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- PDB-9qzd: de novo NTF2-like protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qzd
タイトルde novo NTF2-like protein
要素dNTH0-H1
キーワードDE NOVO PROTEIN / NTF2
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nadal, M. / Marcos, E. / Castellvi, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish National Research Council スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Buttressing ligand-binding pockets in de novo designed NTF2-like domains.
著者: Nadal, M. / Albi-Puig, J. / Castellvi, A. / Garcia-Franco, P.M. / Vega, S. / Velazquez-Campoy, A. / Marcos, E.
履歴
登録2025年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dNTH0-H1
B: dNTH0-H1
C: dNTH0-H1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3423
ポリマ－43,3423
非ポリマー00
水362
1
A: dNTH0-H1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4471
ポリマ－14,4471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: dNTH0-H1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4471
ポリマ－14,4471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: dNTH0-H1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4471
ポリマ－14,4471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.829, 62.021, 80.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 dNTH0-H1


分子量: 14447.486 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→78.54 Å / Num. obs: 12468 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rmerge(I) obs: 1.524 / Num. unique obs: 1023 / CC1/2: 0.664

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→78.54 Å / SU B: 36.586 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.306 / ESU R Free: 0.312 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25607 631 4.8 %RANDOM
Rwork0.22281 ---
obs0.2245 12468 93.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å2-3.72 Å2
2--7.98 Å20 Å2
3----7.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→78.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 0 2 2982

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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