PDB-9r0t: De novo designed homodimeric NTF2-like protein with a hydrophobic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r0t

タイトル

De novo designed homodimeric NTF2-like protein with a hydrophobic pocket

要素

NTF0-DIM1_CAV3

キーワード

DE NOVO PROTEIN / NTF2

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Nadal, M. / Marcos, E.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RYC2018-025295-I	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	EUR2020-112164	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	CNS2023-144990	スペイン

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Buttressing ligand-binding pockets in de novo designed NTF2-like domains.
著者: Nadal, M. / Albi-Puig, J. / Castellvi, A. / Garcia-Franco, P.M. / Vega, S. / Velazquez-Campoy, A. / Marcos, E.

履歴

登録	2025年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r0t.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r0t.ent.gz	139.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r0t_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r0t_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	9r0t_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	9r0t_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/9r0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/9r0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qzdC 9r00C 9r0zC 9r17C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NTF0-DIM1_CAV3

B: NTF0-DIM1_CAV3

C: NTF0-DIM1_CAV3

D: NTF0-DIM1_CAV3

ヘテロ分子

50.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NTF0-DIM1_CAV3

B: NTF0-DIM1_CAV3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NTF0-DIM1_CAV3

D: NTF0-DIM1_CAV3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.680, 39.262, 95.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.61, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	NTF0-DIM1_CAV3 分子量: 12550.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 23 % peg 3350 0.05M Zinc Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→81.98 Å / Num. obs: 38057 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 2444 / CC_1/2: 0.825

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→71.36 Å / SU B: 6.76 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23876	1835	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20151	-	-	-
obs	0.2033	36217	99.83 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→71.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3227	0	7	97	3331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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