PDB-9r5i: Dimeric state of the F420-reducing hydrogenase from Methanothermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r5i

タイトル

Dimeric state of the F420-reducing hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in crystalline form 3

要素

(F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit ...) x 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / [NiFe]-hydrogenase / redox cycle / catalysis / [4Fe-4S]-cluster / F420 cofactor / FAD / hydrogen activation / thermophilic methanogen

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-NFU / IRON/SULFUR CLUSTER

機能・相同性情報

生物種

Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.13 Å

データ登録者

Jespersen, M. / Lemaire, O.N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Structural and Spectroscopic Insights into Catalytic Intermediates of a [NiFe]-hydrogenase from Group 3.
著者: Jespersen, M. / Lorent, C. / Lemaire, O.N. / Zebger, I. / Wagner, T.

履歴

登録	2025年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r5i.cif.gz	737.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r5i.ent.gz	614 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9r5i_validation.pdf.gz	7.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r5i_full_validation.pdf.gz	7.2 MB	表示
XML形式データ	9r5i_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	9r5i_validation.cif.gz	91.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/9r5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/9r5i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9r51C 9r52C 9r6zC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
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シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

B: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

C: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

D: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

E: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

F: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

ヘテロ分子

214 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.606, 196.606, 192.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

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F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit ... , 3種, 6分子 ADBFCE

#1: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha 分子量: 45839.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然詳細: The C-terminal extension has been cleaved off during maturation. 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase
#2: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta 分子量: 31091.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase
#3: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma 分子量: 26070.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase

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非ポリマー , 10種, 51分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER 分子量: 195.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃HFeN₂NiO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#10: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#11: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.97 % / 解説: Brown hexagonal plate
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: The enzyme was crystallized at a concentration of 38.8 mg.ml-1 in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% (v/v) glycerol, and 2 mM dithiothreitol. Crystals were obtained anaerobically in a Coy tent filled ...詳細: The enzyme was crystallized at a concentration of 38.8 mg.ml-1 in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% (v/v) glycerol, and 2 mM dithiothreitol. Crystals were obtained anaerobically in a Coy tent filled with a N2/H2 (97:3 %) atmosphere by initial screening at 20 degrees Celsius using the sitting-drop method on 96-well MRC two-drop crystallisation plates in polystyrene (SWISSCI). The reservoir contained 90 ul of the following crystallization solution: 30 % (v/v) Polyethylene glycol 400, 100 mM MES pH 6.5, and 200 mM LiSO4. 0.7 ul of protein and 0.7 ul of the crystallization solution were spotted.

結晶

マシュー密度: 5.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.97 % / 解説: Brown hexagonal plate

