PDB-9qu3: Cryo-EM structure of the human choline transporter-like protein h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qu3

タイトル

Cryo-EM structure of the human choline transporter-like protein hCTL1 in LMNG

要素

Choline transporter-like protein 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SLC44

機能・相同性

Htaa / Htaa / metal ion binding / Hypothetical membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Driller, J.H. / Nel, L. / Pedersen, B.P.

資金援助

デンマーク, European Union, 4件

組織	認可番号	国
Lundbeckfonden	R380-2021-1207	デンマーク
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission	890822	European Union
Danish National Research Foundation	0135-00032B	デンマーク
The Carlsberg Foundation	CF19-0127	デンマーク

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comparative and structural analysis of choline transport between eukaryotic choline transport protein families FLVCR and CTL
著者: Nel, L. / Driller, J.H. / Driller, R. / Frain, K.M. / Pedersen, B.P.

履歴

登録	2025年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qu3.cif.gz	185 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qu3.ent.gz	117.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qu3_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qu3_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9qu3_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	9qu3_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/9qu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/9qu3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50252M 53371C 9qu4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Choline transporter-like protein 1

73.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Choline transporter-like protein 1 / CDw92 / Solute carrier family 44 member 1 分子量: 73893.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC44A1, CD92, CDW92, CTL1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WWI5
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Choline transporter-like protein 1 in LMNG detergent タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115320 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.08 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0021	2960
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4335	4021
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0319	488
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.0039	468
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.8733	385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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