PDB-9qrh: Protein Kinase CK2 and bivalent inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qrh

タイトル

Protein Kinase CK2 and bivalent inhibitors

要素

Casein kinase II subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Protein kinase inhibitor bivalent aD pocket

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Krimm, I. / Gelin, M. / Guichou, J.F. / Grenier, D.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Picomolar bivalent inhibitors of protein kinase CK2 active against beta-coronavirus replication.
著者: Grenier, D. / Lopez Molina, D.S. / Gelin, M. / Mularoni, A. / Guichou, J.F. / Delcros, J.G. / Martinasso, C. / Yang, Y. / Ahnou, N. / Pawlotsky, J.M. / Ahmed-Belkacem, A. / Krimm, I.

履歴

登録	2025年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qrh.cif.gz	289.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qrh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qrh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qrh_validation.pdf.gz	895.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qrh_full_validation.pdf.gz	906.3 KB	表示
XML形式データ	9qrh_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	9qrh_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/9qrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/9qrh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qriC 9qrjC 9qsrC 9qssC 9qsuC 9qsvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Casein kinase II subunit alpha

B: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

87.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Casein kinase II subunit alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.669, 127.669, 124.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha 分子量: 42799.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1I9M / 5-[[(3~{E})-3-[4-[2-(3,4-dichlorophenyl)ethylamino]-4-oxidanylidene-butanoyl]iminopropyl]amino]benzo[c][2,6]naphthyridine-8-carboxylic acid 分子量: 566.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₅Cl₂N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 33 % polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES pH 6.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→45.14 Å / Num. obs: 61057 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.59→2.68 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 2.168 / Num. measured all: 37011 / Num. unique obs: 3130 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 0.656 / R_rim(I) all: 2.266 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→45.14 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	3013	4.93 %
R_work	0.1932	-	-
obs	0.1954	61057	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→45.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5466	0	123	20	5609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5732
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	7772
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.304	767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.63	0.6093	179	0.5466	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.67	0.5304	141	0.4706	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.72	0.4028	130	0.3947	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.77	0.4176	124	0.3492	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.82	0.3573	149	0.3072	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.88	0.2927	124	0.2879	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.94	0.3444	95	0.2686	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.01	0.3013	96	0.264	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.09	0.3196	184	0.2856	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.17	0.3643	170	0.2856	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.26	0.3431	109	0.2562	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.37	0.2544	109	0.2114	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.49	0.2216	114	0.2036	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.63	0.2299	146	0.1927	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.79	0.239	151	0.1865	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-3.99	0.2366	146	0.1752	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.24	0.1971	192	0.1538	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.57	0.205	112	0.1444	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-5.03	0.198	151	0.1452	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-5.76	0.1743	155	0.1547	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
5.76-7.25	0.2452	133	0.1775	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
7.25-45.14	0.1707	103	0.1519	2647	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7033	0.1276	-0.1614	1.6901	0.2425	1.6795	-0.1402	0.0065	-0.2873	0.2806	0.0083	0.0961	0.1547	-0.2453	0.0889	0.6259	-0.0434	-0.0357	0.4486	-0.0064	0.5207	-3.6759	-49.0528	17.2637
2	4.0421	3.6301	-0.6087	3.2511	-0.5549	0.1001	-0.8241	1.3792	0.267	-1.1764	0.8705	0.0932	-0.0179	-0.2314	0.1593	0.9991	-0.2162	-0.0275	0.9765	0.0603	0.6215	-4.8991	-39.726	0.761
3	2.7199	0.1013	-0.283	1.7664	-0.5394	2.4418	-0.1459	0.3103	-0.0547	-0.2823	0.1816	-0.075	0.0686	0.0234	-0.0317	0.64	-0.1215	-0.0978	0.5153	-0.0334	0.6097	15.4287	-38.9369	6.0067
4	1.3519	0.4255	0.188	3.1335	0.9259	3.1934	0.1257	0.227	0.0647	-0.1784	-0.1341	-0.1159	-0.4225	0.3473	-0.0152	0.5648	-0.0338	-0.0316	0.6552	0.0679	0.5821	48.8136	2.3956	-15.5263
5	1.1266	2.1151	-0.3547	4.1184	-0.9602	0.66	0.8115	-0.5195	0.5036	0.8991	-0.5782	0.7109	-0.8134	0.362	0.0255	0.8409	-0.1265	0.038	0.904	-0.0591	0.7231	38.2168	3.6307	0.1222
6	2.2607	-0.2632	-0.1337	1.7117	-0.3482	2.9199	0.1956	-0.0173	-0.1266	0.1331	-0.0803	0.0766	0.1522	0.0674	-0.101	0.5396	-0.0557	-0.0535	0.5169	-0.0509	0.58	38.0366	-16.6491	-5.0622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 332 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 109 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 130 through 332 )

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