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The enzyme was crystallized at a concentration of 38.8 mg.ml-1 in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% (v/v) glycerol, and 2 mM dithiothreitol. Crystals were obtained anaerobically in a Coy tent filled ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.73891 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.73891 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.13→127.41 Å / Num. obs: 52281 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 20.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.304 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.312 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 3.13→3.35 Å / 冗長度: 21.1 % / R_merge(I) obs: 2.449 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2616 / CC_1/2: 0.62 / R_pim(I) all: 0.545 / R_rim(I) all: 2.51 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.13→77.83 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Model correction was performed in coot, and refinement with Phenix. The model was refined with Translation libration Screw.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2059	2614	5 %	Random selection
R_work	0.1744	-	-	-
obs	0.176	52264	69.02 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.13→77.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14094	0	389	0	14483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14754
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.935	19987
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.613	5482
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	2277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.13-3.19	0.2907	11	0.2775	152	X-RAY DIFFRACTION	4
3.19-3.25	0.2714	34	0.2658	568	X-RAY DIFFRACTION	15
3.25-3.32	0.3769	45	0.2776	1091	X-RAY DIFFRACTION	29
3.32-3.39	0.3017	63	0.2682	1355	X-RAY DIFFRACTION	36
3.39-3.47	0.3372	72	0.2644	1540	X-RAY DIFFRACTION	41
3.47-3.55	0.3123	109	0.2595	1784	X-RAY DIFFRACTION	48
3.55-3.65	0.2533	124	0.2175	2042	X-RAY DIFFRACTION	55
3.65-3.76	0.2924	113	0.2116	2268	X-RAY DIFFRACTION	60
3.76-3.88	0.2278	117	0.1966	2663	X-RAY DIFFRACTION	70
3.88-4.02	0.2548	148	0.1961	2824	X-RAY DIFFRACTION	75
4.02-4.18	0.2032	163	0.182	3106	X-RAY DIFFRACTION	82
4.18-4.37	0.189	172	0.1746	3499	X-RAY DIFFRACTION	92
4.37-4.6	0.1867	198	0.1533	3723	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6-4.89	0.1874	219	0.1514	3759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-5.26	0.1981	184	0.1566	3804	X-RAY DIFFRACTION	100
5.26-5.79	0.2207	202	0.174	3804	X-RAY DIFFRACTION	100
5.79-6.63	0.1982	210	0.1719	3833	X-RAY DIFFRACTION	100
6.63-8.35	0.1804	227	0.1631	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
8.35-77.83	0.1782	203	0.1581	3995	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5823	3.5438	0.7037	6.6006	0.5216	2.1818	-0.8049	0.4627	0.0347	-1.2294	0.8434	-0.4166	-0.0601	0.3699	-0.0023	0.633	-0.117	0.1255	0.4981	-0.0108	0.5081	-40.9869	49.8613	-0.2715
2	2.3601	-1.0217	0.6785	0.7817	0.367	0.8373	0.0056	-0.1801	-0.204	0.1278	-0.1003	-0.1188	0.1596	0.001	0.0553	0.6336	-0.1203	0.1035	0.4494	0.0521	0.45	-58.7372	29.0372	11.28
3	2.8676	3.4967	-1.2332	4.6785	-1.4562	1.8089	0.1039	-1.1084	-1.0752	0.2974	-0.4257	-0.2594	0.4467	0.3691	0.4108	0.7857	0.0321	0.0142	0.6284	0.1827	0.816	-44.9611	21.186	20.9505
4	2.9479	-0.171	-1.0411	2.5813	1.3827	2.3031	0.1759	-0.5624	0.0361	0.0418	0.1635	-0.5558	-0.1401	0.4002	-0.2476	0.6373	-0.0981	-0.0191	0.5132	0.1687	0.5327	-42.3704	43.1403	17.2671
5	2.947	0.0732	-0.3672	3.5694	-1.5119	5.0803	0.1903	0.0294	0.6108	-0.0067	0.3125	-0.0726	-0.7131	-0.1658	0.0991	0.753	-0.1534	0.0791	0.4699	-0.0317	0.4998	-59.1725	53.4057	9.5995
6	2.4314	-0.734	0.6332	3.4968	-1.3665	3.7668	-0.0819	-0.4848	0.1419	0.4366	-0.0679	-0.2757	-0.349	0.0975	0.0807	0.6725	-0.1668	0.0008	0.5198	0.0428	0.5496	-51.1644	46.1749	19.5217
