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- PDB-9s0j: 10 ms Intermediate-state of CBD of TtCarH at 30 mJ/cm2 laser flue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9s0j
タイトル10 ms Intermediate-state of CBD of TtCarH at 30 mJ/cm2 laser fluence (TR-SFX, SwissFEL), refined against extrapolated structure factors
要素Probable transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SFX / Room temperature / serial crystallography / CarH / photoreceptor / vitamin B12 / cobalamin / coenzyme B12 / time-resolved crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. ...Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rios-Santacruz, R. / Coquelle, N. / Colletier, J.P. / De Zitter, E. / Schiro, G. / Weik, M.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)PhotoGene フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)GoToXFEL フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)BioXFEL フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: Integrated structural dynamics uncover a new B 12 photoreceptor activation mode.
著者: Rios-Santacruz, R. / Poddar, H. / Pounot, K. / Heyes, D.J. / Coquelle, N. / Mackintosh, M.J. / Johannissen, L.O. / Schianchi, S. / Jeffreys, L.N. / De Zitter, E. / Munro, R. / Appleby, M. / ...著者: Rios-Santacruz, R. / Poddar, H. / Pounot, K. / Heyes, D.J. / Coquelle, N. / Mackintosh, M.J. / Johannissen, L.O. / Schianchi, S. / Jeffreys, L.N. / De Zitter, E. / Munro, R. / Appleby, M. / Axford, D. / Beale, E.V. / Cliff, M.J. / Davila-Miliani, M.C. / Engilberge, S. / Gotthard, G. / Hadjidemetriou, K. / Hardman, S.J.O. / Horrell, S. / Hub, J.S. / Ishihara, K. / Jaho, S. / Karras, G. / Kataoka, M. / Kawakami, R. / Mason, T. / Okumura, H. / Owada, S. / Owen, R.L. / Royant, A. / Saaret, A. / Sakuma, M. / Shanmugam, M. / Sugimoto, H. / Tono, K. / Zala, N. / Beale, J.H. / Tosha, T. / Colletier, J.P. / Levantino, M. / Hay, S. / Kozlowski, P.M. / Leys, D. / Scrutton, N.S. / Weik, M. / Schiro, G.
履歴
登録2025年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22026年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator
B: Probable transcriptional regulator
C: Probable transcriptional regulator
D: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6129
ポリマ－93,0394
非ポリマー5,5735
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17020 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.520, 72.130, 209.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulator


分子量: 23259.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TT_P0056 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q746J7
#2: 化合物
ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
解説: plate-like microcrystals with a size around 15umx5umx2um
結晶化温度: 293.15 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000.

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Ambient temp details: RT / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESC / 波長: 1.13 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 8M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月7日 / Frequency: 100
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.13 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 22989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 625 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / R split: 0.116 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 434 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1519 / CC1/2: 0.511 / CC star: 0.822 / R split: 0.795 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 15.54 µm2 / Pulse duration: 35 fsec. / Pulse energy: 280 µJ / Pulse photon energy: 11 keV / XFEL pulse repetition rate: 100 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: Fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: micro-structured polymer fixed targets / Sample dehydration prevention: mylar film / Sample holding: mesh
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 175343 / Frames total: 275733 / Lattices indexed: 47007

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrystFEL0.10.1データ削減
CrystFEL0.10.1データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→19.96 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 38.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3327 1134 5.01 %
Rwork0.2703 --
obs0.2734 22643 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5905 0 382 46 6333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8499095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4292604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.030.47581390.38742637X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.190.42081390.38132621X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.390.42891390.35382680X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.650.39771400.32352659X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.010.36821400.27892661X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.590.31621420.24122695X-RAY DIFFRACTION100
4.59-5.760.2881450.24422734X-RAY DIFFRACTION100
5.76-19.960.26381500.21392822X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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