PDB-9rzz: PYCR1 in complex with pyrrolidine-1-sulfonic acid.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rzz

タイトル

PYCR1 in complex with pyrrolidine-1-sulfonic acid.

要素

Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / delta-1-pyrroline-5-carboxylate reductase / PYCR1 / cancer / crystallographic fragment screening (XFS) / molecular docking / inhibitors / proline metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ragin-Oh, W. / Ruszkowski, M. / Czerwonka, D.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2025
タイトル: Crystallographic fragment screening reveals new starting points for PYCR1 inhibitor design.
著者: Ragin-Oh, W. / Czerwonka, D. / Tran, L.H. / Forlani, G. / Ruszkowski, M.

履歴

登録	2025年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rzz.cif.gz	650.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rzz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/9rzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/9rzz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9s01C 9s02C 9s04C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.60884/DSLYQF / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

181 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
362 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.549, 88.040, 116.662
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-640- HOH
2	1	E-510- HOH

#1: タンパク質	Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 35961.352 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1JKN / pyrrolidine-1-sulfonic acid 分子量: 151.184 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M ...詳細: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M Tris (base), BICINE pH 8.5, 20% ethylene glycol, 10% PEG 8000, and supplemented with 10% ethylene glycol for cryoprotection.

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: Based on Morpheus 2.34 condition (Molecular Dimension), containing 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic, 0.02 M potassium sodium tartrate, 0.02 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0597 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0597 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.55 Å / Num. obs: 185960 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.77 % / B_iso Wilson estimate: 24.76 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 18.19
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 2.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 29800 / CC_1/2: 0.456 / R_rim(I) all: 2.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→46.55 Å / SU ML: 0.2581 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9709
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	1857	1 %
R_work	0.1907	183990	-
obs	0.1909	185847	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10114	0	85	808	11007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	10520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8284	14266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0501	1703
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6582	3882

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.3993	141	0.3998	13963	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.74-1.8	0.3991	142	0.3551	14065	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.8-1.85	0.3147	142	0.3278	14045	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.85-1.92	0.2839	142	0.2798	14042	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.92-2	0.2625	141	0.2488	14043	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2-2.09	0.2424	142	0.215	14050	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.09-2.2	0.2042	142	0.1989	14078	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.2-2.34	0.1813	141	0.1752	14017	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.34-2.52	0.2045	142	0.1717	14150	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.52-2.77	0.1903	144	0.1724	14208	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.77-3.17	0.2034	144	0.1737	14270	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.17-3.99	0.1748	145	0.1593	14330	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.99-46.55	0.2076	149	0.1657	14729	X-RAY DIFFRACTION	99.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5967871907	-0.0237402668753	3.72188674326	5.48518772566	-1.31567511177	9.09648135059	-0.620930596876	0.161258309095	0.561072552655	-1.79169674704	0.342465260571	1.52746187853	-1.01391330832	-0.627357099841	0.202326681135	1.0008179317	-0.0193388418639	-0.35125801542	0.473210966588	0.0557000721164	0.824189264882	11.7714652847	26.5841268398	43.9677011024
2	0.936583499659	-1.2725966159	-0.109723788776	4.44088813835	0.421519387581	0.320938213194	0.0901747669795	0.146292977922	-0.362270296846	-0.706079290027	-0.0509588972495	0.112361835662	0.126947341544	0.00123694547694	-0.0374111581564	0.387261936515	-0.00343669975002	0.037518361064	0.25997352283	-0.033263129984	0.380606713165	16.0644713432	21.147808274	55.7865118757
3	0.958091036854	-0.195892735445	0.100505605963	1.77458211237	-0.366654846291	0.95242972725	0.00678478120505	0.0346724376048	-0.122635588048	-0.197290216966	0.0263270113736	-0.233436246953	0.0451681334515	0.0874145556693	-0.0442663214271	0.152507237922	0.0101117256043	0.0348339453413	0.207275428197	-0.0167711246543	0.256469578809	15.7239446378	43.0815556584	70.0119564599
4	6.11131686364	0.584580504931	4.39985261761	6.95589151053	0.433512841019	7.84767391583	-0.0358013284134	1.00878211081	-0.221723991177	-0.961701843423	0.111628786251	-0.949806748707	0.0219770680063	1.35102553706	-0.0367640798812	0.45678348872	-0.0208942854695	0.129789402791	0.423598608774	-0.0597286403679	0.84461562407	33.6293626655	67.0134862037	54.3725915772
5	7.77775837422	1.57290483557	0.942421700243	1.96300238228	1.69235029596	6.06067138827	-0.290524039	0.177736647926	-0.175614369661	-0.295051596186	0.220266586373	-1.02213030264	0.244115795538	0.452349366384	0.128022202681	0.249279246222	0.0478622466891	0.130834692451	0.297061865148	0.0463745295898	0.666084593931	35.9857864409	60.6593016095	59.4011643562
6	3.42795890735	-4.51568399689	-0.961804310739	8.74436991461	-1.14037890502	2.58660436947	0.0636097718872	-2.28341026737	0.386540916788	2.75426300953	0.668827100007	-1.77648005805	0.620717273163	0.812019027105	-0.631333438585	1.01442925789	-0.00651951641956	-0.196584034799	0.903276602593	-0.0551314613768	0.773032520504	40.957428955	60.8712154695	71.5997968005
7	3.41000617706	-1.03796792639	0.0561292145229	2.33904502661	0.83158747323	2.3171371553	-0.0574244348556	-0.192947436865	0.290397153841	0.120070522287	0.111214519085	-0.708461826979	-0.079430074339	0.318374089594	-0.0489484087093	0.299134346035	-0.017941301607	0.0209729409376	0.31398082297	0.0223324242702	0.717283617503	32.44771472	73.42689336	65.1805387324
8	2.29925082288	1.16648085299	0.0738021806514	7.53284106747	-0.464328513382	1.35567004231	-0.0713490622816	0.0907441510152	0.523798956738	-0.265435883395	0.0494933994023	-0.0162797946655	-0.221450060273	0.0303817147793	0.0221185790802	0.24968377956	-0.00521288087861	0.0606170717428	0.223932046925	0.0424221275579	0.39832409648	22.7990532485	71.1658217875	59.6772245862
9	7.27912028062	0.860690924608	1.46018428764	6.21749191234	-2.09652394923	4.27556094733	0.0100786869879	0.584652151035	0.146256469548	-0.998483109443	0.0835161113439	-0.220080964258	-0.103267333198	0.113206043389	-0.0373643648974	0.350034159507	-0.018600757807	0.118499156244	0.229712437354	0.0308086106887	0.327343891022	21.9159004275	63.9178519435	52.5234656465
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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1	1	chain 'A' and (resid 1 through 48 )	A	A	1 - 48	1 - 48
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13	13	chain 'C' and (resid 1 through 22 )	C	J	1 - 22	1 - 22
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20	20	chain 'D' and (resid 63 through 249 )	D	N	63 - 249	67 - 253
21	21	chain 'D' and (resid 250 through 273 )	D	N	250 - 273	254 - 277
22	22	chain 'E' and (resid 1 through 22 )	E	Q	1 - 22	1 - 22
23	23	chain 'E' and (resid 23 through 48 )	E	Q	23 - 48	23 - 48
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26	26	chain 'E' and (resid 220 through 249 )	E	Q	220 - 249	220 - 249
27	27	chain 'E' and (resid 250 through 273 )	E	Q	250 - 273	250 - 273

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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