PDB-9qom: APH(2'')-IVa with a fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qom

タイトル

APH(2'')-IVa with a fragment

要素

APH(2'')-Id

キーワード

ANTIBIOTIC / inhibitor / complex / enzyme

機能・相同性

: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / nucleotide binding / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / : / APH(2'')-Id

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Guichou, J.F. / Gelin, M. / Tomaszczyk, M. / Kowalewski, J. / Lionne, C.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-19-AMRB-0001	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	(ANR-10-INBS-0004	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	(ANR-10-INBS-0005	フランス

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Fragment-based drug design of a bacterial kinase inhibitor capable of increasing the antibiotic sensitivity of clinical isolates.
著者: Kowalewski, J. / Deutscher, R. / Richardoz, M. / Tomaszczyk, M. / Gelin, M. / Labesse, G. / Hausch, F. / Wright, G.D. / Dunyach-Remy, C. / Guichou, J.F. / Lionne, C.

履歴

登録	2025年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qom.cif.gz	260.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qom.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qom.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/9qom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/9qom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qmrC 9qn6C 9qnnC 9qnqC 9qnsC 9qnwC 9qnxC 9qnyC 9qocC 9qodC 9qoeC 9qoiC 9qokC 9qolC 9qosC 9qp9C 9qpbC 9qpdC 9qplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

