PDB-9r51: Dimeric state of the F420-reducing hydrogenase from Methanothermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r51

タイトル

Dimeric state of the F420-reducing hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in crystalline form 1

要素

(F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit ...) x 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / [NiFe]-hydrogenase / redox cycle / catalysis / [4Fe-4S]-cluster / F420 cofactor / FAD / hydrogen activation / thermophilic methanogen

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Chem-NFU / IRON/SULFUR CLUSTER

機能・相同性情報

生物種

Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Jespersen, M. / Lemaire, O.N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Structural and Spectroscopic Insights into Catalytic Intermediates of a [NiFe]-hydrogenase from Group 3.
著者: Jespersen, M. / Lorent, C. / Lemaire, O.N. / Zebger, I. / Wagner, T.

履歴

登録	2025年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r51.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r51.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9r51_validation.pdf.gz	13.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r51_full_validation.pdf.gz	13.3 MB	表示
XML形式データ	9r51_validation.xml.gz	173.1 KB	表示
CIF形式データ	9r51_validation.cif.gz	225.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/9r51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/9r51	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9r52C 9r5iC 9r6zC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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登録構造単位

A: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

B: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

C: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

D: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

E: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

F: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

G: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

H: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

I: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

J: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

K: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

L: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

ヘテロ分子

428 kDa, 12 ポリマー
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1

A: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

B: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

C: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

D: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

E: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

F: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
214 kDa, 6 ポリマー
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2

G: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

H: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

I: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

J: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha

K: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma

L: F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	192.710, 192.710, 386.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

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F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit ... , 3種, 12分子 ADGJBFILCEHK

#1: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit alpha 分子量: 45839.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然詳細: The C-terminal extension has been cleaved off during maturation. 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase
#2: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit beta 分子量: 31091.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase
#3: タンパク質	F420-reducing [NiFe]-hydrogenase from Methanothermococcus thermolithotrophicus subunit gamma 分子量: 26070.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 株: DSM 2095 / 組織: / / 参照: coenzyme F420 hydrogenase

-
非ポリマー , 10種, 1977分子

#4: 化合物	ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER 分子量: 195.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃HFeN₂NiO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#11: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.1 % / 解説: Thick black plate almost cubic
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The enzyme used for crystallization was at a concentration of 16 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10 % (v/v) glycerol, 2 mM FAD and 2 mM dithiothreitol. Crystals were obtained anaerobically in ...詳細: The enzyme used for crystallization was at a concentration of 16 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10 % (v/v) glycerol, 2 mM FAD and 2 mM dithiothreitol. Crystals were obtained anaerobically in a Coy tent filled with a N2/H2 (97:3%) atmosphere by initial screening at 20 degrees Celsius using the sitting drop method on 96-well MCR two-drop crystallization plates in polystyrene (SWISSCI). The reservoir contained 90 ul of crystallization solution. The crystallization solution contained 45 % (w/v) Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH) 270, 100 mM HEPES pH 7.5, and 200 mM (NH4)2SO4. Drops of 0.7 ul protein and 0.7 ul crystallization solution were spotted.

結晶

マシュー密度: 5.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.1 % / 解説: Thick black plate almost cubic

