PDB-9qn6: APH(2'')-IVa with a fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qn6

タイトル

APH(2'')-IVa with a fragment

要素

APH(2'')-Id

キーワード

ANTIBIOTIC / inhibitor / complex / enzyme

機能・相同性

: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / nucleotide binding / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / : / APH(2'')-Id

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Guichou, J.F. / Gelin, M. / Tomaszczyk, M. / Kowalewski, J. / Lionne, C.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-19-AMRB-0001	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	(ANR-10-INBS-0004	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	(ANR-10-INBS-0005	フランス

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Fragment-based drug design of a bacterial kinase inhibitor capable of increasing the antibiotic sensitivity of clinical isolates.
著者: Kowalewski, J. / Deutscher, R. / Richardoz, M. / Tomaszczyk, M. / Gelin, M. / Labesse, G. / Hausch, F. / Wright, G.D. / Dunyach-Remy, C. / Guichou, J.F. / Lionne, C.

履歴

登録	2025年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年2月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qn6.cif.gz	262.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qn6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/9qn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/9qn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qmrC 9qnnC 9qnqC 9qnsC 9qnwC 9qnxC 9qnyC 9qocC 9qodC 9qoeC 9qoiC 9qokC 9qolC 9qomC 9qosC 9qp9C 9qpbC 9qpdC 9qplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.310, 65.390, 77.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 37596.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-A1I7W / 1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-ylmethanol 分子量: 148.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG3350, 50-90 mM Ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.95 Å / Num. obs: 33269 / % possible obs: 94.27 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 13.44
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 3373 / CC_1/2: 0.914

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→49.95 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	1495	4.65 %
R_work	0.2235	-	-
obs	0.2262	32171	94.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4922	0	26	92	5040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5067
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	6827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.805	666
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	716
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	906

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.37	0.3941	121	0.2991	2900	X-RAY DIFFRACTION	98
2.37-2.46	0.3379	149	0.2694	2890	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.56	0.3454	116	0.2739	2916	X-RAY DIFFRACTION	98
2.56-2.67	0.3487	164	0.274	2716	X-RAY DIFFRACTION	97
2.69-2.81	0.3085	118	0.2666	2548	X-RAY DIFFRACTION	98
2.81-2.99	0.3461	132	0.2523	2845	X-RAY DIFFRACTION	97
2.99-3.22	0.3351	135	0.2533	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.55	0.2892	84	0.2299	2678	X-RAY DIFFRACTION	89
3.55-4.06	0.2689	134	0.2227	2369	X-RAY DIFFRACTION	80
4.06-5.11	0.2241	143	0.1745	2919	X-RAY DIFFRACTION	98
5.11-49.95	0.2291	199	0.1855	2949	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9949	-0.6867	-1.2205	3.0018	0.9689	2.0358	-0.1398	-0.0579	-0.0434	0.5715	0.1136	0.0825	0.1923	0.0391	0.0408	0.3352	0.006	-0.0318	0.2465	0.061	0.1629	-2.16	2.3292	47.965
2	2.8035	-2.145	3.8664	1.9135	-2.4274	6.3489	0.1877	-0.098	-0.0857	-0.3293	0.1057	-0.0971	0.5268	-0.4332	-0.2976	0.5743	-0.0086	-0.15	0.3903	0.0012	0.4828	-5.0198	-6.1919	20.0008
3	2.3341	0.0438	0.7095	5.0617	1.3068	4.5598	-0.0412	0.0604	0.2069	-0.2448	0.1032	-0.4864	-0.3313	0.1702	-0.0429	0.1888	0.0006	-0.0366	0.2334	0.0185	0.252	11.0278	0.1694	34.5377
4	8.3223	-1.2279	2.5525	4.9616	-0.8599	3.4736	-1.0695	-0.5602	0.8425	-1.136	0.4292	0.6973	-0.8823	-0.4472	0.3849	0.7298	0.0326	-0.2062	0.3934	-0.03	0.4559	-2.5174	4.8924	22.037
5	3.1097	1.6601	1.0024	5.8279	1.0471	3.4305	0.091	0.097	0.0625	0.3042	-0.1668	-0.4471	0.0265	0.0108	0.091	0.2499	0.0294	-0.0278	0.2194	0.041	0.3225	50.5209	16.8059	81.0846
6	6.0519	0.4323	2.6039	4.5787	-0.2602	2.4059	0.1122	-0.0776	-0.5579	0.1206	-0.18	-0.6478	0.2028	0.1238	-0.1819	0.3848	0.0492	-0.0221	0.231	0.0485	0.405	47.9842	8.7942	76.3948
7	3.8767	0.3775	2.1404	3.2982	0.0416	2.8717	-0.1582	0.5762	0.3475	-0.6882	-0.0774	0.2232	-0.0904	0.128	0.2206	0.4307	0.0581	0.0457	0.2384	0.0255	0.251	35.3712	18.7299	62.3036
8	3.6347	-2.3188	-3.2348	1.9253	2.4783	3.7345	-0.2932	-0.2758	-0.359	0.4574	0.1387	0.3533	0.9129	0.279	0.1942	0.8842	0.0729	0.0595	0.3275	0.0121	0.4183	27.4536	4.2217	85.4128
9	3.1163	-2.4078	-1.0206	3.3429	3.5249	7.427	0.629	-0.6435	0.2416	0.7185	-0.3421	0.1521	0.1926	-1.0699	-0.2012	0.7666	-0.1002	0.329	0.5496	-0.0091	0.566	12.6582	13.5925	93.1628
10	3.734	1.5987	-1.3558	4.6778	-1.8694	1.6934	0.1986	-0.4282	0.2169	0.3502	-0.0318	0.3598	0.0774	0.0659	-0.0924	0.4047	0.0172	-0.0529	0.2016	-0.0565	0.2778	27.444	9.9093	72.1215
11	3.6773	1.2124	-0.3305	4.3729	-1.3413	2.0882	0.092	-0.0301	0.3936	-0.389	0.044	0.6139	-0.0228	-0.0811	-0.1564	0.4245	0.0443	-0.0625	0.1994	-0.0571	0.2667	28.3005	15.8703	65.8003
12	1.5833	-0.525	0.556	6.0887	2.6229	5.9817	0.2279	-0.0329	0.4019	0.9222	0.2318	0.7171	-0.5177	0.3119	-0.2845	0.5855	-0.0538	0.1936	0.2768	-0.1034	0.4879	21.9246	19.1862	85.0808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 132 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 133 through 181 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 182 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 257 through 297 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 68 through 91 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 92 through 132 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 133 through 161 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 162 through 181 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 182 through 206 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 207 through 256 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 257 through 297 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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