-2.928	0.307	62	0.199	1020	0.205	1082	0.942	0.974	100	0.181
2.928-3.024	0.277	60	0.2	973	0.204	1033	0.952	0.976	100	0.182
3.024-3.13	0.345	47	0.189	956	0.196	1003	0.941	0.978	100	0.173
3.13-3.247	0.263	43	0.192	944	0.195	987	0.951	0.976	100	0.176
3.247-3.379	0.273	45	0.202	876	0.206	921	0.953	0.974	100	0.188
3.379-3.529	0.296	38	0.211	870	0.214	908	0.937	0.972	100	0.198
3.529-3.7	0.282	52	0.193	815	0.198	869	0.942	0.976	99.7699	0.182
3.7-3.899	0.214	46	0.181	783	0.183	830	0.97	0.979	99.8795	0.173
3.899-4.134	0.182	42	0.163	730	0.164	772	0.974	0.984	100	0.158
4.134-4.417	0.269	35	0.154	725	0.158	760	0.956	0.985	100	0.152
4.417-4.767	0.184	36	0.147	657	0.149	693	0.98	0.987	100	0.148
4.767-5.217	0.199	39	0.131	603	0.136	644	0.981	0.99	99.6894	0.131
5.217-5.825	0.187	36	0.156	549	0.158	586	0.982	0.986	99.8294	0.155
5.825-6.71	0.297	28	0.178	497	0.184	525	0.948	0.984	100	0.177
6.71-8.178	0.161	25	0.16	419	0.16	444	0.982	0.985	100	0.167
8.178-11.404	0.149	17	0.129	350	0.13	368	0.989	0.99	99.7283	0.146
11.404-48.381	0.362	12	0.347	223	0.348	236	0.783	0.92	99.5763	0.429

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4655	1.6641	-1.4307	3.631	-1.8822	2.6662	0.0116	-0.0386	0.078	0.0731	0.0009	0.2459	-0.0181	-0.0456	-0.0125	0.0025	-0.0018	0.0084	0.0293	-0.0204	0.0374	-4.3018	6.9128	-10.0708
2	0.8206	0.0365	-0.1276	4.0307	0.4634	0.7051	-0.0335	-0.0764	0.2212	0.1865	0.0477	0.2043	0.0646	-0.002	-0.0142	0.0298	0.0076	0.0131	0.0511	-0.0217	0.0795	-7.6291	9.4647	-3.3699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	2 - 303
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	2 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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