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The enzyme used for crystallization was at a concentration of 16 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10 % (v/v) glycerol, 2 mM FAD and 2 mM dithiothreitol. Crystals were obtained anaerobically in ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.3871 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3871 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.86 Å / Num. obs: 365266 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.66 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 52491 / CC_1/2: 0.565 / R_pim(I) all: 0.304 / R_rim(I) all: 0.673 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→31.55 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Model improvement was manually performed in Coot, and the refinement was done with Buster and PHENIX. Translation Libration screw was applied during the refinement. Hydrogens in riding ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2074	18426	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1798	-	-	-
obs	0.1812	365025	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28188	0	735	1888	30811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	29490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	39984
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.379	10976
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	4554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3734	664	0.3604	11058	X-RAY DIFFRACTION	97
2.33-2.35	0.3698	575	0.3472	11379	X-RAY DIFFRACTION	99
2.35-2.38	0.3612	641	0.3218	11458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.41	0.3338	534	0.2935	11530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.44	0.3119	635	0.2776	11431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.3077	592	0.2645	11526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.51	0.2973	722	0.2583	11369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.55	0.2977	649	0.2476	11445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.2751	566	0.2438	11578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.63	0.2752	634	0.2407	11475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.68	0.249	538	0.23	11577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.2561	595	0.2164	11503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.78	0.2384	584	0.2069	11537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.2325	586	0.1996	11580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2157	575	0.1979	11525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.96	0.2391	671	0.1981	11516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.04	0.2375	618	0.1898	11497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.12	0.211	661	0.1808	11490	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.21	0.2108	615	0.1742	11584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.32	0.1911	590	0.17	11550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.43	0.2004	628	0.1673	11552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.57	0.1858	596	0.1526	11607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.73	0.1751	600	0.1477	11583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.93	0.1822	531	0.1483	11733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.18	0.1686	682	0.1391	11534	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.5	0.1616	638	0.1343	11627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.95	0.1585	615	0.1374	11709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.66	0.1772	607	0.1527	11726	X-RAY DIFFRACTION	100
5.66-7.12	0.1708	669	0.1605	11774	X-RAY DIFFRACTION	100
7.12-31.55	0.1708	615	0.1609	12146	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5409	0.3582	0.6816	1.0199	-0.0759	1.1288	-0.2144	-0.1077	0.315	0.323	0.0729	-0.1435	-0.1526	-0.0334	0.1517	0.5321	0.129	0.0107	0.3029	-0.0044	0.4513	86.1875	45.8181	-48.0978
2	4.8956	1.038	-0.8112	2.9788	-1.1608	2.5095	0.1255	0.3609	0.4988	0.0863	0.1476	0.3578	-0.0208	-0.0651	-0.2342	0.5715	0.1559	0.0086	0.3478	0.0935	0.6605	71.1902	61.2464	-59.9302
3	5.6536	1.9582	-1.895	6.2388	-2.6542	6.1461	-0.5829	-0.1005	-0.103	0.2125	0.0838	0.004	-0.3079	-0.0507	0.4778	0.6373	0.1407	0.0433	0.313	0.0592	0.6998	67.4685	64.6255	-55.4646
4	0.7208	0.5399	0.0778	0.4018	0.1555	1.8858	-0.1701	-0.2165	0.3994	0.3415	0.1779	0.1471	-0.3995	-0.3381	0.0449	0.7032	0.2136	0.0997	0.3464	0.0191	0.5379	72.2018	48.6207	-43.5947
5	3.507	-0.2116	-0.1175	2.0342	0.6067	2.1876	-0.1967	-0.3147	1.0679	0.5072	0.0837	-0.2019	-0.5399	0.032	0.0759	0.8153	0.1059	-0.0981	0.3407	-0.1146	0.7445	86.777	63.9832	-36.8766
6	1.8369	2.1356	0.5357	6.0049	0.133	0.1785	-0.1339	-0.4754	0.0686	0.6031	0.0094	0.6071	0.0071	-0.1778	0.1333	0.7116	0.1994	0.1673	0.4321	-0.011	0.5291	67.3211	44.927	-36.5262
7	2.4343	0.6711	-0.3925	0.5002	-0.4426	0.3874	-0.0019	-0.0239	-0.1014	-0.0816	-0.0076	0.3038	0.0171	-0.0572	0.0002	0.5914	-0.1874	-0.1153	0.341	0.011	0.6752	45.9533	-49.5966	-2.7228
8	1.5999	0.1208	0.1843	1.3117	-0.3866	1.0341	-0.0984	-0.1217	0.5805	0.2222	-0.0641	0.4308	-0.3617	-0.0435	0.1522	0.6183	-0.1671	-0.0563	0.3374	-0.0835	0.7353	50.0529	-27.5151	11.008
