PDB-9r6z: Cubic state of the F420-reducing hydrogenase from Methanothermoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r6z

タイトル

Cubic state of the F420-reducing hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus

要素

(F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit ...) x 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / [NiFe]-hydrogenase / redox cycle / catalysis / [4Fe-4S]-cluster / F420 cofactor / FAD / hydrogen activation / thermophilic methanogen

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-NFU / IRON/SULFUR CLUSTER

機能・相同性情報

生物種

Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Jespersen, M. / Lemaire, O.N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Structural and Spectroscopic Insights into Catalytic Intermediates of a [NiFe]-hydrogenase from Group 3.
著者: Jespersen, M. / Lorent, C. / Lemaire, O.N. / Zebger, I. / Wagner, T.

履歴

登録	2025年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r6z.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r6z.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9r6z_validation.pdf.gz	9.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r6z_full_validation.pdf.gz	9.4 MB	表示
XML形式データ	9r6z_validation.xml.gz	140.5 KB	表示
CIF形式データ	9r6z_validation.cif.gz	179.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/9r6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/9r6z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9r51C 9r52C 9r5iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit alpha

B: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta

C: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit gamma

D: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit alpha

E: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta

F: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit gamma

G: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit alpha

H: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta

I: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit gamma

J: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit alpha

K: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta

L: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit gamma

ヘテロ分子

425 kDa, 12 ポリマー
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1

A: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit alpha

B: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta

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D: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit alpha

E: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta

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ヘテロ分子

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C: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit gamma

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K: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta

L: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit gamma

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
1.27 MDa, 36 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	282.072, 282.072, 282.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

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F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit alpha 分子量: 45839.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然詳細: The C-terminal extension has been cleaved off during maturation. 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase
#2: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit beta 分子量: 31091.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase
#3: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase subunit gamma 分子量: 26070.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 129分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER 分子量: 195.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃HFeN₂NiO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.61 % / 解説: Black hexagones
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The enzyme used for crystallisation was concentrated at 16 mg/ml in a buffer containing 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% (v/v) glycerol, 2 mM dithiothreitol and 2 mM FAD. Crystals were obtained ...詳細: The enzyme used for crystallisation was concentrated at 16 mg/ml in a buffer containing 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% (v/v) glycerol, 2 mM dithiothreitol and 2 mM FAD. Crystals were obtained anaerobically in a Coy tent filled with a N2/H2 (97:3 %) atmosphere by initial screening at 20 degree Celsius using the sitting-drop method on 96-well MRC two-drop crystallisation plates in polystyrene (SWISSCI) containing 90 ul of crystallisation solution in the reservoir. The crystallisation solution was 1.5 M LiSO4 and 100 mM HEPES pH 7.5. Prior to freezing, the crystal was soaked in the crystallisation solution supplemented with 30% (v/v) glycerol.

結晶

マシュー密度: 4.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.61 % / 解説: Black hexagones

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The enzyme used for crystallisation was concentrated at 16 mg/ml in a buffer containing 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% (v/v) glycerol, 2 mM dithiothreitol and 2 mM FAD. Crystals were obtained ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.3871 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3871 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→49.1 Å / Num. obs: 173025 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.217 / R_pim(I) all: 0.085 / R_rim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 1.497 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 25112 / CC_1/2: 0.433 / R_pim(I) all: 0.572 / R_rim(I) all: 1.605 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→31.34 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.37 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Model was improved in Coot and refined initially with Buster, then Phenix. In Phenix the model was initially refined with hydrogens in riding position and translation libration screw (TLS). ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2101	8753	5.07 %	Random selection
R_work	0.1823	-	-	-
obs	0.1837	172727	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→31.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28188	0	562	70	28820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	29339
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.878	39841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.034	10888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	4554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4986

