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- PDB-9qv9: apPol-DNA-nucleotide complex (ternary 3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qv9
タイトルapPol-DNA-nucleotide complex (ternary 3)
要素
  • DNA primer strand
  • DNA template strand
  • Plastid replication-repair enzyme
キーワードREPLICATION / DNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Plastid replication-repair enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
DNA molecule (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Lahiri, I. / Kumari, A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Other governmentIA/I/20/1/504905
Royal SocietyR179278 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural basis of multitasking by the apicoplast DNA polymerase from Plasmodium falciparum.
著者: Anamika Kumari / Theodora Enache / Timothy D Craggs / Janice D Pata / Indrajit Lahiri /
要旨: Plasmodium falciparum is a eukaryotic pathogen responsible for the majority of malaria-related fatalities. Plasmodium belongs to the phylum Apicomplexa and, like most members of this phylum, contains ...Plasmodium falciparum is a eukaryotic pathogen responsible for the majority of malaria-related fatalities. Plasmodium belongs to the phylum Apicomplexa and, like most members of this phylum, contains a non-photosynthetic plastid called the apicoplast. The apicoplast has its own genome, replicated by a dedicated replisome. Unlike other cellular replisomes, the apicoplast replisome uses a single DNA polymerase (apPol). This suggests that apPol can multitask and catalyse both replicative and lesion bypass synthesis. Replicative synthesis relies on a restrictive active site for high accuracy while lesion bypass typically requires an open active site. This raises the question: how does apPol combine the structural features of multiple DNA polymerases in a single protein? Using single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM), we have solved the structures of apPol bound to its undamaged DNA and nucleotide substrates in five pre-chemistry conformational states. We found that apPol can accommodate a nascent base pair with the fingers in an open configuration, which might facilitate the lesion bypass activity. In the fingers-open state, we identified a nascent base pair checkpoint that preferentially selects Watson-Crick base pairs, an essential requirement for replicative synthesis. Taken together, these structural features might explain how apPol balances replicative and lesion bypass synthesis.
履歴
登録2025年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastid replication-repair enzyme
B: DNA primer strand
C: DNA template strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7595
ポリマ－95,2123
非ポリマー5472
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Plastid replication-repair enzyme


分子量: 76473.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFMALIP_04965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024WKD7
#2: DNA鎖 DNA primer strand


分子量: 7714.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖 DNA template strand


分子量: 11023.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of apicoplast DNA polymerase, DNA and dGTP with Ca2+
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.095 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
実像数: 11944
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU3.9.1画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC4.5.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.5.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
20PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1993221
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92787 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 5DKT

5dkt


Accession code: 5DKT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056188
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6978512
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.0261060
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046955
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004940

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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