9	3.3756	-4.1674	1.888	7.6745	-4.141	3.1126	0.1819	-0.1449	-0.2208	0.1787	0.0886	1.7504	-0.2258	-0.3529	-0.2951	0.5703	-0.1523	-0.0311	0.5164	-0.0384	0.9743	29.3786	-46.8473	9.7752
10	1.8153	-0.1617	-1.0302	1.0981	0.1527	2.9748	-0.1259	-0.1258	0.0129	0.0719	-0.0405	0.2628	0.0919	0.1536	0.1832	0.5291	-0.1995	-0.0255	0.3218	0.0105	0.4982	53.0114	-51.8638	11.3457
11	3.2083	0.3493	0.861	3.9583	-0.0199	2.886	0.1122	-0.3796	0.26	0.4794	-0.174	0.8446	-0.3135	-0.1098	0.0903	0.5883	-0.1469	0.1129	0.351	-0.1045	0.6097	42.6285	-35.5467	20.0466
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54	1.5664	-1.0356	-0.4232	0.9779	0.6791	3.6272	0.023	0.1117	-0.4867	0.1096	0.0589	0.2788	0.3936	-0.3901	-0.0764	0.5093	0.0679	0.0965	0.3348	0.0652	0.7565	48.8826	18.184	-63.9496
55	3.8058	-3.7223	-0.0879	3.9253	0.7012	1.9259	0.0164	-0.342	0.2253	0.6811	0.2494	0.6471	-0.2013	-0.3626	-0.2296	0.5472	0.1191	0.2407	0.4513	0.0209	0.7269	39.0448	34.8351	-58.1858
56	4.9848	1.767	1.2096	5.4297	0.9163	1.9646	-0.1658	-0.2126	0.3302	0.124	0.2201	0.5426	-0.094	-0.3013	-0.0752	0.4573	0.1328	0.1812	0.3248	0.0623	0.5011	51.6104	27.2396	-52.7635
57	7.5339	5.4157	-1.8637	7.3847	-1.8008	3.4417	0.5426	0.4169	0.961	0.22	-0.2557	1.0839	-0.7175	-0.431	-0.2606	0.5557	0.2432	0.1901	0.4933	-0.0117	0.6596	51.4234	31.7187	-48.755
58	1.8673	0.1554	-0.2257	1.0147	0.4902	0.8174	-0.067	-0.1274	-0.3103	0.3413	0.0358	0.4361	0.081	-0.0903	0.034	0.4688	0.148	0.1054	0.349	0.0569	0.5649	59.4261	20.3001	-54.5969
59	2.1506	0.4572	0.943	1.3417	-1.23	2.0673	0.0776	0.0008	-0.1048	0.1648	-0.0704	0.2563	-0.2156	-0.0397	-0.0245	0.5338	0.1369	0.0824	0.2838	0.0241	0.5656	76.5932	12.4556	-59.7432
60	6.8598	3.4965	1.125	6.3058	1.2003	3.6343	0.4451	0.0468	-0.3093	0.333	-0.5156	0.9299	0.179	-0.3822	0.0566	0.4875	0.0921	0.1532	0.3248	0.0316	0.6376	65.7932	1.067	-54.8786
61	3.0245	-1.2718	1.632	0.3965	-0.7391	1.864	0.1188	-0.0418	-0.3615	-0.0081	0.0045	0.0689	0.0027	-0.0247	-0.1341	0.4552	0.0357	0.0213	0.2467	0.0386	0.4355	108.297	2.9838	-49.5896
62	1.1552	-0.3353	0.6126	1.0638	-0.0696	1.3595	-0.0525	0.0821	0.2605	0.1515	-0.0326	-0.0756	-0.4597	-0.0295	0.1086	0.5805	0.0708	0.0667	0.2531	0.0731	0.4817	107.514	27.2236	-55.2682
63	5.0438	-3.318	3.1148	5.6146	-3.4351	3.076	-0.157	-0.0668	1.1705	0.0387	-0.1135	-0.7783	-0.7029	-0.0148	0.3285	0.8064	-0.0425	0.0309	0.303	0.0187	0.6092	121.1107	33.6536	-49.7716
64	1.2085	-0.2999	0.1625	2.0974	0.1731	3.1082	0.06	0.1622	0.0979	0.0101	-0.0877	-0.4099	-0.1786	0.4802	0.0424	0.3722	0.007	0.0465	0.2522	0.0834	0.487	124.2453	12.0706	-54.3631
65	2.5443	0.6838	-0.753	1.1464	0.7063	1.5754	-0.0032	0.1537	-0.1878	-0.1797	-0.1019	-0.4745	-0.039	0.0846	0.1212	0.4531	0.107	0.0371	0.2686	0.0684	0.5047	114.6551	7.3111	-63.4833
66	1.4799	-0.1686	0.6741	0.723	-0.2892	1.5674	0.0376	0.1565	0.1522	0.0195	-0.047	-0.1149	-0.2939	0.0012	0.0094	0.4624	0.0888	0.0733	0.2284	0.0396	0.3946	110.0348	18.2312	-60.9186
67	3.4591	0.7283	-0.124	2.7532	-0.4962	2.3402	-0.0626	-0.0574	0.6853	0.1664	-0.1988	0.1131	-0.579	0.1712	0.2393	0.5986	0.0689	0.0193	0.2615	0.0304	0.3815	103.9413	22.9986	-37.8715
68	4.0358	-3.9142	-0.7878	8.6549	0.1251	2.4016	-0.0525	-0.0918	-0.463	0.4735	-0.045	0.0547	0.1922	-0.2156	0.0708	0.5614	0.0419	0.0098	0.2806	0.0729	0.4306	109.5175	3.6167	-34.7364
69	3.6657	0.7796	1.2823	3.0053	1.1876	0.7532	0.2603	-0.2861	-0.5624	0.3793	0.0222	-0.4626	0.2091	-0.138	-0.3062	0.6225	0.0996	0.0387	0.27	0.0781	0.3549	95.7865	10.5966	-37.3385
70	4.714	1.1551	1.4233	3.8845	3.343	2.9895	0.1054	0.0587	-0.7106	0.7331	-0.1827	-0.4352	1.5966	0.5217	0.1039	0.7817	0.1099	0.0759	0.3832	0.1264	0.6121	93.8983	4.9095	-36.7767
71	0.6458	-0.0609	0.0384	1.4954	0.8143	1.7042	-0.0774	-0.1249	-0.0653	0.3636	0.0022	0.2281	-0.0082	-0.1094	0.0731	0.5622	0.1425	0.0519	0.2939	0.0795	0.3572	90.4793	18.9948	-40.997
72	3.6675	-1.1611	-0.6834	0.8278	0.8959	1.1233	-0.1297	-0.0729	-0.3227	0.2498	0.0337	0.0905	0.1456	-0.0938	0.0847	0.5295	0.1365	0.0625	0.2748	0.0216	0.4895	80.9536	31.3189	-52.7408
73	4.9919	1.032	1.315	6.5501	1.9473	6.3062	-0.1572	-0.3871	0.3691	1.646	-0.1401	-0.1353	0.259	-0.3086	0.3102	0.7947	0.1585	0.0354	0.3336	0.041	0.409	82.776	37.3014	-37.4623
74	2.9129	-0.1856	0.2523	1.3981	0.5466	1.4978	-0.0925	-0.077	0.4071	0.1149	0.0166	-0.2395	-0.3687	0.0242	0.0861	0.6165	0.0951	-0.0142	0.2734	-0.0104	0.5717	87.7059	59.7586	-46.4656
75	6.2944	1.5056	0.8044	2.1636	0.1856	0.9792	-0.2566	0.4922	0.2954	-0.0607	0.2585	0.1074	-0.3013	-0.0055	-0.0104	0.5529	0.1213	-0.0019	0.2942	0.0446	0.5159	86.9075	54.5524	-55.7667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 81 through 149 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 150 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 165 through 184 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 185 through 205 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'F' and (resid 206 through 251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 252 through 282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 2 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 52 through 194 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 195 through 214 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 215 through 265 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 266 through 