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- PDB-9qud: Cu(II)-bound de novo protein scaffold TFD-EH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qud
タイトルCu(II)-bound de novo protein scaffold TFD-EH
要素TFD-EH
キーワードDE NOVO PROTEIN / TIM barrel / Enzyme Engineering / Metal Coordination / Conformational Dynamics
機能・相同性COPPER (II) ION / IMIDAZOLE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wagner Egea, P. / Delhommel, F. / Mustafa, G. / Leiss-Maier, F. / Klimper, L. / Badmann, T. / Heider, A. / Wille, I.C. / Groll, M. / Sattler, M. / Zeymer, C.
資金援助 ドイツ, European Union, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1035 ドイツ
German Research Foundation (DFG)201302640 ドイツ
European Research Council (ERC)101039592European Union
German Research Foundation (DFG)453748800 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Modular protein scaffold architecture and AI-guided sequence optimization facilitate de novo metalloenzyme engineering.
著者: Wagner Egea, P. / Delhommel, F. / Mustafa, G. / Leiss-Maier, F. / Klimper, L. / Badmann, T. / Heider, A. / Wille, I. / Groll, M. / Sattler, M. / Zeymer, C.
履歴
登録2025年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TFD-EH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,51710
ポリマ－18,9161
非ポリマー6019
水1,38777
1
A: TFD-EH
ヘテロ分子

A: TFD-EH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,03320
ポリマ－37,8322
非ポリマー1,20118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area6750 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.830, 76.830, 70.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TFD-EH


分子量: 18915.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-M11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50 mM Imidazole, 12% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 17755 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2440 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 7.741 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21773 887 5 %RANDOM
Rwork0.16626 ---
obs0.16892 16856 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0.35 Å2-0 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---2.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 35 77 1423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0131353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1151.6311801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1251.5913226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48722.87966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55115268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7451510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4374.587679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.414.581678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1786.881847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1786.889848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6875.247674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6865.248675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6827.581955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.67255.2261417
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.62955.0261406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.77332757
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 65 -
Rwork0.268 1234 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.1775 Å / Origin y: 30.4085 Å / Origin z: 5.1102 Å
111213212223313233
T0.001 Å2-0.0009 Å2-0.0004 Å2-0.0033 Å20.0012 Å2--0.0029 Å2
L0.054 °20.0005 °2-0.0079 °2-0.0836 °20.0065 °2--0.0476 °2
S0.0002 Å °0.0091 Å °-0.0006 Å °-0.0042 Å °0.0033 Å °0.0107 Å °-0.0013 Å °-0.0049 Å °-0.0035 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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