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- PDB-9rcz: Structure of the N-terminal domain of non-structural protein 1 (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rcz
タイトルStructure of the N-terminal domain of non-structural protein 1 (Nsp1) from SARS-CoV-2
要素ORF1a polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nsp1
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / endonuclease activity / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / endonuclease activity / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. ...Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lennartz, F. / Weiss, M.S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationFISCOV Innovationspool ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic fragment screening against SARS-CoV-2 Nsp1 using the F2X-Entry Screen and a newly developed fragment library.
著者: Lennartz, F. / Wollenhaupt, J. / Oelker, M. / Froeling, P. / Mueller, U. / Deckers, A. / Grathwol, C. / Braese, S. / Jung, N. / Weiss, M.S.
履歴
登録2025年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ORF1a polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7351
ポリマ－12,7351
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6440 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.750, 36.750, 142.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-229-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ORF1a polyprotein


分子量: 12734.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B1K137
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% (w/v) PEG 3350. Reproducibility was improved by seeding.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→47.48 Å / Num. obs: 33017 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.78 % / Biso Wilson estimate: 19.64 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5385 / CC1/2: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→29.06 Å / SU ML: 0.1772 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.37
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 1668 5.05 %
Rwork0.1829 31348 -
obs0.1842 33016 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数873 0 0 88 961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89211238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0719145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2715344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.490.30971430.31062634X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.540.27991410.28392629X-RAY DIFFRACTION99.96
1.54-1.60.29811440.27122597X-RAY DIFFRACTION99.67
1.6-1.660.28391360.24832619X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.740.28841380.22242624X-RAY DIFFRACTION99.96
1.74-1.830.26121400.21432614X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.940.18661390.19412577X-RAY DIFFRACTION99.27
1.94-2.090.19071320.18662621X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.30.24371310.17362630X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.630.19221400.18572594X-RAY DIFFRACTION99.45
2.63-3.320.20251400.17212602X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-29.060.17721440.15162607X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.076896490392.2059534359-0.3166858241964.35107636661-0.9966454502880.588552489797-0.1760667511580.09198899861460.0227854456711-0.509704283874-0.008326360506-0.341194830258-0.381444145987-0.05037697571570.1932838248550.377838931966-0.02004757192330.0153603406580.2252069278720.04395640656790.26601134379.6655214026-14.9830539048-0.557180654336
21.37426803053-0.03323864412540.02641862505732.180127685610.3012547884211.875870030770.0620568230812-0.103425392665-0.1690264222790.2534988206970.1293566493580.00722110465123-0.0595684167197-0.14665740108-0.1178191491210.1964293939920.001091823164240.02225206376220.1328994132590.01015061854880.1695134854573.76582873868-26.48924812714.2939223834
34.14387193306-0.02650029797092.042145716163.119639850512.600935085265.50999766835-0.3759686469110.2094206531490.6738447340690.1736833882840.428739353089-0.353921518155-0.5348075522830.65272712563-0.1179148170570.342709301218-0.0665774911694-0.04596952224710.1532700715340.007681951403050.24727274334813.6751556867-15.19925111512.9776584185
410.00226176870.0175939013591-0.6110042669012.96089033778-0.02717158822442.97154778822-0.3523143302390.05055095049020.3328108156950.08641895344530.173264091368-0.0711448290255-0.2225001123590.2227140392950.09807673185790.188818320242-0.02342690074240.001164643088110.1540782467670.007581021026790.154635939487.21283757011-22.14878505797.04875988073
54.120947617762.16933571202-3.416989188272.29765968645-2.350289571683.09377980773-0.03626340648920.129999873827-0.450481241957-0.1282207674710.5960880680731.1789300290.735164863259-1.25551311149-0.006975480291630.2857289357030.05570690206770.08468993419570.4168684781660.1360492686080.440164025742-7.29144922593-22.081531778111.2627808841
61.583088982540.991470042862-1.206195259843.88344736639-0.8753421951992.520988826370.0557157668023-0.02954005590160.08970153388360.5475971355150.2007550280120.523422516631-0.535565030212-0.291305736697-0.1975173265460.2668779713240.02555297464970.07099436594710.166483314882-0.01314107220320.2572388906990.408060674739-17.428563054414.9624092271
71.697116418470.3802447144693.433833524884.518482484770.146870743447.10345336571-0.8886312250560.7888890710931.17843363813-1.942937774820.430223123092-0.0238203487212-0.2093730597330.2622279528280.3064384393330.808330644286-0.181287773744-0.08363925956980.4999646871350.1339697423730.5146857793972.88475239273-8.91594775686-5.05009583469
82.40007270369-0.589168012816-1.448899970791.397337983350.2656935769162.78217422682-0.128639952044-0.21506101850.4119317443220.0698539455747-0.007305437098040.28642159685-0.519786987217-0.009491844587680.01633011352690.4078089394620.01554305363280.03793580346630.1550003034880.001574139784650.3323880358371.25463047038-8.5660914036813.0304728668
91.492875071930.353193396764-0.2263721731451.511244758580.8847565726281.90806401589-0.07112587734660.09870059395230.1179426087440.08789738868730.08421846557540.0271882859465-0.147074740818-0.0104441947379-0.04260268731590.183132112337-0.0255696813030.01427033210940.1412745313620.007758908651520.1542740598094.54212917255-24.62695430797.44821447751
103.347052200091.1930014193-0.153634951758.24864819834-0.3797191284741.94576665687-0.3264888584420.4392161073840.644869086499-0.7393102650310.404965247679-0.0304710626086-0.513070623419-0.339902185063-0.01856785121040.350855465587-0.01305390411180.02338812170040.2723044146470.06824408499430.2533292514465.57522081856-15.12674891960.0353753894234
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 11 through 20 )11 - 201 - 10
22chain 'B' and (resid 21 through 34 )21 - 3411 - 24
33chain 'B' and (resid 35 through 48 )35 - 4825 - 38
44chain 'B' and (resid 49 through 54 )49 - 5439 - 44
55chain 'B' and (resid 55 through 60 )55 - 6045 - 50
66chain 'B' and (resid 61 through 73 )61 - 7351 - 63
77chain 'B' and (resid 74 through 83 )74 - 8364 - 71
88chain 'B' and (resid 84 through 102 )84 - 10272 - 90
99chain 'B' and (resid 103 through 116 )103 - 11691 - 104
1010chain 'B' and (resid 117 through 125 )117 - 125105 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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