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- PDB-9rwp: Ancestral Group II Chaperonin (ACII) Double-Ring in Closed Confor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rwp
タイトルAncestral Group II Chaperonin (ACII) Double-Ring in Closed Conformation
要素Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
キーワードCHAPERONE / Chaperonins / Ancestors / Evolution / Cryoelectron Microscopy
機能・相同性ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å
データ登録者Cuellar, J. / Gutierrez-Seijo, J. / Severino, R.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-126746NB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2022-137175NB-I00 スペイン
Other privateRTI2018-094368-B-I00
引用ジャーナル: Mol Biol Evol / 年: 2025
タイトル: Ancestral Chaperonins Provide the First Structural Glimpse into Early Multimeric Protein Evolution.
著者: Rita Severino / Jorge Cuéllar / Jorge Gutiérrez-Seijo / Moisés Maestro-López / Luis Sánchez-Pulido / César Santiago / Mercedes Moreno-Paz / José María Valpuesta / Víctor Parro /
要旨: Chaperonins are essential protein-folding machines, classified into three structural and phylogenetic groups: Group I (bacterial GroEL), Group II (archaeal thermosome and eukaryotic CCT), and Group ...Chaperonins are essential protein-folding machines, classified into three structural and phylogenetic groups: Group I (bacterial GroEL), Group II (archaeal thermosome and eukaryotic CCT), and Group III (bacterial thermosome-like). Using ancestral sequence reconstruction (ASR) and protein resurrection, we inferred and experimentally characterized the last common ancestors of these groups (Ancestral Chaperonins ACI, ACII, and ACIII). The resurrected proteins exhibited ATPase activity (except ACII) and protected client proteins from heat-induced inactivation. Structural analyses by electron microscopy and Cryo-EM revealed that ACI forms single 7-mer rings, whereas ACII adopts a mixed population of single/double 8-mer rings, representing the first experimental observation of intermediate oligomeric states. ACII also features a unique cochaperonin-independent closure mechanism, distinct from modern Group I and II chaperonins. Together, these findings provide the experimental structural reconstruction of the most ancient and complex multimeric proteins so far, uncover novel intermediate states in chaperonin evolution, and offer a direct empirical framework for studying the emergence of multimeric complexity in early cellular life.
履歴
登録2025年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
B: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
C: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
D: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
E: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
F: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
G: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
H: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
I: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
J: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
K: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
L: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
M: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
N: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
O: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
P: Ancestral Group II Chaperonin (ACII)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)916,20648
ポリマ－908,98216
非ポリマー7,22432
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Ancestral Group II Chaperonin (ACII)


分子量: 56811.383 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ancestral Group II Chaperonin (ACII) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.908 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Xmipp3粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
5Gctf3CTF補正
10cryoSPARC4初期オイラー角割当
11RELION5初期オイラー角割当
12cryoSPARC4最終オイラー角割当
13RELION5分類
14cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2474620
対称性点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39180 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00560384
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.89681616
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.458448
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0499824
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00610704

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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