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万見
- PDB-9qhp: Cryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagoni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qhp
タイトルCryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Isosakuranetin
要素MKIAA1616 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ca2+ channel / Isosakuranetin-bound Closed conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tetramerization / calcium channel activity / calmodulin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / : / SLOG in TRPM / TRPM2-like domain / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Shkumatov, A.V. / Schenck, S. / Brunner, J.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of mouse TRPM3 alpha 2 in complex with antagonist Isosakuranetin
著者: Shkumatov, A.V. / Schenck, S. / Brunner, J.D.
履歴
登録2025年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MKIAA1616 protein
B: MKIAA1616 protein
C: MKIAA1616 protein
D: MKIAA1616 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)652,31516
ポリマ－647,8534
非ポリマー4,46212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
MKIAA1616 protein


分子量: 161963.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpm3, mKIAA1616 / Variant: alpha 2 / プラスミド: pcDNA5/TO / 細胞株 (発現宿主): Flp-In T-REx 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q69ZE8
#2: 化合物
ChemComp-A1JBK / (2~{R})-2-(4-methoxyphenyl)-5,7-bis(oxidanyl)-2,3-dihydrochromen-4-one


分子量: 286.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-YUV / (25R)-14beta,17beta-spirost-5-en-3beta-ol


分子量: 414.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H42O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric assembly of mouse TRPM3 alpha 2 with inhibitor Isosakuranetin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.161 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Flp-In T-REx 293
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.063% Glycodiosgenin, 10 uM Isosakuranetin
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHepesC8H17N2NaO4S1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
30.0063 %GlycodiosgeninC56H92O251
410 uMIsosakuranetinC16H14O51
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 279.15 K / 詳細: GP2

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.5.3粒子像選択
2SerialEM4.2 beta 8画像取得
9PHENIX1.21-5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 281282 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.35 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00231076
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56442080
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2824228
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0394716
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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