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万見
- PDB-9rox: Asymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the complete... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rox
タイトルAsymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsid proteins
要素
  • Major capsid protein
  • Putative Ig-like protein
  • Virion component
キーワードVIRUS / Bacterophage / phage cycle / capsid assembly / single particle analysis / the HK97 fold / Herelleviridae
機能・相同性: / : / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zlatohurska, M. / Prochazkova, M. / Cienikova, Z. / Fuzik, T. / Plevka, P.
資金援助European Union, チェコ, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLX22NPO5103 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCZ.02.01.01/00/22_008/0004607 チェコ
European Research Council (ERC)1233487European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-ET of S. aureus infection by Herelleviridae phage 812
著者: Zlatohurska, M. / Prochazkova, M. / Cienikova, Z. / Fuzik, T. / Bardy, P. / Pantucek, R. / Plevka, P.
履歴
登録2025年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Ig-like protein
B: Major capsid protein
C: Virion component
D: Major capsid protein
E: Putative Ig-like protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Putative Ig-like protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Putative Ig-like protein
P: Putative Ig-like protein
Q: Major capsid protein
R: Major capsid protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
W: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)881,16622
ポリマ－881,16622
非ポリマー00
水00
1
A: Putative Ig-like protein
B: Major capsid protein
C: Virion component
D: Major capsid protein
E: Putative Ig-like protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Putative Ig-like protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Putative Ig-like protein
P: Putative Ig-like protein
Q: Major capsid protein
R: Major capsid protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
W: Major capsid protein
x 61


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,751,1171342
ポリマ－53,751,1171342
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Putative Ig-like protein


分子量: 19624.799 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
参照: UniProt: A0A0U1UYD0
#2: タンパク質
Major capsid protein


分子量: 48446.559 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
参照: UniProt: A1YTN4
#3: タンパク質 Virion component


分子量: 7896.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)
参照: UniProt: A0A0U1WYT8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細 (eV)Entity IDParent-ID由来
1Staphylococcus phage 812K1/420VIRUSSingle particle analysis of capsid-like structures from the infected S. aureus cellsall0NATURAL
2The asymmetric unit of bacteriophage 812 prohead II with the complete set of minor capsid proteinsCOMPLEXall1NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)3434241
32Staphylococcus phage 812K1/420 (ファージ)3434241
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Staphylococcus aureus / 株: 1137
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 1040 nm / 三角数 (T数): 16
緩衝液pH: 7.5
詳細: Phage buffer, adjusted by Tris-HCl (pH 8) to a final pH of approx. 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMsodium chlorideNaCl1
210 mMcalcium chlorideCaCl21
350 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochlorideTris-HCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K / 詳細: One-side blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 21755

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.8.3粒子像選択
2SerialEM画像取得
7Coot0.9.4.1.ELモデルフィッティング
9RELION5.0beta初期オイラー角割当
10RELION5.0beta最終オイラー角割当
11RELION5.0beta分類
12RELION5.0beta３次元再構成
19PHENIX1.21モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 68779
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20569 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5LII

5lii


Accession code: 5LII / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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