7	4.5184	1.3412	0.6241	4.7196	-0.5463	3.137	0.3928	-0.524	-0.8657	0.9811	-0.6273	-0.8345	0.2369	0.0419	-0.1506	0.7282	-0.0152	-0.1238	0.5282	0.0853	0.4189	-49.1497	29.4328	23.2446
8	3.7923	-0.4738	0.0748	4.3211	-1.6016	1.9083	0.1056	-0.5061	-0.1256	0.5084	-0.1954	0.316	0.2142	-0.3546	0.0549	0.6752	-0.1889	0.1286	0.5546	-0.0379	0.3177	-70.9446	34.441	18.2268
9	8.8676	2.143	0.1961	0.8526	-0.4742	0.6673	0.45	0.3756	0.2587	-0.0371	-0.2457	0.1779	0.127	-0.0068	-0.2647	0.6108	-0.0934	0.0677	0.4364	-0.0469	0.4399	-53.7931	44.3532	7.8922
10	2.1334	-1.1198	0.9893	2.0175	1.0187	2.8606	-0.1356	-0.42	-0.9067	0.3686	0.165	0.3554	0.2551	-0.2104	0.076	0.8868	-0.0263	0.2255	0.5421	0.2076	0.9047	-72.0739	-4.4488	8.8097
11	3.8422	0.595	0.6901	0.5064	0.3376	0.7964	-0.044	-0.3446	-1.0717	-0.172	0.1006	-0.4181	0.1978	-0.1273	-0.0813	0.7461	-0.0212	0.1364	0.4318	-0.0007	0.7982	-77.0593	-6.9714	-3.1787
12	3.6897	0.8365	2.4582	6.0084	-2.576	8.577	-0.0021	-0.1369	-0.2789	-1.1966	-0.0254	-1.1443	0.417	0.4209	0.0202	0.6217	-0.0999	0.1284	0.3861	0.0029	0.4389	-48.3076	23.5414	-2.4068
13	6.0831	5.1124	-1.9778	5.3417	-2.4601	1.2937	0.0655	0.7691	0.345	-0.8998	0.2042	0.2708	-0.326	0.3269	-0.1591	0.9541	-0.1575	0.3031	0.6798	0.0069	0.5172	-39.1469	40.6018	-8.5167
14	3.406	0.5002	1.9636	7.977	-2.4571	3.1388	-0.2983	-0.3103	-0.2531	-0.6391	0.5302	-0.3344	-0.1434	0.7533	-0.0504	0.9411	-0.2424	0.27	0.6209	-0.0766	0.3732	-52.1043	32.9986	-13.0775
15	4.5724	-5.136	-2.7721	5.8946	3.7302	4.6749	0.052	0.1397	0.8617	-0.2481	0.0799	-0.6331	-0.7117	0.2677	-0.33	1.2021	-0.3279	0.3206	0.733	0.0311	0.6514	-52.2647	37.645	-16.9653
16	2.2042	-1.5929	0.0057	3.0984	-0.312	2.4246	-0.0931	0.4164	-0.4528	-0.6309	-0.1208	-0.1887	0.1662	-0.0702	0.249	0.7135	-0.211	0.111	0.5026	-0.0406	0.496	-59.738	25.869	-10.7565
17	2.4817	0.3032	2.1309	6.3135	1.8755	2.2545	-0.0905	0.1059	-0.4237	-0.2334	-0.1552	-0.4077	0.0533	0.1553	0.3109	0.8151	-0.1483	0.2399	0.4565	-0.0067	0.544	-73.271	14.3522	-6.2203
18	1.0259	0.8152	0.1901	1.3732	0.1	0.9966	-0.1921	-0.1235	0.0909	-0.1529	0.1198	0.3557	-0.1563	0.076	0.0725	0.7168	-0.0365	0.0178	0.4542	-0.1068	0.4022	-107.7539	19.8262	-7.0088
19	1.5292	0.5041	0.1362	1.0143	-0.0895	1.4027	-0.1333	0.1888	0.7612	-0.3424	-0.1004	0.1814	-0.1928	0.0641	0.2175	0.8969	0.0267	-0.0896	0.3674	-0.1303	0.6752	-110.1768	36.0315	-11.8114
20	2.9199	1.874	1.4147	2.4601	1.3451	1.5679	-0.2353	-0.2248	0.9496	-0.2623	-0.2673	0.7605	-0.7161	-0.1638	0.2521	1.0507	0.0425	-0.15	0.5942	-0.0206	0.9437	-122.3115	38.4873	-10.7422
21	1.6411	0.7604	0.7178	1.5174	-0.1633	3.0045	0.0978	-0.2369	0.0065	0.1931	0.0708	0.1324	0.1096	-0.3927	-0.0986	0.6649	0.0619	0.0225	0.5251	-0.1744	0.6642	-122.8188	17.2523	-3.7907
22	3.9696	0.7994	0.1663	4.3863	0.2569	3.1033	-0.0557	0.0301	-0.537	-0.0016	0.0901	-0.3352	0.2574	-0.1664	0.0187	0.6825	-0.0281	0.056	0.4564	-0.0587	0.4761	-107.683	4.309	-0.8025
23	3.5596	0.2106	0.0624	4.9215	0.1011	0.79	-0.2221	-0.587	0.2562	-0.0432	0.1026	0.6689	-0.0556	-0.5554	0.0434	0.8069	-0.1115	0.0518	0.514	-0.149	0.659	-123.3701	17.9164	1.1997
24	5.0488	3.1043	1.3353	6.7313	1.2941	2.2295	-0.3436	-0.1706	1.2588	-0.4162	-0.1294	1.3897	-0.8407	-0.139	-0.0137	0.7931	0.0674	0.1113	0.5582	-0.074	0.7669	-121.4041	32.6314	-3.3956
25	1.9094	0.7408	0.4106	1.7986	0.3311	0.7539	-0.0628	-0.2992	0.2912	0.1313	0.0212	0.0334	-0.2047	0.1009	0.0294	0.7417	-0.0326	0.1002	0.4671	-0.1302	0.3873	-106.9669	19.8492	-0.1581
26	6.7552	1.849	-2.5456	3.8022	1.1288	7.4061	-0.191	0.5979	0.6653	-1.3275	0.105	0.3476	-0.8989	-0.5375	-0.0061	0.872	-0.0534	-0.11	0.2977	-0.0051	0.5184	-105.4503	28.3157	-24.105
27	3.788	4.7593	-0.1541	6.6101	1.0044	3.696	0.0519	0.3323	-0.344	-0.2443	-0.3383	-0.0695	0.1903	0.6168	0.2837	0.8652	-0.0894	0.0157	0.5187	-0.1328	0.4701	-110.8828	9.0633	-27.7827
