PDB-9r2k: De novo designed N30 protein fold

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r2k

タイトル

De novo designed N30 protein fold

要素

N30

キーワード

DE NOVO PROTEIN / dark fold / de novo / unnatural

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Pacesa, M. / Miao, Y. / Georgeon, S. / Schmidt, J. / Correia, B.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Reimagine accessibility of protein space with generative model
著者: Miao, Y. / Pacesa, M. / Georgeon, S. / Schmidt, J. / Lu, T. / Huang, P. / Correia, B.E.

履歴

登録	2025年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r2k.cif.gz	143.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r2k.ent.gz	94.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/9r2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/9r2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r2lC 9r2oC 9r2rC 9r2vC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N30

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.600, 39.810, 54.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.350, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	N30 分子量: 22658.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.28 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 24.3 mg/ml; 0.1 M MES 6.5; 30 % v/v BCS PEG Smear Low

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→53.904 Å / Num. obs: 10853 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.97 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.961→1.995 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.584 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 574 / CC_1/2: 0.347 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→53.9 Å / SU ML: 0.1976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3867
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	537	4.95 %
R_work	0.1968	10316	-
obs	0.1995	10853	92.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→53.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1509	0	0	65	1574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	1531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8553	2044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0401	213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	260
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9842	622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.16	0.305	135	0.2644	2521	X-RAY DIFFRACTION	92.13
2.16-2.47	0.2597	151	0.2056	2568	X-RAY DIFFRACTION	93.6
2.47-3.11	0.2744	127	0.2112	2600	X-RAY DIFFRACTION	93.87
3.11-53.9	0.2256	124	0.1734	2627	X-RAY DIFFRACTION	92.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.31486214741	-0.973140791555	-1.11869895506	0.874937123486	1.43359393899	1.92301259301	-0.134877726134	-0.0568508292211	-0.0122568747381	0.0599375095925	0.0932931799211	-0.0815798437883	-0.0308493327651	0.192131972203	-0.00427484142864	0.226732776353	-0.00378636243988	-0.00367686310079	0.217264577755	0.0113644587581	0.219114769139	23.7636125481	1.44399289021	17.044118285
2	1.61947115425	0.078437908333	0.0263245905279	1.04288589185	-1.01406834559	1.28994478503	0.0177325184682	0.0831378556187	-0.13200063474	0.011786391333	0.016313621662	0.112267606496	0.197286660765	0.0951270678446	6.45820984268E-6	0.186062086274	0.00642895073963	0.000656682916364	0.150357118097	0.00228904408851	0.175832426485	10.7948213687	-1.89975201336	14.7929461061
3	1.0573722801	0.174550052663	0.0597820654114	1.77662343548	-0.365853169083	2.08564843008	-0.0120525036883	0.163904342822	0.0146567174851	-0.0765829559564	0.0565192846329	-0.0179073813119	-0.0555056545716	-0.223558869444	0.000728902141034	0.118181242364	0.0240009814988	-0.00879217350529	0.123835783125	-0.0134329189256	0.124112780619	12.0518984135	1.90971550017	10.5427350287

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 57 )	1 - 57	1 - 57
2	2	chain 'A' and (resid 58 through 98 )	58 - 98	58 - 98
3	3	chain 'A' and (resid 99 through 177 )	99 - 177	99 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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