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- PDB-9rd1: OppA from E. coli in complex with GSisoK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rd1
タイトルOppA from E. coli in complex with GSisoK
要素Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Substrate recognition specificity / Binding pocket plasticity / Transporter-ligand interactions / Structural basis for selective uptake / Scaffold accommodation
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide import across plasma membrane / oligopeptide binding / oligopeptide transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / : / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / membrane
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Iype, T. / Fottner, M. / Boehm, P. / Piedrafita, C. / Moeller, Y. / Groll, M. / Lang, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1309 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Hijacking a bacterial membrane transporter for efficient genetic code expansion
著者: Iype, T. / Fottner, M. / Boehm, P. / Piedrafita, C. / Moeller, Y. / Groll, M. / Lang, K.
履歴
登録2025年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
B: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
C: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
D: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,00313
ポリマ－236,4734
非ポリマー1,5309
水1,60389
1
A: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4092
ポリマ－59,1181
非ポリマー2901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4993
ポリマ－59,1181
非ポリマー3802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5334
ポリマ－59,1181
非ポリマー4143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5634
ポリマ－59,1181
非ポリマー4443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.990, 200.690, 103.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Periplasmic oligopeptide-binding protein OppA / Polyamine-induced protein / PI protein


分子量: 59118.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: oppA, b1243, JW1235 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23843

-
非ポリマー , 5種, 98分子

#2: 化合物
ChemComp-A1JHR / Gly-Ser-epsilon-Lys / (2S)-2-azanyl-6-[[(2S)-2-(2-azanylethanoylamino)-3-oxidanyl-propanoyl]amino]hexanoic acid


分子量: 290.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22N4O5 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% Ethanol, 40% Pentaerythritol propoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0597 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0597 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 80198 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9241 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 31.029 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 4008 5 %RANDOM
Rwork0.22936 ---
obs0.23142 76162 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.32 Å2-0 Å20.08 Å2
2---2.18 Å20 Å2
3----3.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16492 0 104 89 16685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01317035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01515850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.65423217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0911.59336638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73552064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49523.803852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.488152808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.811568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.22222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6862.9968268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6852.9968267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9894.49310328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9894.49410329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.593.058767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5913.058768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8594.52912890
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.47633.95118469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.47433.94918463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.23332885
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 303 -
Rwork0.322 5773 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06080.0911-0.05780.5978-0.16120.2294-0.0033-0.03190.0126-0.06650.0070.03140.020.0085-0.00370.0493-0.0115-0.02320.0676-0.00230.0382-7.2762-47.0258-34.3835
20.04920.1299-0.03160.7630.09890.2542-0.003-0.01480.0001-0.03080.0053-0.05610.0199-0.0055-0.00230.0229-0.0002-0.00290.08110.00240.04038.9216-73.613719.0668
30.0759-0.09810.13720.4695-0.09850.2771-0.0010.01080.0195-0.0379-0.0464-0.0752-0.01020.0030.04740.0076-0.01370.00660.10830.00320.064314.7685-22.12510.9665
40.11340.0781-0.08470.27720.01960.21510.0051-0.00820.00270.0819-0.0206-0.03110.00030.00270.01550.03520.0048-0.0260.096-0.00520.043611.60681.891643.7578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 543
2X-RAY DIFFRACTION1A601
3X-RAY DIFFRACTION2B27 - 543
4X-RAY DIFFRACTION2B601 - 602
5X-RAY DIFFRACTION3C27 - 543
6X-RAY DIFFRACTION3C601 - 603
7X-RAY DIFFRACTION4D27 - 543
8X-RAY DIFFRACTION4D601 - 603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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