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.88	0.3384	281	0.3169	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.92	0.3452	315	0.3123	5387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.95	0.3546	297	0.3131	5374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-2.99	0.3703	283	0.3096	5508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.03	0.3376	241	0.3035	5463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.07	0.3347	314	0.2804	5363	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.11	0.3108	309	0.2701	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.16	0.3175	282	0.2634	5452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.21	0.3306	289	0.2633	5448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.26	0.3061	308	0.2637	5402	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.32	0.2958	327	0.2512	5474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.38	0.3015	299	0.2342	5361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.44	0.2486	284	0.2231	5452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.51	0.244	284	0.2038	5479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.59	0.2589	293	0.201	5441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.67	0.2399	276	0.1942	5478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.76	0.217	271	0.19	5467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-3.87	0.2236	258	0.1841	5496	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-3.98	0.2192	296	0.1777	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-4.11	0.2199	282	0.1699	5515	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.25	0.1922	282	0.1597	5456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.42	0.1716	303	0.1554	5479	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-4.62	0.1635	325	0.1462	5427	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-4.87	0.1665	274	0.1449	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.17	0.1681	289	0.1521	5486	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-5.57	0.1665	296	0.158	5494	X-RAY DIFFRACTION	100
5.57-6.13	0.1794	291	0.1623	5541	X-RAY DIFFRACTION	100
6.13-7	0.1766	290	0.1578	5521	X-RAY DIFFRACTION	100
7.01-8.79	0.1486	303	0.1355	5546	X-RAY DIFFRACTION	100
8.79-31.34	0.1497	311	0.1434	5706	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.741	0.1498	-1.024	0.9323	1.8137	4.149	0.6736	-0.2578	-0.4422	0.2567	0.4615	1.3442	0.2618	-0.623	-1.1637	1.1553	-0.5354	-0.0047	1.0098	0.3258	1.2989	-108.8788	35.5135	72.1227
2	1.7599	-0.6024	0.0907	1.7867	-0.0687	1.6342	-0.0229	-0.2797	0.0914	0.1865	-0.0365	0.2818	0.2123	-0.2758	0.0499	0.5339	-0.2488	0.0842	0.6928	0.1021	0.7834	-105.4081	64.1689	67.7813
3	8.8456	0.9397	-1.5817	1.0077	0.5907	0.8912	0.2432	-1.5437	-0.3151	0.6678	-0.2451	0.2953	0.1332	0.0418	0.0404	1.0882	-0.3121	0.2109	1.0514	0.2181	1.0091	-104.1193	44.9266	85.4807
4	0.9818	-0.5289	-0.1822	1.3762	-0.0599	1.4327	0.0381	-0.1633	-0.0791	0.0891	-0.1535	0.1085	0.2617	-0.0849	0.1273	0.6067	-0.2184	0.0717	0.6982	0.1493	0.8583	-93.2118	56.9783	67.8595
5	0.8006	0.2714	-0.4392	2.1262	0.2024	0.7297	-0.2581	-0.277	-0.7395	-0.024	0.0608	0.4446	0.8546	-0.732	0.2212	0.8927	-0.3958	0.0793	1.0153	0.2874	1.133	-106.0036	43.8305	73.686
6	0.9701	-1.0067	-0.937	1.8507	-0.4283	4.6871	0.1215	0.0194	0.2366	-0.0492	0.057	0.3338	-0.4816	-0.3402	-0.1715	0.4244	-0.0591	-0.0412	0.6873	-0.0474	0.8509	-120.2725	95.425	47.2535
7	0.926	0.1798	-0.3836	1.2237	-0.448	1.1437	0.0314	0.0039	0.0141	-0.095	-0.0113	0.5745	-0.0855	-0.5846	-0.0177	0.4318	-0.0463	-0.1067	0.9295	0.044	0.9852	-124.1645	89.383	38.8855
8	2.3463	1.6752	-0.4041	2.8096	-2.4046	3.2226	0.3104	-0.2935	-0.3239	0.4063	-0.3616	0.6494	0.0746	-0.1392	0.0572	0.7635	-0.3682	0.1493	0.9136	0.0753	1.179	-120.5302	47.5011	66.0313
9	2.0637	-0.8242	0.0616	0.6654	0.2716	1.1464	0.1824	0.0151	-0.5302	-0.1008	-0.096	0.8278	0.3308	-0.4517	-0.0808	0.7099	-0.3652	-0.0027	0.8448	0.1111	1.1006	-119.2504	51.1962	50.9948
10	1.0854	-1.4301	1.105	2.3349	-0.903	4.0771	-0.0582	0.0829	-0.0883	0.0101	-0.284	0.1627	0.1868	-0.0939	0.3571	0.4818	-0.2353	-0.0568	0.7674	0.0033	1.0573	-116.2237	70.3935	40.5233
11	3.3101	1.6082	-1.1874	4.1185	0.6558	1.9176	0.2806	0.3934	-0.3909	-0.6567	0.3052	0.8594	0.1704	-0.5142	-0.6019	0.5886	-0.0986	-0.3505	0.964	0.0049	0.7188	-108.2544	85.6167	-1.2385
12	0.8981	-0.0414	-0.1839	1.5528	0.1264	1.2225	0.0147	0.2257	-0.2117	-0.0297	-0.0179	0.0355	0.2641	-0.0448	0.0016	0.5697	-0.1227	-0.2159	0.5325	0.0083	0.5717	-87.7635	66.897	11.2525
13	3.9092	1.3023	3.1217	6.5831	4.1496	6.9518	0.1826	0.4819	-0.055	-0.7338	0.1913	-0.3828	-0.3101	-0.0017	-0.3521	0.7505	-0.0089	-0.1324	0.6811	0.0716	0.5211	-93.4573	85.297	-8.3409
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55	1.9367	0.2417	-0.0382	2.2955	-0.0081	0.7706	0.1085	-0.0371	-0.1137	-0.2904	-0.0781	0.134	0.0338	-0.0344	-0.0343	0.5221	0.0446	-0.0477	0.5046	0.0458	0.2614	-59.0727	83.6462	2.3854
56	5.1359	-0.0815	1.7156	3.3644	0.8009	1.4786	0.3267	0.83	-0.687	-0.454	0.1674	0.0044	0.106	0.1167	-0.4454	0.8262	0.1346	-0.0834	0.7382	-0.0537	0.4048	-63.2655	80.8789	-16.2153