305 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 306 through 393 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 2 through 32 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 33 through 60 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 61 through 78 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 79 through 91 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 92 through 155 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 156 through 170 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 171 through 207 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 208 through 241 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'I' and (resid 1 through 56 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'I' and (resid 57 through 89 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'I' and (resid 90 through 149 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'I' and (resid 150 through 184 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'I' and (resid 185 through 236 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'I' and (resid 237 through 251 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'I' and (resid 252 through 282 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'J' and (resid 2 through 117 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'J' and (resid 118 through 305 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'J' and (resid 306 through 393 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'K' and (resid 2 through 32 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'K' and (resid 33 through 60 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'K' and (resid 61 through 78 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'K' and (resid 79 through 91 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'K' and (resid 92 through 170 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'K' and (resid 171 through 241 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'L' and (resid 1 through 80 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'L' and (resid 81 through 149 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'L' and (resid 150 through 188 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resid 189 through 236 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 237 through 251 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 252 through 282 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'A' and (resid 2 through 87 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'A' and (resid 88 through 305 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'A' and (resid 306 through 393 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'B' and (resid 1 through 28 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'B' and (resid 29 through 80 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'B' and (resid 81 through 149 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'B' and (resid 150 through 164 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'B' and (resid 165 through 184 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'B' and (resid 185 through 236 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'B' and (resid 237 through 251 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'B' and (resid 252 through 282 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'C' and (resid 2 through 32 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'C' and (resid 33 through 60 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'C' and (resid 61 through 78 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'C' and (resid 79 through 91 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'C' and (resid 92 through 170 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'C' and (resid 171 through 222 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'C' and (resid 223 through 241 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'D' and (resid 2 through 51 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'D' and (resid 52 through 164 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'D' and (resid 165 through 195 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'D' and (resid 196 through 224 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'D' and (resid 225 through 280 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'D' and (resid 281 through 393 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'E' and (resid 2 through 32 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'E' and (resid 33 through 60 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'E' and (resid 61 through 78 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'E' and (resid 79 through 91 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'E' and (resid 92 through 170 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'E' and (resid 171 through 222 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'E' and (resid 223 through 241 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'F' and (resid 1 through 56 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'F' and (resid 57 through 80 )

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)