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- PDB-9rs9: Rab23 in complex with Fuzzy-Inturned -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rs9
タイトルRab23 in complex with Fuzzy-Inturned
要素
  • Protein fuzzy homolog
  • Protein inturned
  • Ras-related protein Rab-23
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / longin domain / GEF / nucleotide exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neural crest formation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in neural plate anterior/posterior pattern formation / tongue morphogenesis / craniofacial suture morphogenesis / embryonic body morphogenesis / protein localization to organelle / intraciliary transport / spinal cord dorsal/ventral patterning / establishment of planar polarity / regulation of cilium assembly ...negative regulation of neural crest formation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in neural plate anterior/posterior pattern formation / tongue morphogenesis / craniofacial suture morphogenesis / embryonic body morphogenesis / protein localization to organelle / intraciliary transport / spinal cord dorsal/ventral patterning / establishment of planar polarity / regulation of cilium assembly / ciliary transition zone / motile cilium assembly / embryonic skeletal system morphogenesis / negative regulation of cell division / positive regulation of cilium assembly / RAB geranylgeranylation / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / GTP metabolic process / limb development / neural tube development / motile cilium / embryonic digit morphogenesis / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / negative regulation of protein import into nucleus / roof of mouth development / autophagosome assembly / cilium assembly / regulation of ossification / hair follicle development / negative regulation of keratinocyte proliferation / cellular defense response / Hedgehog 'off' state / keratinocyte differentiation / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / centriole / endomembrane system / phosphatidylinositol binding / autophagosome / negative regulation of cell migration / small monomeric GTPase / neural tube closure / intracellular protein transport / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / phagocytic vesicle membrane / cell junction / nervous system development / protein transport / cytoskeleton / endosome membrane / ciliary basal body / cilium / negative regulation of cell population proliferation / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / GTP binding / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fuzzy protein / Protein inturned / Ras-related protein Rab-23 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain ...Fuzzy protein / Protein inturned / Ras-related protein Rab-23 / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / PDZ superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein fuzzy homolog / Ras-related protein Rab-23 / Protein inturned
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wilmes, S. / Schaefer, J. / Januliene, D. / Moeller, A. / Kuemmel, D.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1557-P10 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1557-P11 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic Adaptation of the Metazoan RabGEFs Mon1-Ccz1 and Fuzzy-Inturned
著者: Wilmes, S. / Toenjes, J. / Drechsler, M. / Ruf, A. / Schaefer, J. / Luerick, A. / Januliene, D. / Apelt, S. / Di Iorio, D. / Wegner, S.V. / Loose, M. / Moeller, A. / Paululat, A. / Kuemmel, D.
履歴
登録2025年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein fuzzy homolog
B: Protein inturned
C: Ras-related protein Rab-23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,7083
ポリマ－180,7083
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Protein fuzzy homolog


分子量: 45689.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUZ, FY / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BT04
#2: タンパク質 Protein inturned / Inturned planar cell polarity effector homolog / PDZ domain-containing protein 6


分子量: 107526.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTU, KIAA1284, PDZD6, PDZK6 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9ULD6
#3: タンパク質 Ras-related protein Rab-23


分子量: 27492.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N121I / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB23, HSPC137 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9ULC3, small monomeric GTPase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human Rab23 with GEF Fuzzy-Inturned / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.3
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60395 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 128.9 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00337561
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.752610251
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04271207
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00391284
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.31841014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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