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- PDB-9qub: Cryo-EM structure of the human NHA2-Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qub
タイトルCryo-EM structure of the human NHA2-Fab complex
要素
  • Fab-heavy chain
  • Fab-light chain
  • Sodium/hydrogen exchanger 9B2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Na+/H+ exchanger
機能・相同性
機能・相同性情報


lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / flagellated sperm motility / : / sodium ion transport ...lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / flagellated sperm motility / : / sodium ion transport / recycling endosome / Stimuli-sensing channels / mitochondrial membrane / recycling endosome membrane / synaptic vesicle membrane / sperm principal piece / monoatomic ion transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LPP / Sodium/hydrogen exchanger 9B2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jung, S. / Drew, D.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)820187European Union
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: Structure and Inhibition of the Human Na/H Exchanger SLC9B2.
著者: Sukkyeong Jung / Surabhi Kokane / Hang Li / So Iwata / Norimichi Nomura / David Drew /
要旨: The sodium/proton exchanger NHA2, also known as SLC9B2, is important for insulin secretion, renal blood pressure regulation, and electrolyte retention. Recent structures of bison NHA2 has revealed ...The sodium/proton exchanger NHA2, also known as SLC9B2, is important for insulin secretion, renal blood pressure regulation, and electrolyte retention. Recent structures of bison NHA2 has revealed its unique 14-transmembrane helix architecture, which is different from SLC9A/NHE members made up from 13-TM helices. Sodium/proton exchangers are functional homodimers, and the additional N-terminal helix in NHA2 was found to alter homodimer assembly. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of apo human NHA2 in complex with a Fab fragment and also with the inhibitor phloretin bound at 2.8 and 2.9 Å resolution, respectively. We show how phosphatidic acid (PA) lipids bind to the homodimer interface of NHA2 on the extracellular side, which we propose has a regulatory role linked to cell volume regulation. The ion binding site of human NHA2 has a salt bridge interaction between the ion binding aspartate D278 and R432, an interaction previously broken in the bison NHA2 structure, and these differences suggest a possible ion coupling mechanism. Lastly, the human NHA2 structure in complex with phloretin offers a template for structure-guided drug design, potentially leading to the development of more selective and potent NHA2 inhibitors.
履歴
登録2025年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Fab-light chain
E: Fab-light chain
D: Fab-heavy chain
F: Fab-heavy chain
B: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
A: Sodium/hydrogen exchanger 9B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,4668
ポリマ－218,1696
非ポリマー1,2982
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 Fab-light chain


分子量: 23715.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab-heavy chain


分子量: 27757.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Sodium/hydrogen exchanger 9B2 / Na(+)/H(+) exchanger NHA2 / Na(+)/H(+) exchanger-like domain-containing protein 2 / NHE domain- ...Na(+)/H(+) exchanger NHA2 / Na(+)/H(+) exchanger-like domain-containing protein 2 / NHE domain-containing protein 2 / Sodium/hydrogen exchanger-like domain-containing protein 2 / Solute carrier family 9 subfamily B member 2


分子量: 57611.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9B2, NHA2, NHEDC2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q86UD5
#4: 化合物 ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT


分子量: 648.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of human NHA2 with Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 62.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 332205 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00413167
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54517895
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.5781836
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392108
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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