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- PDB-9qo3: Dissociation-state-2 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qo3
タイトルDissociation-state-2 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex
要素
  • (COP9 signalosome complex subunit ...) x 9
  • (S-phase kinase-associated protein ...) x 2
  • Cullin-1
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
キーワードLIGASE / COP9 signalosome / Cullin-RING E3 LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of protein neddylation / positive regulation of protein polyubiquitination / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / exosomal secretion / cellular response to cell-matrix adhesion ...negative regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of protein neddylation / positive regulation of protein polyubiquitination / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / exosomal secretion / cellular response to cell-matrix adhesion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / F-box domain binding / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / PcG protein complex / COP9 signalosome / cullin-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / protein neddylation / ubiquitin ligase activator activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of JNK cascade / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / inner cell mass cell proliferation / metal-dependent deubiquitinase activity / SCF ubiquitin ligase complex / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Prolactin receptor signaling / ubiquitin ligase complex scaffold activity / : / skeletal muscle cell differentiation / response to light stimulus / cullin family protein binding / protein monoubiquitination / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / JNK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / protein K48-linked ubiquitination / translation initiation factor activity / post-translational protein modification / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitotic cell cycle / molecular function activator activity / animal organ morphogenesis / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / ubiquitin binding / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of CRY and PER proteins / G1/S transition of mitotic cell cycle / Activation of NF-kappaB in B cells / Iron uptake and transport / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / beta-catenin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / G2/M transition of mitotic cell cycle / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / neuron differentiation / Interleukin-1 signaling / metallopeptidase activity / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX2 expression and activity / synaptic vesicle / cellular response to UV / transcription corepressor activity / cell junction / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Downstream TCR signaling
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome complex, subunit 9, metazoa / Myeloma-overexpressed-like / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : ...COP9 signalosome complex, subunit 9, metazoa / Myeloma-overexpressed-like / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / : / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / COP9 signalosome complex subunit 2, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Cullin, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / : / Cullin alpha+beta domain / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family profile. / PCI/PINT associated module / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 2 / S-phase kinase-associated protein 1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 9 / COP9 signalosome complex subunit 5 ...INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / COP9 signalosome complex subunit 2 / S-phase kinase-associated protein 1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 9 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Ding, S. / Clapperton, J.A. / Maeots, M.E. / Enchev, R.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteCC2059 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis of CSN-mediated SCF deneddylation.
著者: Shan Ding / Julie A Clapperton / Märt-Erik Mäeots / Simone Kunzelmann / Mohammed Shaaban / Radoslav I Enchev /
要旨: Cullin-RING ligases (CRLs) are the largest family of E3 ligases, with ubiquitination activity dynamically regulated by neddylation and deneddylation by the COP9 signalosome (CSN). CSN-mediated ...Cullin-RING ligases (CRLs) are the largest family of E3 ligases, with ubiquitination activity dynamically regulated by neddylation and deneddylation by the COP9 signalosome (CSN). CSN-mediated deneddylation not only deactivates CRLs but also enables substrate receptor exchange. Although CSN is a promising drug target, the structural basis underlying its catalytic mechanism remains unclear. Here, we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) to uncover distinct functional states of CSN-CRL (SCF) complexes, capturing key intermediates of the deneddylation cycle. We visualise an autoinhibited docking state and a catalytic intermediate in which CSN5 Ins-1 loop, RBX1 RING and neddylated Cullin WHB domains are repositioned for isopeptide cleavage. We further resolve four dissociation intermediates that define the stepwise release of CSN from its product, with RBX1 RING stabilising key interactions. Additionally, our structures locate CSNAP within a CSN3-CSN8 groove. Together, our study provides a mechanistic model for CSN function and informs the rational design of CSN-targeted therapeutics.
履歴
登録2025年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 1
C: COP9 signalosome complex subunit 3
D: COP9 signalosome complex subunit 4
E: COP9 signalosome complex subunit 5
F: COP9 signalosome complex subunit 6
G: COP9 signalosome complex subunit 7b
H: COP9 signalosome complex subunit 8
I: Cullin-1
L: S-phase kinase-associated protein 1
M: S-phase kinase-associated protein 2
N: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
B: COP9 signalosome complex subunit 2
P: COP9 signalosome complex subunit 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,16215
ポリマ－500,43613
非ポリマー7252
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
COP9 signalosome complex subunit ... , 9種, 9分子 ACDEFGHBP

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 1 / Signalosome subunit 1 / G protein pathway suppressor 1 / GPS-1 / JAB1-containing signalosome ...Signalosome subunit 1 / G protein pathway suppressor 1 / GPS-1 / JAB1-containing signalosome subunit 1 / Protein MFH


分子量: 55606.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPS1, COPS1, CSN1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13098
#2: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 3 / SGN3 / Signalosome subunit 3 / JAB1-containing signalosome subunit 3


分子量: 47924.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS3, CSN3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UNS2
#3: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 4 / SGN4 / Signalosome subunit 4 / JAB1-containing signalosome subunit 4


分子量: 46322.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS4, CSN4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BT78
#4: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 5 / SGN5 / Signalosome subunit 5 / Jun activation domain-binding protein 1


分子量: 37621.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS5, CSN5, JAB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#5: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 6 / Signalosome subunit 6 / JAB1-containing signalosome subunit 6 / MOV34 homolog / Vpr-interacting protein / hVIP


分子量: 36203.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS6, CSN6, HVIP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7L5N1
#6: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 7b / SGN7b / Signalosome subunit 7b / JAB1-containing signalosome subunit 7b


分子量: 29656.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS7B, CSN7B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9H9Q2
#7: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 8 / Signalosome subunit 8 / COP9 homolog / hCOP9 / JAB1-containing signalosome subunit 8


分子量: 23245.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS8, CSN8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99627
#12: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 2 / Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid receptor- ...Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid receptor-interacting protein 15 / TRIP-15


分子量: 51664.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS2, CSN2, TRIP15
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61201
#13: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 9 / CSN acidic protein / CSNAP / Myeloma-overexpressed gene 2 protein


分子量: 6213.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS9, MYEOV2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8WXC6

-
タンパク質 , 2種, 2分子 IN

#8: タンパク質 Cullin-1 / CUL-1


分子量: 89800.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13616
#11: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / CKS-1


分子量: 9679.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS1B, CKS1, PNAS-143, PNAS-16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61024

-
S-phase kinase-associated protein ... , 2種, 2分子 LM

#9: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208
#10: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 2 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p45 / F-box protein Skp2 / F-box/LRR-repeat protein 1 / p45skp2


分子量: 47817.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP2, FBXL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13309

-
非ポリマー , 3種, 3分子

#14: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
19-subunit COP9 signalosome and SCFSkp2-Cks1 complexCOMPLEX#1-#130RECOMBINANT
29-subunit COP9 signalosomeCOMPLEX#1-#7, #131RECOMBINANTE104A
3SCFCOMPLEX#8-#111RECOMBINANT
4Skp1-Skp2-Cks1COMPLEX#9-#113RECOMBINANT
5Cullin-1COMPLEX#83RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11
22
44
54NO
65
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
64Homo sapiens (ヒト)9606
75Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
54Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
64Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
75Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
試料濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 47 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54098 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.6 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00329357
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63439732
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7123931
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0394556
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055074

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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