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Yorodumi- PDB-9qit: Crystal structure of a D-lactate dehydrogenase in complex with D-... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9qit | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a D-lactate dehydrogenase in complex with D-lactate from Porcellio dilatatus | ||||||
Components | Glycolate oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Gut metagenome / Oxidoreductases / Lactate dehydrogenases | ||||||
| Function / homology | FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / LACTIC ACID Function and homology information | ||||||
| Biological species | Porcellio dilatatus (crustacean) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.04 Å | ||||||
Authors | Borges, P.T. / Frazao, C. / Martins, L.O. | ||||||
| Funding support | Portugal, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Appl.Environ.Microbiol. / Year: 2025Title: Shotgun metagenomic mining reveals a new FAD-dependent D-lactate dehydrogenase in an isopod gut microbiome. Authors: Coelho, C. / Taborda, A. / Lorena, C. / Frazao, T. / Verissimo, A. / Borges, P.T. / Brissos, V. / Tiago, I. / Martins, L.O. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9qit.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9qit.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9qit.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9qit_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9qit_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
| Data in XML | 9qit_validation.xml.gz | 159.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 9qit_validation.cif.gz | 197.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/9qit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/9qit | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9qgzC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 48970.273 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porcellio dilatatus (crustacean) / Gene: BDW27_113140 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-LAC / #4: Chemical | ChemComp-FAD / #5: Chemical | ChemComp-FE / Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.92 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M sodium formate, 0.1 M sodium phosphate pH 6.2, 20% (v/v) PEG Smear Medium and 10% (v/v) glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.04→88.11 Å / Num. obs: 48050 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 3.8 |
| Reflection shell | Resolution: 3.04→3.29 Å / Num. unique obs: 2402 / CC1/2: 0.807 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.04→88.11 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 30.68 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.04→88.11 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Porcellio dilatatus (crustacean)
X-RAY DIFFRACTION
Portugal, 1items
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PDBj









