PDB-9qrj: Protein Kinase CK2 and bivalent inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qrj

タイトル

Protein Kinase CK2 and bivalent inhibitors

要素

Casein kinase II subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Protein kinase inhibitor bivalent aD pocket

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Krimm, I. / Gelin, M. / Guichou, J.F. / Grenier, D.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Picomolar bivalent inhibitors of protein kinase CK2 active against beta-coronavirus replication.
著者: Grenier, D. / Lopez Molina, D.S. / Gelin, M. / Mularoni, A. / Guichou, J.F. / Delcros, J.G. / Martinasso, C. / Yang, Y. / Ahnou, N. / Pawlotsky, J.M. / Ahmed-Belkacem, A. / Krimm, I.

履歴

登録	2025年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qrj.cif.gz	290.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qrj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qrj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qrj_validation.pdf.gz	903.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qrj_full_validation.pdf.gz	912.6 KB	表示
XML形式データ	9qrj_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	9qrj_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/9qrj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/9qrj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qrhC 9qriC 9qsrC 9qssC 9qsuC 9qsvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Casein kinase II subunit alpha

B: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

87.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.520, 126.520, 126.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha 分子量: 42799.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-A1I9O / 5-[6-[(3-chloranyl-4-phenyl-phenyl)methylamino]hexylamino]benzo[c][2,6]naphthyridine-8-carboxylic acid 分子量: 539.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₁ClN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 33 % polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→89.54 Å / Num. obs: 52311 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.73→2.86 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 1.933 / Num. measured all: 46619 / Num. unique obs: 3624 / CC_1/2: 0.536 / R_pim(I) all: 0.555 / R_rim(I) all: 2.012 / Χ²: 0.69 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.73→73.09 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	2607	4.98 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.2053	52311	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→73.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5490	0	113	12	5615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.043	7792
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.639	770
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	805
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.73-2.78	0.3652	73	0.3587	2606	X-RAY DIFFRACTION	96
2.78-2.83	0.3711	191	0.3486	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.89	0.3596	159	0.3378	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.95	0.4008	115	0.3393	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.02	0.4409	151	0.3419	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.09	0.3679	123	0.2908	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.18	0.2564	91	0.2688	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.27	0.2814	160	0.2458	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.38	0.2774	130	0.2449	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.5	0.2914	218	0.2178	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.64	0.2668	150	0.2293	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.8	0.2218	139	0.1949	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4	0.2486	205	0.1771	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.25	0.2026	166	0.1739	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.58	0.2787	99	0.1548	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.04	0.1769	106	0.1541	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
5.04-5.77	0.3224	71	0.1682	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
5.77-7.26	0.2368	172	0.1997	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
7.28-73.09	0.1857	88	0.1795	2664	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4439	0.2848	0.1139	1.215	0.253	2.6288	0.0461	-0.0629	-0.0746	0.2831	-0.0864	0.1041	0.2929	-0.3359	0.0465	0.7338	-0.0198	0.0762	0.6669	-0.019	0.5877	-2.899	-48.6105	14.5265
2	3.6649	2.6238	-1.1809	1.8995	-0.6772	1.1678	-0.8071	1.2709	0.601	-0.6104	0.6189	0.0515	0.2823	-0.6632	0.1762	0.9577	-0.0689	-0.0394	1.0392	0.1398	0.6647	-4.2206	-38.3127	-0.9815
3	2.1989	0.3547	-0.318	2.3218	0.2426	2.177	-0.1641	0.2513	0.0645	-0.0153	0.2071	-0.1266	-0.0287	0.2239	-0.0542	0.5696	-0.0654	-0.0364	0.5929	-0.0171	0.5235	16.341	-37.6604	4.3822
4	1.1479	0.6106	0.3818	2.2699	0.3313	2.499	0.0526	0.1211	0.0397	-0.0056	-0.0823	-0.1607	-0.2943	0.0675	-0.0221	0.5795	0.001	-0.0332	0.6257	-0.0244	0.6517	48.8826	4.0244	-17.4497
5	1.77	2.0118	-1.0085	2.2626	-1.1725	1.4606	0.0645	-0.9604	0.2512	0.8771	-0.3608	0.3755	0.2669	0.1603	0.4929	1.1437	-0.1208	0.0951	0.9978	-0.043	0.708	39.4246	4.7084	-0.5935
6	1.8146	0.2815	-0.3489	2.6718	-0.7057	2.3495	0.1293	-0.2161	-0.2052	0.463	-0.148	-0.0899	0.0709	0.0702	-0.0058	0.6056	-0.1018	-0.0466	0.6187	-0.0228	0.6251	38.5704	-15.115	-6.5806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 332 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 109 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 130 through 332 )

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