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- PDB-9rax: The L1 amyloid-beta(1-40)fibril in the presence of anle138b (pre-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rax
タイトルThe L1 amyloid-beta(1-40)fibril in the presence of anle138b (pre-treatment)
要素Amyloid-beta A4 protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-beta / fibril / anle138b
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi-associated vesicle / clathrin-coated pit / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endocytosis / heparin binding / growth cone / perikaryon / early endosome / cell surface / endoplasmic reticulum ...Golgi-associated vesicle / clathrin-coated pit / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endocytosis / heparin binding / growth cone / perikaryon / early endosome / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain ...Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta A4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Frieg, B. / Han, M. / Griesinger, C. / Schroeder, G.F.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Helmholtz Association ドイツ
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Anle138b binds predominantly to the central cavity in lipidic Aβ₄₀ fibrils and modulates fibril formation.
著者: Mookyoung Han / Benedikt Frieg / Dirk Matthes / Andrei Leonov / Sergey Ryazanov / Karin Giller / Evgeny Nimerovsky / Marianna Stampolaki / Kai Xue / Kerstin Overkamp / Christian Dienemann / ...著者: Mookyoung Han / Benedikt Frieg / Dirk Matthes / Andrei Leonov / Sergey Ryazanov / Karin Giller / Evgeny Nimerovsky / Marianna Stampolaki / Kai Xue / Kerstin Overkamp / Christian Dienemann / Dietmar Riedel / Armin Giese / Stefan Becker / Bert L de Groot / Gunnar F Schröder / Loren B Andreas / Christian Griesinger /
要旨: Alzheimer's disease is a specific neurodegenerative disorder, distinct from normal aging, with a growing unmet medical need. It is characterized by the accumulation of amyloid plaques in the brain, ...Alzheimer's disease is a specific neurodegenerative disorder, distinct from normal aging, with a growing unmet medical need. It is characterized by the accumulation of amyloid plaques in the brain, primarily consisting of amyloid beta (Aβ) fibrils. Therapeutic antibodies can slow down the disease, but are associated with potential severe side effects, motivating the development of small molecules to halt disease progression. This study investigates the interaction between the clinical drug candidate small molecule anle138b and lipidic Aβ₄₀ fibrils of type 1 (L1). L1 fibrils were previously shown to closely resemble fibrils from Alzheimer's patients. Using high-resolution structural biology techniques, including cryo-electron microscopy (cryo-EM), nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy enhanced by dynamic nuclear polarization (DNP), and molecular dynamics (MD) simulations, we find that anle138b selectively binds to a cavity within the fibril. This structural insight provides a deeper understanding of a potential drug-binding mechanism at the atomic level and may inform the development of therapies and diagnostic approaches. In addition, anle138b reduces fibril formation in the presence of lipids by approximately 75%. This may suggest a mechanistic connection to its previously reported activity in animal models of Alzheimer's disease.
履歴
登録2025年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-beta A4 protein
B: Amyloid-beta A4 protein
C: Amyloid-beta A4 protein
D: Amyloid-beta A4 protein
E: Amyloid-beta A4 protein
F: Amyloid-beta A4 protein
G: Amyloid-beta A4 protein
H: Amyloid-beta A4 protein
I: Amyloid-beta A4 protein
J: Amyloid-beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,35910
ポリマ－43,35910
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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NCSドメイン領域:

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Amyloid-beta A4 protein


分子量: 4335.852 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DM00
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: The L1 amyloid-beta(1-40)fibril in the presence of anle138b (pre-treatment)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.65 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.35 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 888252 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 65.3 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
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ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.08614190
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.101440
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0075560
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.88641070
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
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ens_1d_9AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000690902793761
ens_1d_10AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000699771825047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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