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- PDB-9qrm: X-ray structure of Kp32gp38 in complex with K21 pyr5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qrm
タイトルX-ray structure of Kp32gp38 in complex with K21 pyr5
要素Depolymerase 2, capsule K21-specific
キーワードVIRAL PROTEIN / Klebsiella pneumoniae / phage depolymerase / protein structure / CPS degradation / immune response induction
機能・相同性symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Depolymerase 2, capsule K21-specific
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Napolitano, V. / Squeglia, F. / Privitera, M. / Berisio, R.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
NextGenerationEU-MUR PNRR Extended Partnership initiative on Emerging Infectious Diseases (INF-ACT)0001554 イタリア
引用ジャーナル: Int J Antimicrob Agents / 年: 2025
タイトル: Structural and functional features of Klebsiella pneumoniae capsular degradation by the phage depolymerase KP32gp38: Implications for vaccination against K. pneumoniae.
著者: Napolitano, V. / Privitera, M. / Drulis-Kawa, Z. / Marasco, D. / Fallarini, S. / Berisio, R. / Squeglia, F.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Depolymerase 2, capsule K21-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9445
ポリマ－62,7551
非ポリマー1,1894
水9,170509
1
B: Depolymerase 2, capsule K21-specific
ヘテロ分子

B: Depolymerase 2, capsule K21-specific
ヘテロ分子

B: Depolymerase 2, capsule K21-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,83115
ポリマ－188,2643
非ポリマー3,56712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
point symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area25540 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area51730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.492, 70.492, 205.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1009-

HOH

21B-1037-

HOH

31B-1110-

HOH

41B-1173-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Depolymerase 2, capsule K21-specific / Gene product 38 / gp38 / KP32gp38 / Probable tail spike protein


分子量: 62754.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: 38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1L2X1
#2: 多糖 (2~{S},4~{a}~{S},6~{R},7~{S},8~{R},8~{a}~{R})-2-methyl-6,7,8-tris(oxidanyl)-4,4~{a},6,7,8,8~{a}- ...(2~{S},4~{a}~{S},6~{R},7~{S},8~{R},8~{a}~{R})-2-methyl-6,7,8-tris(oxidanyl)-4,4~{a},6,7,8,8~{a}-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxine-2-carboxylic acid-(4-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 898.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.03 M citric acid, 0.045 M BIS-TRIS propane (pH 6.4), 15% (wt/vol) polyethylene glycol 3350, and 25% (vol/vol) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→60 Å / Num. obs: 53382 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 2693 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→14.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.115 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 2751 5.2 %RANDOM
Rwork0.18824 ---
obs0.19074 50657 95.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0.17 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→14.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4178 0 80 509 4767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0124512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.7926152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2655595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.711528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24210706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3971.6342341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1162.9222949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6451.7622171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined621.387401
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 221 -
Rwork0.254 3784 -
obs--99.65 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.0502 Å / Origin y: -26.5292 Å / Origin z: 48.3671 Å
111213212223313233
T0.2815 Å2-0 Å20.0224 Å2-0.2582 Å2-0.0975 Å2--0.0386 Å2
L0.6046 °2-0.0054 °2-0.1895 °2-0.4763 °2-0.0056 °2--1.2263 °2
S0.0157 Å °-0.3796 Å °0.1457 Å °0.3532 Å °-0.0093 Å °0.0306 Å °-0.1589 Å °-0.0319 Å °-0.0065 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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