28	2.3984	0.2893	1.1775	0.0803	-0.0846	1.9438	0.1569	0.1563	-0.5754	-0.8222	0.283	-0.1771	0.8195	-0.1869	-0.3209	1.2319	-0.2297	0.1092	0.6671	-0.2254	0.2544	-97.1696	16.3088	-25.7923
29	3.5137	0.8475	0.3783	4.0846	-5.5981	8.6436	-0.5458	-0.0063	-0.3828	-1.0698	0.1282	-0.7178	1.5946	-0.4664	0.4994	1.3839	-0.0848	0.0978	0.4933	-0.0927	0.6169	-95.2403	10.6329	-26.7285
30	1.1265	-0.6162	-0.0034	2.7962	-1.1109	2.8628	-0.1381	0.2156	0.1732	-0.5799	0.1961	-0.1823	-0.0429	0.3175	-0.0751	0.7362	-0.1778	0.0113	0.4121	-0.097	0.418	-92.7424	22.312	-19.5738
31	6.651	-4.2844	2.826	8.1726	-3.1197	8.2281	0.395	0.9981	0.6907	-0.8641	-0.6334	-0.377	-0.9237	0.7825	0.2993	1.0476	-0.222	0.0467	0.6491	0.1004	0.5818	-88.1566	33.6697	-31.4151
32	6.7394	-0.1324	-0.6588	3.9281	-0.6068	3.7854	0.0859	-0.5038	0.139	-0.0468	-0.2022	0.0938	-0.3107	0.2322	0.1078	0.9153	-0.1688	0.0383	0.3948	-0.0169	0.3769	-81.6915	36.8176	-10.3996
33	2.0154	0.0119	-2.472	1.5116	0.5272	4.5584	-0.1527	0.6775	0.0607	-0.7992	0.175	-0.0073	-0.2444	-1.1153	-0.0041	1.4926	-0.4358	-0.3266	0.9157	-0.1662	0.2408	-84.6596	43.4921	-25.3033
34	2.7304	-0.2184	-0.6522	2.4099	-0.7766	1.376	-0.4589	-0.0888	0.852	0.5299	0.1263	-0.2084	-0.6995	-0.0175	0.3784	1.4147	-0.0637	-0.267	0.5734	-0.0921	0.7744	-90.1935	61.4091	-11.7316
35	3.4927	0.0561	1.2038	0.2526	0.3961	1.2892	-0.5899	0.2403	0.8435	-0.6395	0.2503	0.1244	-0.5332	0.1882	0.2581	1.1224	-0.234	-0.1287	0.531	0.0735	0.6872	-78.621	60.0458	-18.0793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 196 through 224 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 225 through 249 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 250 through 280 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 281 through 305 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 306 through 343 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 344 through 393 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 96 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 97 through 282 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 32 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 33 through 60 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 61 through 78 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 79 through 91 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 92 through 170 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 171 through 241 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 2 through 117 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 118 through 164 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 165 through 195 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 196 through 229 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 230 through 257 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 258 through 281 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 282 through 305 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 306 through 393 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 2 through 32 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 33 through 60 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 61 through 78 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 79 through 91 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 92 through 155 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 156 through 170 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 171 through 222 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 223 through 241 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 1 through 96 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 97 through 282 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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