PDB-9qxy: SSX structure of Thaumatin grown in microfluidic droplets

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qxy

タイトル

SSX structure of Thaumatin grown in microfluidic droplets

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / Taste-modifying protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Stubbs, J. / Tews, I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SSX structure of Thaumatin grown in microfluidic droplets
著者: Stubbs, J. / Tews, I.

履歴

登録	2025年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qxy.cif.gz	117.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qxy.ent.gz	73.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/9qxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/9qxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.97, 58.97, 152.75
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22155.980 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-206 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 % / 解説: Bipyramidal
結晶化	温度: 294 K / 手法: microfluidic / pH: 6.5 詳細: Crystals were grown in a droplet microfluidic device 50 x 40 micron (w x h) with a QX200 oil flow rate of 22.5 uL/min, a crystallisation condition flow rate of 6 uL/min and a thaumatin flow ...詳細: Crystals were grown in a droplet microfluidic device 50 x 40 micron (w x h) with a QX200 oil flow rate of 22.5 uL/min, a crystallisation condition flow rate of 6 uL/min and a thaumatin flow rate of 1.5 uL/min resulting in 81 pL droplets. Thaumatin from Thaumatococcus danielii (T7639, Sigma-Aldrich) was dissolved in milliQ water to a final concentration of 50 mg/mL The crystallisation condition was 40% (w/v) sodium potassium tartrate, 0.1 M bis-Tris propane pH 6.5.

結晶

マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.02 % / 解説: Bipyramidal

結晶化

温度: 294 K / 手法: microfluidic / pH: 6.5
詳細: Crystals were grown in a droplet microfluidic device 50 x 40 micron (w x h) with a QX200 oil flow rate of 22.5 uL/min, a crystallisation condition flow rate of 6 uL/min and a thaumatin flow ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月9日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→58.97 Å / Num. obs: 36626 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 224.12 % / B_iso Wilson estimate: 20.93 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / R split: 0.095 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 94.16 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1791 / CC_1/2: 0.314 / CC star: 0.691 / R split: 2.024 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	解説: SOS Chip / 手法: fixed target
Serial crystallography data reduction	Crystal hits: 17659 / Frames indexed: 19053

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→55.073 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 5.155 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1758	1860	5.091 %
R_work	0.1457	34678	-
all	0.147	-	-
obs	-	36538	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.453 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.105 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.105 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→55.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1546	0	10	100	1656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	1.799	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.612	1.753	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.979	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.297	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.35	10	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.867	10	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.808	2.58	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.752	2.578	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.714	4.66	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.735	4.661	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.155	3.058	811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.155	3.059	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.213	5.401	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.214	5.401	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.626	28.045	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.619	27.21	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.709	3	3160

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.6-1.642	0.375	149	0.391	2503	0.39	2652	0.907	0.914	0.391
1.642-1.686	0.36	120	0.352	2460	0.352	2580	0.947	0.939	0.352
1.686-1.735	0.372	137	0.322	2377	0.325	2514	0.953	0.956	0.315
1.735-1.789	0.347	113	0.291	2317	0.294	2430	0.944	0.971	0.278
1.789-1.847	0.227	139	0.26	2230	0.258	2369	0.971	0.977	0.241
1.847-1.912	0.3	106	0.206	2198	0.21	2304	0.969	0.983	0.181
1.912-1.984	0.189	116	0.163	2096	0.164	2212	0.976	0.988	0.137
1.984-2.065	0.199	91	0.134	2034	0.136	2125	0.981	0.992	0.11
2.065-2.157	0.166	110	0.121	1952	0.124	2062	0.985	0.994	0.102
2.157-2.262	0.154	108	0.131	1875	0.132	1983	0.988	0.993	0.113
2.262-2.384	0.178	110	0.129	1786	0.132	1896	0.982	0.993	0.115
2.384-2.528	0.145	78	0.125	1693	0.125	1771	0.989	0.993	0.11
2.528-2.702	0.198	88	0.14	1606	0.143	1694	0.972	0.99	0.124
2.702-2.918	0.169	75	0.137	1502	0.138	1577	0.988	0.989	0.125
2.918-3.196	0.157	65	0.12	1400	0.122	1465	0.989	0.992	0.115
3.196-3.572	0.132	71	0.116	1266	0.117	1337	0.988	0.993	0.116
3.572-4.121	0.117	66	0.093	1136	0.095	1202	0.993	0.995	0.101
4.121-5.041	0.127	55	0.09	974	0.092	1029	0.991	0.997	0.1
5.041-7.099	0.146	40	0.146	782	0.146	822	0.989	0.992	0.16
7.099-55.073	0.172	23	0.183	491	0.182	514	0.985	0.977	0.204

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関連情報:EMDBヘッダ

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