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- PDB-9qu1: Crystal structure of the human RalGAPA2 N-terminal domain with hu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9qu1 | ||||||
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Title | Crystal structure of the human RalGAPA2 N-terminal domain with human kappaB-Ras1 | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / RAL / GTPase / RalGAP / kB-Ras | ||||||
Function / homology | ![]() Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / surfactant homeostasis / GTPase activating protein binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lung alveolus development / TRAF6 mediated NF-kB activation ...Ral protein signal transduction / regulation of exocyst localization / activation of GTPase activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / surfactant homeostasis / GTPase activating protein binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lung alveolus development / TRAF6 mediated NF-kB activation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / GTPase activator activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / regulation of protein localization / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rasche, R. / Kuemmel, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The GTPase κB-Ras is an essential subunit of the RalGAP tumor suppressor complex. Authors: René Rasche / Lisa Helene Apken / Sonja Titze / Esther Michalke / Rohit Kumar Singh / Andrea Oeckinghaus / Daniel Kümmel / ![]() ![]() Abstract: κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with noncanonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase-activating protein) complex, they limit ...κB-Ras1 and κB-Ras2 are small GTPases with noncanonical features that act as tumor suppressors downstream of Ras. Via interaction with the RalGAP (GTPase-activating protein) complex, they limit activity of Ral GTPases and restrict anchorage-independent proliferation. We here present the crystal structure of κB-Ras1 in complex with the N-terminal domain of RGα2. The structure suggests a mechanism of intrinsic GTP hydrolysis of κB-Ras1 that relies on a scaffolding function of the GTPase rather than on catalytic residues, which we confirm by mutational analysis. The interaction with RGα2 is nucleotide independent and does not involve κB-Ras1 switch regions, which establishes κB-Ras proteins as a constitutive third subunit of RalGAP complexes. Functional studies demonstrate that κB-Ras proteins are not required for RalGAP catalytic activity in vitro but for functionality in vivo. We propose that κB-Ras may thus act as a regulator of RalGAP localization and thereby control the Ras-Ral signaling pathway. | ||||||
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 404 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29617.447 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal His_Sumo tag MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMSDSEVN QEAKPEVKPE VKPETHINLK VSDGSSEIFFKIKKTTPLRR LMEAFAKRQG KEMDSLRFLY DGIRIQADQT PEDLDMEDND IIEAHREQIGGS RalGAP alpha2 amino acids 2-255 Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q2PPJ7 #2: Protein | Mass: 20121.062 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: kappaB-Ras1 amino acids 1-175 expressed with N-terminal GST tag with Prescission cleavage site. Tag was cleaved Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9NYS0 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.7 % / Description: elongated rod shaped crystal |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 17 % PEG 3350 20 % glycerol 0.1 M MgCl2 1 ul protei + 1 ul screening buffer + 1 ul seed seed (1:200) Temp details: +/- 2 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 28, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.68879 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.716→104.138 Å / Num. obs: 21842 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 5.56 % / Biso Wilson estimate: 65.48 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.716→2.959 Å / Redundancy: 4.56 % / Rmerge(I) obs: 1.202 / Num. unique obs: 1093 / CC1/2: 0.508 / CC star: 0.82 / Rpim(I) all: 0.632 / Rrim(I) all: 1.363 / % possible all: 57.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.72→63.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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