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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9r2v | ||||||
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| Title | De novo designed M16 protein fold | ||||||
Components | M16 | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / dark fold / de novo / unnatural | ||||||
| Function / homology | FORMIC ACID Function and homology information | ||||||
| Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49 Å | ||||||
Authors | Pacesa, M. / Miao, Y. / Georgeon, S. / Schmidt, J. / Correia, B.E. | ||||||
| Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Reimagine accessibility of protein space with generative model Authors: Miao, Y. / Pacesa, M. / Georgeon, S. / Schmidt, J. / Lu, T. / Huang, P. / Correia, B.E. #1: Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2019 Title: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. Authors: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty ...Authors: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams / ![]() Abstract: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9r2v.cif.gz | 629.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9r2v.ent.gz | 441 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9r2v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9r2v_validation.pdf.gz | 496.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9r2v_full_validation.pdf.gz | 506.5 KB | Display | |
| Data in XML | 9r2v_validation.xml.gz | 45.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 9r2v_validation.cif.gz | 58.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/9r2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/9r2v | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9r2kC ![]() 9r2lC ![]() 9r2oC ![]() 9r2rC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 19752.111 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.04 M Calcium chloride dihydrate 0.04 M Sodium formate 0.1 M Tris 8.0 25 % v/v PEG Smear Low |
|---|
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.9184 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.49→111.318 Å / Num. obs: 35326 / % possible obs: 91.2 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 70.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 12.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.492→2.535 Å / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1724 / CC1/2: 0.554 / % possible all: 89.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49→61.19 Å / SU ML: 0.4443 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 35.047 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 96.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.49→61.19 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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