PDB-9r00: De novo NTF2-like protein with a 2-helix C-terminal extension.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r00

タイトル

De novo NTF2-like protein with a 2-helix C-terminal extension.

要素

NTF2_HH

キーワード

DE NOVO PROTEIN / NTF2

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nadal, M. / Marcos, E. / Castellvi, A.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RYC2018-025295-I	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	EUR2020-112164	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	CNS2023-144990	スペイン

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Buttressing ligand-binding pockets in de novo designed NTF2-like domains.
著者: Nadal, M. / Albi-Puig, J. / Castellvi, A. / Garcia-Franco, P.M. / Vega, S. / Velazquez-Campoy, A. / Marcos, E.

履歴

登録	2025年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r00.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r00.ent.gz	50.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r00_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r00_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	9r00_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	9r00_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/9r00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/9r00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qzdC 9r0tC 9r0zC 9r17C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NTF2_HH

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.397, 61.043, 96.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- CD
2	1	A-207- CD

#1: タンパク質	NTF2_HH 分子量: 16430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 27% peg 400, cadmiun chloride 0.1M Sodium acetate 100 mM pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.1 Å / Num. obs: 8367 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 599 / CC_1/2: 0.987

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→48.1 Å / SU B: 9.964 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26391	786	9.4 %	RANDOM
R_work	0.21575	-	-	-
obs	0.22026	7581	99.93 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.005 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.29 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1083	0	11	7	1101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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