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万見
- PDB-9qwp: Structure of the human RalGAP2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qwp
タイトルStructure of the human RalGAP2 complex
要素
  • Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2
  • Ral GTPase-activating protein subunit beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / GTPase activating protein / RAL / Asn thumb GAP / RalGAP
機能・相同性
機能・相同性情報


Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / GTPase activator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of protein localization / protein heterodimerization activity / extracellular space / nucleus ...Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / GTPase activator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of protein localization / protein heterodimerization activity / extracellular space / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ral GTPase-activating protein subunit beta / Ral GTPase-activating protein subunit alpha/beta, N-terminal domain / RALGAPB N-terminal domain / Tuberin/Ral GTPase-activating protein subunit alpha / Rap/Ran-GAP domain / Rap/Ran-GAP superfamily / Rap/ran-GAP / Rap GTPase activating proteins domain profile. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2 / Ral GTPase-activating protein subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Rasche, R. / Klink, B.U. / Gatsogiannis, C. / Kuemmel, D.
資金援助 ドイツ, 6件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KU2531/2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)KU2531/6 ドイツ
German Research Foundation (DFG)496113311 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC 1348 A15 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1430 A04 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 211/667-1 ドイツ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: The GTPase κB-Ras is an essential subunit of the RalGAP tumor suppressor complex.
著者: René Rasche / Lisa Helene Apken / Sonja Titze / Esther Michalke / Rohit Kumar Singh / Andrea Oeckinghaus / Daniel Kümmel /
要旨: κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with non-canonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase activating protein) complex, they limit ...κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with non-canonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase activating protein) complex, they limit activity of Ral GTPases and restrict anchorage-independent proliferation. We here present the crystal structure of κB-Ras1 in complex with the N-terminal domain of RGα2. The structure suggests a mechanism of intrinsic GTP hydrolysis of κB-Ras1 that relies on a scaffolding function of the GTPase rather than on catalytic residues, which we confirm by mutational analysis. The interaction with RGα2 is nucleotide-independent and does not involve κB-Ras1 switch regions, which establishes κB-Ras proteins as a constitutive third subunit of RalGAP complexes. Functional studies demonstrate that κB-Ras proteins are not required for RalGAP catalytic activity in vitro, but for functionality in vivo. We propose that κB-Ras may thus act as regulator of RalGAP localization and thereby control the Ras/Ral signaling pathway.
履歴
登録2025年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2
B: Ral GTPase-activating protein subunit beta
C: Ral GTPase-activating protein subunit beta
D: Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)769,6864
ポリマ－769,6864
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Ral GTPase-activating protein subunit alpha-2 / 250 kDa substrate of Akt / AS250 / p220


分子量: 214046.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal 3xFLAG tag MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKLAAA / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALGAPA2, C20orf74, KIAA1272 / プラスミド: pCMV7.1_3xflag_p220 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2PPJ7
#2: タンパク質 Ral GTPase-activating protein subunit beta / p170


分子量: 170796.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal 3xHA tag MYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAGSYPYDVPDYAGS
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALGAPB, KIAA1219 / プラスミド: pKH3-HA_p170 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86X10
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Homodimer of two RalGAPa2-RalGAPb heterodimersCOMPLEXCo-expression of RalGAP subunit alpha2 and betaall0RECOMBINANT
2RalGAP subunit alpha2COMPLEX#11RECOMBINANT
3RalGAP subunit betaCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.79 MDaYES
210.22 MDaNO
310.17 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
11Homo sapiens (ヒト)9606Expi293F
22Homo sapiens (ヒト)9606Expi293FpCMV7.1-3xFLAG_p220
33Homo sapiens (ヒト)9606Expi293FpKH3-HA_p170
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mmol/lHEPES (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)C8H18N2O4S1
2150 mmol/lsodium chlorideNaCl1
32 mmol/lmagnesium chlorideMgCl21
41 mmol/lTCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine)C9H15O6P1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Co-expression of RalGAP alpha2 and beta Monodisperse sample from size exclusion chromatography
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K / 詳細: double blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 215000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 64606
詳細: Images were collected in EER mode with 793-819 fractions were generated for motion correction. Micrographs were collected at 0, 10 and 30 degree tilt, in 5 subsets of data.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.8.3粒子像選択Cryolo was used to automatically pick particles using multiple rounds of optimization of the training model.
2EPU3.2.0.4776画像取得EPU was used to automatically collect raw movies in EER format
4RELION5CTF補正
7UCSF ChimeraX1.7.dev2023モデルフィッティング
9RELION5初期オイラー角割当
10RELION5最終オイラー角割当
11RELION5分類
12RELION5３次元再構成
13PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
14Coot0.9.8.95モデル精密化
15ISOLDE1.7モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5519589
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 420975 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 129.72 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: cross correlation
詳細: A model of the RGalpha2/RGbeta complex was calculated using AlphaFold2 running on a local high performance computing cluster (PALMA II), docked into map from 3D reconstruction with ChimeraX ...詳細: A model of the RGalpha2/RGbeta complex was calculated using AlphaFold2 running on a local high performance computing cluster (PALMA II), docked into map from 3D reconstruction with ChimeraX and energy optimized with ISOLDE. In an iterative process, the model was optimized using real space refinement in Phenix Refine against the full density map, and manual model building with Coot using the full density map as well as the resampled multi body refinement maps.
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 129.72 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002327621
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.462537523
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03824308
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00374776
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.42393625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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