B: APH(2'')-Id

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

75.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.000, 65.055, 78.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 37596.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-A1I8E / 5-iodanyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridine 分子量: 244.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅IN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG3350, 50-90 mM Ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9897 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9897 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→78.32 Å / Num. obs: 69770 / % possible obs: 92.88 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 10.08
反射シェル	解像度: 2.13→2.2 Å / Num. unique obs: 4035 / CC_1/2: 0.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→78.32 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2928	3532	5.06 %
R_work	0.2245	-	-
obs	0.2279	69770	82.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→78.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4871	0	28	74	4973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5031
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	6791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.807	647
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.16	0.4248	116	0.3994	2630	X-RAY DIFFRACTION	81
2.16-2.19	0.5223	143	0.3844	2986	X-RAY DIFFRACTION	93
2.19-2.22	0.5386	109	0.4851	2179	X-RAY DIFFRACTION	68
2.22-2.25	0.6617	32	0.5641	661	X-RAY DIFFRACTION	21
2.25-2.29	0.5279	93	0.4955	1600	X-RAY DIFFRACTION	51
2.29-2.33	0.4628	162	0.3325	2814	X-RAY DIFFRACTION	88
2.33-2.37	0.3648	188	0.3264	2910	X-RAY DIFFRACTION	91
2.37-2.42	0.3667	208	0.3155	2795	X-RAY DIFFRACTION	90
2.42-2.47	0.3793	160	0.2899	2889	X-RAY DIFFRACTION	91
2.47-2.52	0.3385	128	0.2991	2607	X-RAY DIFFRACTION	81
2.52-2.58	0.4386	94	0.3304	1988	X-RAY DIFFRACTION	62
2.58-2.65	0.4045	90	0.3818	1872	X-RAY DIFFRACTION	59
2.65-2.72	0.4333	163	0.2988	2820	X-RAY DIFFRACTION	86
2.72-2.8	0.3565	172	0.2919	2972	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8-2.89	0.393	162	0.2809	3025	X-RAY DIFFRACTION	95
2.89-2.99	0.3136	228	0.2434	3048	X-RAY DIFFRACTION	96
2.99-3.11	0.3357	142	0.2322	3036	X-RAY DIFFRACTION	96
3.11-3.25	0.3033	156	0.2324	3094	X-RAY DIFFRACTION	95
3.25-3.42	0.2936	201	0.2282	2980	X-RAY DIFFRACTION	95
3.42-3.64	0.2728	133	0.212	2856	X-RAY DIFFRACTION	89
3.64-3.92	0.3334	109	0.2343	2208	X-RAY DIFFRACTION	69
3.92-4.31	0.2252	99	0.1658	3078	X-RAY DIFFRACTION	94
4.31-4.94	0.168	137	0.1357	3053	X-RAY DIFFRACTION	95
4.94-6.22	0.1994	137	0.1556	3083	X-RAY DIFFRACTION	96
6.22-10	0.164	170	0.1393	3054	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0903	0.0238	1.9837	3.8068	0.0806	2.7082	0.0554	-0.157	0.0594	0.1713	-0.2163	-0.4294	-0.0837	0.0532	0.1338	0.268	-0.0072	0.0012	0.3503	0.0523	0.3516	51.2532	17.6847	43.0959
2	2.4342	0.4948	1.0742	2.6613	0.277	1.0734	0.1177	0.1059	0.0005	-0.2059	-0.1787	-0.0216	0.2347	0.0903	0.0711	0.3335	0.0723	0.0721	0.2997	-0.0136	0.2144	39.9358	12.7858	30.5756
3	1.6509	-0.5538	-0.425	0.424	0.6153	1.0444	-0.2773	-0.5568	-0.643	0.097	-0.2255	0.6371	0.8849	-0.0016	0.2262	0.9955	0.1128	0.3064	0.4937	0.0446	0.5015	20.7283	11.7779	55.6162
4	1.2985	-1.4792	-0.8711	1.7138	1.0999	1.0631	-0.0646	0.0047	-0.8246	0.4402	-0.4956	1.0829	0.9871	-0.541	0.6473	0.7813	-0.1103	0.4056	0.5895	-0.0831	0.9045	11.7796	11.4775	51.4367
5	2.7522	0.7245	-0.5952	4.5615	-1.1551	1.6599	0.023	0.148	0.1979	-0.1485	-0.0663	0.4987	0.0343	-0.0038	0.0361	0.3021	0.0455	-0.0646	0.2803	-0.0508	0.342	28.9569	14.5245	29.3884
6	0.5949	-0.0342	0.0188	4.281	2.4689	7.5013	0.2121	-0.1185	-0.0065	0.5542	0.067	0.8612	0.2761	0.5949	0.1161	0.3175	-0.0054	0.1588	0.4374	-0.0292	0.4932	20.8414	16.3407	41.9699
7	2.0445	-0.0414	0.263	4.5117	1.857	6.9158	-0.3458	-0.292	0.7998	-0.2249	-0.2786	-0.3012	-0.6043	0.5605	0.0686	0.8798	-0.1577	0.2494	0.5079	-0.0704	0.6539	23.9723	24.9976	52.7744
8	4.1613	-1.5859	0.0114	3.0629	0.6379	1.8714	-0.1682	0.1634	0.1048	0.2651	-0.0981	0.2691	0.0402	0.0061	0.2228	0.3676	-0.0572	0.0346	0.261	0.0016	0.2414	-11.1521	3.414	89.7191
9	3.1914	-1.2224	-1.0363	3.156	0.3645	2.5348	-0.3314	-0.0276	-0.817	0.841	0.1504	0.0936	0.6114	-0.0847	0.1013	0.5815	-0.0551	0.0003	0.346	-0.0137	0.2683	-5.6676	-4.1424	89.3852
10	0.6425	-0.7965	0.6447	1.7272	-0.9364	2.7222	0.2169	0.0357	-0.0737	-0.1319	-0.0216	-0.1202	0.3951	0.0361	-0.1688	0.2327	0.015	-0.021	0.3496	-0.0316	0.3499	2.1323	-0.5311	69.7389
11	1.6438	0.1375	-0.0081	3.3122	0.8136	3.5759	-0.1373	0.0877	0.2034	-0.0113	0.085	-0.4239	-0.2459	0.2418	0.0414	0.1976	0.0277	-0.0628	0.2915	-0.0025	0.3198	9.6316	0.7023	74.015
12	8.0019	-1.6996	2.3197	4.8756	-1.2911	4.7039	-0.53	-0.2324	0.9211	-0.4725	0.2128	0.297	-0.7625	-0.2369	0.302	0.5379	-0.0236	-0.1219	0.3772	-0.019	0.4083	-3.6457	5.4367	61.527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 67 through 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 146 through 166 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 167 through 182 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 183 through 256 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 257 through 281 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 282 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1 through 67 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 68 through 92 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 93 through 181 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 182 through 256 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 257 through 297 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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