PDB-9qnw: APH(2'')-IVa with a fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qnw

タイトル

APH(2'')-IVa with a fragment

要素

APH(2'')-Id

キーワード

ANTIBIOTIC / inhibitor / complex / enzyme

機能・相同性

: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / nucleotide binding / Protein kinase-like domain superfamily / metal ion binding / : / APH(2'')-Id

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Guichou, J.F. / Gelin, M. / Tomaszczyk, M. / kowalewski, J. / Lionne, C.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-19-AMRB-0001	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	(ANR-10-INBS-0004	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	(ANR-10-INBS-0005	フランス

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Fragment-based drug design of a bacterial kinase inhibitor capable of increasing the antibiotic sensitivity of clinical isolates.
著者: Kowalewski, J. / Deutscher, R. / Richardoz, M. / Tomaszczyk, M. / Gelin, M. / Labesse, G. / Hausch, F. / Wright, G.D. / Dunyach-Remy, C. / Guichou, J.F. / Lionne, C.

履歴

登録	2025年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qnw.cif.gz	262.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qnw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qnw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/9qnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/9qnw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qmrC 9qn6C 9qnnC 9qnqC 9qnsC 9qnxC 9qnyC 9qocC 9qodC 9qoeC 9qoiC 9qokC 9qolC 9qomC 9qosC 9qp9C 9qpbC 9qpdC 9qplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: APH(2'')-Id

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.107, 64.553, 72.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 37596.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物	ChemComp-A1I75 / 5-bromanylpyridin-2-amine 分子量: 173.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅BrN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG3350, 50-90 mM Ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9897 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9897 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→53.84 Å / Num. obs: 54081 / % possible obs: 96.04 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.962 / Net I/σ(I): 11.13
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 3155 / CC_1/2: 0.629

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→53.84 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	2666	4.93 %
R_work	0.1978	-	-
obs	0.2003	54081	85.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→53.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	22	50	4845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4939
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	6686
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.164	643
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	865

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.34	0.348	168	0.3242	2785	X-RAY DIFFRACTION	88
2.34-2.39	0.308	127	0.2988	2796	X-RAY DIFFRACTION	88
2.39-2.44	0.3125	152	0.2851	2764	X-RAY DIFFRACTION	87
2.44-2.49	0.333	169	0.2801	2803	X-RAY DIFFRACTION	87
2.49-2.55	0.3528	124	0.2939	2763	X-RAY DIFFRACTION	87
2.55-2.61	0.3128	142	0.2865	2727	X-RAY DIFFRACTION	88
2.61-2.68	0.3026	152	0.2701	2707	X-RAY DIFFRACTION	84
2.68-2.76	0.3388	132	0.2729	2663	X-RAY DIFFRACTION	84
2.76-2.85	0.3212	116	0.264	2733	X-RAY DIFFRACTION	85
2.85-2.95	0.3046	141	0.2418	2661	X-RAY DIFFRACTION	84
2.95-3.07	0.3513	94	0.2513	2548	X-RAY DIFFRACTION	79
3.07-3.21	0.3214	116	0.2445	2578	X-RAY DIFFRACTION	81
3.21-3.38	0.2776	169	0.2222	2763	X-RAY DIFFRACTION	87
3.38-3.59	0.2822	115	0.1854	2784	X-RAY DIFFRACTION	86
3.59-3.87	0.247	139	0.1828	2720	X-RAY DIFFRACTION	87
3.87-4.25	0.2101	182	0.1707	2654	X-RAY DIFFRACTION	84
4.26-4.87	0.1715	126	0.1379	2653	X-RAY DIFFRACTION	84
4.87-6.13	0.2245	148	0.1676	2533	X-RAY DIFFRACTION	80
6.14-10	0.1718	154	0.1438	2780	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1175	0.3163	-1.3919	2.2817	-1.0808	5.0564	0.0373	-0.0645	0.2992	0.0779	0.1461	0.4921	-0.0418	-0.1097	-0.1738	0.2461	-0.0065	-0.0346	0.2988	-0.0244	0.5432	-10.2451	-11.8113	37.6011
2	5.6586	0.0623	1.223	3.4098	-1.0002	3.7964	-0.0945	-0.6149	0.7913	0.4291	-0.2055	-0.7152	-0.0792	0.4787	0.3066	0.5474	0.0117	-0.1627	0.3684	0.0467	0.5148	17.6891	-2.9791	39.2142
3	5.3437	2.235	-0.1719	5.6578	-0.0485	2.6478	0.1032	0.0844	-0.5712	-0.377	-0.0569	-0.3548	0.2811	-0.0009	-0.0363	0.3245	0.0447	-0.0409	0.2529	0.0325	0.3592	3.1344	-9.8328	23.8101
4	3.5932	-1.1064	2.9806	3.4878	-2.161	5.0414	0.2519	-0.2115	-0.5832	0.5816	-0.1534	-0.3195	1.2328	0.3417	-0.0379	0.843	0.0543	-0.095	0.4578	0.0576	0.6765	15.9008	-14.0785	36.4973
5	2.3938	0.7791	1.3084	2.889	0.0195	2.2411	0.0134	0.1776	-0.0099	-1.0081	-0.254	0.2436	-0.2101	-0.223	0.246	0.6213	0.1423	-0.0949	0.4636	-0.015	0.3249	36.7673	-26.0149	-14.716
6	0.0059	0.1259	-0.1971	4.7676	1.0969	4.7665	-0.0234	0.5665	0.6372	-1.295	-0.2073	0.0998	-0.6993	-0.0443	0.2465	0.6335	0.0923	-0.0134	0.4113	0.0832	0.4569	42.6142	-17.0996	-11.9473
7	1.3337	0.1377	-0.2848	3.5087	-0.5534	2.0293	0.1823	-0.0278	0.0382	0.2945	-0.2331	-0.0132	-0.106	0.0562	0.0266	0.2606	-0.0509	-0.0223	0.2973	0.059	0.319	42.3152	-21.9584	6.7878
8	4.383	-0.8915	-0.0982	4.7528	0.9679	5.5665	0.2116	-0.3781	-0.1561	0.5409	-0.3471	-0.5549	0.7241	0.0095	0.0906	0.4674	-0.1155	-0.0921	0.47	0.1607	0.4644	51.659	-25.6004	12.3444
9	6.4445	0.2804	-0.0959	4.0637	0.293	2.601	0.2278	0.0082	-0.532	0.2196	-0.4144	0.5159	0.328	-0.0577	0.1603	0.4284	-0.0426	0.0882	0.401	-0.0136	0.496	32.0233	-28.1823	12.8431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 132 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 133 through 181 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 182 through 256 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 257 through 297 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 3 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 91 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 92 through 225 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 226 through 256 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 257 through 297 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)