57	2.7701	-0.5581	0.5982	1.799	-0.3085	2.3012	-0.0543	0.2464	0.515	-0.261	0.0862	-0.4998	-0.549	0.3326	-0.0464	0.7773	-0.1	0.2904	0.6614	0.0455	0.6304	-12.6472	105.4335	3.4936
58	1.2612	0.1832	0.258	1.0791	-0.2393	1.8028	-0.0105	0.4732	0.2677	-0.3103	-0.0142	-0.3657	-0.2488	0.507	0.0201	0.6833	-0.0367	0.2799	0.8263	0.1104	0.5998	-7.4369	96.6579	-0.633
59	3.5324	-0.3568	0.979	0.5703	0.1976	3.364	-0.2617	0.562	-0.2736	-0.8938	-0.0514	-0.1477	-0.191	0.0819	0.3473	1.2178	0.0857	-0.0272	0.9175	0.044	0.3952	-48.8911	82.2792	-24.7412
60	2.9002	1.2342	-0.8141	3.616	-1.1211	1.4411	-0.0997	0.6108	-0.3156	-0.632	0.0371	-0.1618	0.1704	0.2718	0.0175	0.89	0.1227	0.0404	0.8422	-0.0245	0.3456	-36.7288	75.1462	-18.1993
61	5.833	-0.3322	0.7432	2.7346	1.868	1.5339	0.0991	-0.0051	-0.1714	-0.3369	0.0877	-0.1243	-0.1394	0.2278	-0.1759	0.6412	0.0702	0.1312	0.67	0.0515	0.3353	-21.4713	81.7649	-3.6717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 194 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 195 through 216 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 217 through 368 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 369 through 393 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 80 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 81 through 282 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2 through 60 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 61 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 171 through 241 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 2 through 33 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 34 through 195 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 196 through 215 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 216 through 249 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 250 through 343 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 344 through 393 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 1 through 28 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 29 through 80 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 81 through 96 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 97 through 114 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 115 through 139 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 140 through 164 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 165 through 181 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 182 through 194 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 195 through 236 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 237 through 251 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 252 through 282 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 2 through 60 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 61 through 170 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 171 through 241 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 2 through 28 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 29 through 51 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 52 through 195 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 196 through 215 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 216 through 343 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 344 through 393 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 1 through 15 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 16 through 51 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 52 through 80 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 81 through 114 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 115 through 154 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 155 through 184 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 185 through 205 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 206 through 236 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 237 through 251 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 252 through 282 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 2 through 60 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 61 through 156 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 157 through 241 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 2 through 28 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 29 through 112 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'J' and (resid 113 through 145 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 146 through 195 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 196 through 215 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 216 through 368 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 369 through 393 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'K' and (resid 1 through 80 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 81 through 282 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'L' and (resid 2 through 60 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'L' and (resid 61 through 170 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'L' and (resid 171 through 241 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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